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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-34375 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of human Pannexin-3 in closed state | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Pannexin / ATP (アデノシン三リン酸) / Inner channel lipids / Cell-cell communication / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 wide pore channel activity / positive regulation of interleukin-1 production / ギャップ結合 / monoatomic cation transport / monoatomic ion transmembrane transport / cell-cell signaling / structural molecule activity / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Cong Y / Jin X / Kong F / Yan C | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Inner channel lipids regulated gating mechanism of human pannexins. 著者: Cong Y / Jin X / Kong F / Yan C | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_34375.map.gz | 59.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-34375-v30.xml emd-34375.xml | 14.5 KB 14.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_34375.png | 138.7 KB | ||
マスクデータ | emd_34375_msk_1.map | 64 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-34375.cif.gz | 5.3 KB | ||
その他 | emd_34375_half_map_1.map.gz emd_34375_half_map_2.map.gz | 59.4 MB 59.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34375 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34375 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_34375.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_34375_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_34375_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_34375_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Pannexin-3
全体 | 名称: Pannexin-3 |
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要素 |
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-超分子 #1: Pannexin-3
超分子 | 名称: Pannexin-3 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 350 KDa |
-分子 #1: Pannexin-3
分子 | 名称: Pannexin-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 44.734219 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MSLAHTAAEY MLSDALLPDR RGPRLKGLRL ELPLDRIVKF VAVGSPLLLM SLAFAQEFSS GSPISCFSPS NFSIRQAAYV DSSCWDSLL HHKQDGPGQD KMKSLWPHKA LPYSLLALAL LMYLPVLLWQ YAAVPALSSD LLFIISELDK SYNRSIRLVQ H MLKIRQKS ...文字列: MSLAHTAAEY MLSDALLPDR RGPRLKGLRL ELPLDRIVKF VAVGSPLLLM SLAFAQEFSS GSPISCFSPS NFSIRQAAYV DSSCWDSLL HHKQDGPGQD KMKSLWPHKA LPYSLLALAL LMYLPVLLWQ YAAVPALSSD LLFIISELDK SYNRSIRLVQ H MLKIRQKS SDPYVFWNEL EKARKERYFE FPLLERYLAC KQRSHSLVAT YLLRNSLLLI FTSATYLYLG HFHLDVFFQE EF SCSIKTG LLSDETHVPN LITCRLTSLS IFQIVSLSSV AIYTILVPVI IYNLTRLCRW DKRLLSVYEM LPAFDLLSRK MLG CPINDL NVILLFLRAN ISELISFSWL SVLCVLKDTT TQKHNIDTVV DFMTLLAGLE PSKPKHLTNS ACDEHP UniProtKB: Pannexin-3 |
-分子 #2: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 7 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.8 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 195496 |