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- EMDB-34898: head module state 2 of Tetrahymena IFT-A -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34898
タイトルhead module state 2 of Tetrahymena IFT-A
マップデータ
試料
  • 複合体: IFT-A_head-2
    • タンパク質・ペプチド: Intraflagellar transport protein 122 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Intraflagellar transporter
    • タンパク質・ペプチド: WD40 repeat proteinWD40リピート
  • リガンド: ZINC ION
キーワードintraflagellar transport complex / PROTEIN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


intraciliary retrograde transport / cilium assembly / 繊毛
類似検索 - 分子機能
WDR19, WD40 repeat / WD repeat-containing protein 19/dyf-2 / WD domain, G-beta repeat / Intraflagellar transport protein 122 homolog / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート ...WDR19, WD40 repeat / WD repeat-containing protein 19/dyf-2 / WD domain, G-beta repeat / Intraflagellar transport protein 122 homolog / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Intraflagellar transporter / WD40 repeat protein / Intraflagellar transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Tetrahymena thermophila (真核生物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å
データ登録者Ma Y / Wu J / Lei M
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural insight into the intraflagellar transport complex IFT-A and its assembly in the anterograde IFT train.
著者: Yuanyuan Ma / Jun He / Shaobai Li / Deqiang Yao / Chenhui Huang / Jian Wu / Ming Lei /
要旨: Intraflagellar transport (IFT) trains, the polymers composed of two multi-subunit complexes, IFT-A and IFT-B, carry out bidirectional intracellular transport in cilia, vital for cilia biogenesis and ...Intraflagellar transport (IFT) trains, the polymers composed of two multi-subunit complexes, IFT-A and IFT-B, carry out bidirectional intracellular transport in cilia, vital for cilia biogenesis and signaling. IFT-A plays crucial roles in the ciliary import of membrane proteins and the retrograde cargo trafficking. However, the molecular architecture of IFT-A and the assembly mechanism of the IFT-A into the IFT trains in vivo remains elusive. Here, we report the cryo-electron microscopic structures of the IFT-A complex from protozoa Tetrahymena thermophila. We find that IFT-A complexes present two distinct, elongated and folded states. Remarkably, comparison with the in situ cryo-electron tomography structure of the anterograde IFT train unveils a series of adjustments of the flexible arms in apo IFT-A when incorporated into the anterograde train. Our results provide an atomic-resolution model for the IFT-A complex and valuable insights into the assembly mechanism of anterograde IFT trains.
履歴
登録2022年12月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年6月14日-
マップ公開2023年6月14日-
更新2023年6月14日-
現状2023年6月14日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34898.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34898.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 274.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0037
最小 - 最大-0.010355707 - 0.036536746
平均 (標準偏差)0.0000403551 (±0.0009537901)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ416416416
Spacing416416416
セルA=B=C: 457.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_34898_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_34898_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : IFT-A_head-2

全体名称: IFT-A_head-2
要素
  • 複合体: IFT-A_head-2
    • タンパク質・ペプチド: Intraflagellar transport protein 122 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Intraflagellar transporter
    • タンパク質・ペプチド: WD40 repeat proteinWD40リピート
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: IFT-A_head-2

超分子名称: IFT-A_head-2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)

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分子 #1: Intraflagellar transport protein 122 homolog

分子名称: Intraflagellar transport protein 122 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 143.939422 KDa
配列文字列: MKCSELWTEI IPKNDPNSNI TNQVWSCSFN NDGSILLACV GDAILVYDSF TGNLVNKAIR GGQKEQINCI KFSKDGKRFA TASNDKTVW VWSFDVNKNP KLAPEVKYSH TDKVLCLAFN PLTHQIFSGG AQDYALWTPD QQSIEKSKFK DKIITCAWSW D GLYLGFGT ...文字列:
MKCSELWTEI IPKNDPNSNI TNQVWSCSFN NDGSILLACV GDAILVYDSF TGNLVNKAIR GGQKEQINCI KFSKDGKRFA TASNDKTVW VWSFDVNKNP KLAPEVKYSH TDKVLCLAFN PLTHQIFSGG AQDYALWTPD QQSIEKSKFK DKIITCAWSW D GLYLGFGT MGGIIGIRNR ALEQLAEIQR SFPIWCMDWT PITPDYQNSV LVVGVWEQSI AHYNIQGQQL GSDKKLTYDP ID INFSTQG EFLLVSGTNN KCTLYTREGG FLIDVATKND WVWNNKLKPV IKEAGSVAVQ DQLHVALTTN DGEISMFKIQ QLT VHALEG DKYAYRDNLT DIVVQSMSSN QRIRLKCKEL VKNISIYKDK LAAHLTERIL IYGTSSEDSQ MKYKLHKRIV KKVE AHILE IVSNHLIACV KNKVQLYQLS GDLEKEWVFD SRVNCIKIIG GMPNKEGAYV GLKNGQIFKI FVDNSFPIPI LNHNI SIKN IDASQKRKRL AVVDKNSNLT VYDLSNKEQV FQEMNIVSCA FNNNFDDLLA FSSTDTTFIR CSNHPPLSQK ISGQVV GFK ANKLFVLNDN VMSTIDVSMT QTMIKYLERK EFQSAYEISL LGVTDQDFLY LGNEALIATQ FAIARKCYTR IKKLDFI YL LEKAEKDFKK NTFVEGFYQG EIYALQTKFY EAENALTKSN LASQAKEMWI ILKEFDKAMR ITDTGASPIN RGQNKEIN S DASRKDLLIQ RAEWEVKQGN WKKGGELYIQ AEVYKKAIEV YVTNNFSEGI VEVCRNADAE TQRKEIEQCA AYFKKAKLH QYTKEAYLKL QDNKALLQLN IDLEKWDEAM TLAKAHPEFM EIVKLPYANW LAKQDRYEES LKAYRKIGKH DMATKMLYNL SQNAVFEKR FSDAALFTWM IATEHLGLIR NMKAPTPEDI ENLMKFYQYR DDAEIYFAYS KVQSFVDEPF LPLSGHAYML N IFNAARFA INKLGNRQLY GVQHSYLYYS LGKVSKQLEG YKTARICYEK LASYKIPTEW SEEIELSTLL IRSKPYSDQE SL LPICNRC YNQNPALTEG NRCSSCMHQF QNCFISFENL PLVEFKLDPK ITHKRFIELI NSDKSKTQPN KKKKKANDGW QES HQGDQQ VLTFNNSPQK GGNDNESSPF LDKLNEVFEI QQTTQEYIPV TLDENIVSSL SIDEVYWVDY TKYCYTAEIK YYKS MLTDI PLKNCQECGT FYILDEYEFE ISKTQKCPFC RSVDERAGPQ KDVFDF

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分子 #2: Intraflagellar transporter

分子名称: Intraflagellar transporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 161.644859 KDa
配列文字列: MSLFSELPLD AGTDEQITQI AVSNVSINPS LAIITPHKIL LFNECGEKHD YELSRNIRCT YVQWHPSQPI IALGWETGAI TLWSEETKV AKEEPNGHKS EICLIQFNPS GSRMVSADID GNVTVWRGIN IVSQYKKEQS ITHAIFCELN IDSKLKSGNL F FFGGKSGV ...文字列:
MSLFSELPLD AGTDEQITQI AVSNVSINPS LAIITPHKIL LFNECGEKHD YELSRNIRCT YVQWHPSQPI IALGWETGAI TLWSEETKV AKEEPNGHKS EICLIQFNPS GSRMVSADID GNVTVWRGIN IVSQYKKEQS ITHAIFCELN IDSKLKSGNL F FFGGKSGV VCLADDANHC SDVCKVGGSI KSLLFYEKEN SVIIITSTLL LVMFKISTSV KTGPSKRVKL SISGDPQKLQ SI WIGSCLL ATCSHENMLR MWHLDQDDNY VLTLHQLAQQ TQTQQGAATV IQSTNTNDQI TSIQYEKRGK VLVAGTREGR IIF WKNLSI GSESPLDVDE WKMLPYVSVR QGVNSIAVGQ NNGLIAVQYG NQISLVQETV INGKMTDQVR LLQSSANTIK IYIN NDISN QVLHFQSKGN IKGLDCNDQF MLLWTSKTIE IHEIIINPKE SQTKLVASIQ EKCLRSVIHK ENIILVNDME LNVLN FKGI QKQNLKFSES EGKILNVNVL NNHLIMWTSN NYIRLFDISR REVKQIGVTR RFENSQGQLG QIRYCAVNSD GSKIVI TAD QRGKSGPQAD NKFYIYDVQT DNFLLYEMPA KCIPLQPYCD RKDRKFFGIS CIINKNIQQE KNADENNDEN EDNKSDK SR NEDDDEKDKS NLEFYTFFVT SENGIRKQDQ YQLESSIEAV FAIDIPKLYF IKRNKKTNSS GQNYKIVEKY LNDFVGLE K IDNQIKEAIM NFSFYLTMDN LDEAYKSVKQ IQNPSIWEKM ASMCVKTKRI DVAEICLGNM RFARGSKAIR EQKKEPELD AQLAMVAIQL NMKDEAVKLY EQSKRYDLYN KMLQAEGNWE KAIQISENHD RINLKNTYYR TAQMYEVSNN YEQAILYYEK SGTHVKEVP RMLLEAGQTE QLERYIIDKN EKPLFKWWAQ YLESNYRIEL AVKFYRQSED YDQMVRLFLT KNDVQTASSI C SETNNSAA CYILAKYLEM NGQIPEAIQY YWKSQHYTQA VRLAREKGMD NEVMSISLQG PNQVKLQSAA YFEEKGFKQK AV ELYKKGG NLIKAYNLAQ EEKLYDEAKQ IARQIEQEED QRNKKRDPND LAGIIDDFIE KGQPERAVPL MIKAKQFERA IET CIRFNI PITQDLVDKI IPTEPAKNAA EENKRKELMK LIADTSIKQG DYRLSSKLYT KLGNQVEAMK CLINLGAIDE VVNY ATMAR MPQLYILAGN FLQTTDWHKN PQLMKHIITF YNKAKAYDNL AGFFDACSSV EIDEYRDYEK AAAALNEALK HAKKS TSES RDFRIEQLET KLNLVQKFVQ ARALFSSDPQ QMKQICEDLL AQPGIDQSVR SGDIYAQIIE YYYQVKNFSQ AFDYIK KMQ QKRIILAPYL DQEMLQQILE SQGVSLNSKN KNNDDEFIEE DVPE

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分子 #3: WD40 repeat protein

分子名称: WD40 repeat protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 158.411969 KDa
配列文字列: MASSKKVFEF KDDLNGSGKV LFSWSQDCSY IAVCGQSKVV YVLDKRGRKL KETVLKSKNK VIGLEWDKDQ EFLAILQENS TCFLLWNVF QNSFEQQDLE EKSKGSFIKW SKTHPVLVIG TEKGILYFYN KKTQKKIPTM GKHSKKITTG DWNDEGLLIT G SEEKVLTV ...文字列:
MASSKKVFEF KDDLNGSGKV LFSWSQDCSY IAVCGQSKVV YVLDKRGRKL KETVLKSKNK VIGLEWDKDQ EFLAILQENS TCFLLWNVF QNSFEQQDLE EKSKGSFIKW SKTHPVLVIG TEKGILYFYN KKTQKKIPTM GKHSKKITTG DWNDEGLLIT G SEEKVLTV SSHNSDSKGE SITVQHEPSN LQWARQKTDD RDSSQRTITA ILSNKSILMY DLNTKKQPLE LVYEPKYGKI VD YQLFGDG YIVTGFTEGY VAHVSSHLYE LRDEIQSKRI FQSSLDALCT NDIIYKLAVA GENQIHIYNL GTWEEVKSQR IEL PKAAGN VTKMQWANNG QLLVVATANG HLYGYLTSIP FLTSTYGSIV SVLSSFTEVS IVDTSRINQI QNVSSINLET EPGF LSLGL YHLAAGINNN VWYYLWLDQK RNGIIKGGEM IQKRDYLGSV KDIRLNEFWA AVLTDGKCIL HTIQPNNNVK DQKFP QIET DKAISGIGLT NDFLIMLDSS GKIRYYHLED QQFVVEYKPA DCQLVKIYPN FSGTRVVCFD NKGSAYLFEP AQEQFY PLE HFPQRAEKVL WDQKDPNLFA VLQNDTLITF IINKNNINGT LIQPVKELLA IEDIKNPGPP VQTILDRGVK PLTLSNG LL KCFTPSGSIN GQNLTSHSYL GSYKGRDDTD QGHYRFFLQN LQLHKYNNCL IAAQFLHNAV LYKELGRKAL EFVDLDVA L KSYQLAGSLS MVMTIQSFQH INEKNIIYGN IAMILGQYDL AQELFLKSSQ PILALEMRSD IQDYLTALNL AKSIAPQEE PFICRRLAFQ IENQGNNQEA RKLYERAVLN KDDRPSDRSK IDNHNQLCFA GISRTSIKLG DIQRGVTIAK ELIDNNIVIE IAVVCENMK QYLEAAELYQ KSGMLEKAAS LYIESKDFKK AAPLISMIKS PNLLKQYAKA KESEGAYNEA EQTYEQAESW E DVVRLNLD KLDNLRKAIA VLRTKCDTST VCLMVANVCE KQGNYGELVE FLLKAGKKEE AFQKAQQYNV MDAYSDNMKD FT LEERLRI AQYYENQGIW VKAAKHFEQA KNPTKSLKLY LKAGDQYIDD MIDLVCRNKQ QESLQQTLLD YLLEGEKPKD PIY LLKLYD KLGNIQSLVK IAITIASDEH DQGNYKIAHE RLFETYQKVK EHNVAIPFDL EQKLMIIHSY ILARKYLAYK EEDK EIELA AWLLNRVCKN ISQFPTHAVN ILTSAVIAAM KSKNRPLAYK WSVELVRPEY RSHINEKYKT RIENIARKPL KEEPV ENKT ECPFCKEYVG EFQLVCESCQ NVIPFCIASG THVIADQLCF CPSCRFPANI NYFIKYAESE EGRCPMCSVQ INLNEV KVE NPEQAASILK QLRATRQSSE QKKK

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分子 #4: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 199946

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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