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- EMDB-3435: Structure of the ATPgS-bound VAT complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3435
タイトルStructure of the ATPgS-bound VAT complex
マップデータStacked-ring state
試料
  • 試料: VAT (CDC48 homologue)
  • タンパク質・ペプチド: VCP like ATPase from T. Acidophilum
キーワードVAT / proteasome / protein dynamics / unfoldase / conformations
機能・相同性
機能・相同性情報


metabolic process / hydrolase activity / nucleotide binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
AAA ATPase, CDC48 family / AAA ATPase, CDC48 family / Cell division protein 48 (CDC48), N-terminal domain / CDC48, N-terminal subdomain / CDC48, N-terminal subdomain / Cell division protein 48 (CDC48) N-terminal domain / CDC48, domain 2 / CDC48, domain 2 / Cell division protein 48 (CDC48), domain 2 / Cell division protein 48 (CDC48) domain 2 ...AAA ATPase, CDC48 family / AAA ATPase, CDC48 family / Cell division protein 48 (CDC48), N-terminal domain / CDC48, N-terminal subdomain / CDC48, N-terminal subdomain / Cell division protein 48 (CDC48) N-terminal domain / CDC48, domain 2 / CDC48, domain 2 / Cell division protein 48 (CDC48), domain 2 / Cell division protein 48 (CDC48) domain 2 / CDC48 domain 2-like superfamily / CDC48 domain 2-like superfamily / : / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Thermoplasma acidophilum (好酸性)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.8 Å
データ登録者Huang R / Ripstein ZA / Augustyniak R / Lazniewski M / Ginalski K / Kay LE / Rubinstein JL
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2016
タイトル: Unfolding the mechanism of the AAA+ unfoldase VAT by a combined cryo-EM, solution NMR study.
著者: Rui Huang / Zev A Ripstein / Rafal Augustyniak / Michal Lazniewski / Krzysztof Ginalski / Lewis E Kay / John L Rubinstein /
要旨: The AAA+ (ATPases associated with a variety of cellular activities) enzymes play critical roles in a variety of homeostatic processes in all kingdoms of life. Valosin-containing protein-like ATPase ...The AAA+ (ATPases associated with a variety of cellular activities) enzymes play critical roles in a variety of homeostatic processes in all kingdoms of life. Valosin-containing protein-like ATPase of Thermoplasma acidophilum (VAT), the archaeal homolog of the ubiquitous AAA+ protein Cdc48/p97, functions in concert with the 20S proteasome by unfolding substrates and passing them on for degradation. Here, we present electron cryomicroscopy (cryo-EM) maps showing that VAT undergoes large conformational rearrangements during its ATP hydrolysis cycle that differ dramatically from the conformational states observed for Cdc48/p97. We validate key features of the model with biochemical and solution methyl-transverse relaxation optimized spectroscopY (TROSY) NMR experiments and suggest a mechanism for coupling the energy of nucleotide hydrolysis to substrate unfolding. These findings illustrate the unique complementarity between cryo-EM and solution NMR for studies of molecular machines, showing that the structural properties of VAT, as well as the population distributions of conformers, are similar in the frozen specimens used for cryo-EM and in the solution phase where NMR spectra are recorded.
履歴
登録2016年5月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年6月15日-
マップ公開2016年7月20日-
更新2016年8月24日-
現状2016年8月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.083
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.083
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5g4g
  • 表面レベル: 0.083
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

wtVAT_ATPgS1...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3435.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 62.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Stacked-ring state
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.45 Å/pix.
x 256 pix.
= 371.2 Å		1.45 Å/pix.
x 256 pix.
= 371.2 Å		1.45 Å/pix.
x 256 pix.
= 371.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.45 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.083 / ムービー #1: 0.083
最小 - 最大-0.2134006 - 0.36827409
平均 (標準偏差)0.00096952 (±0.01138123)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 371.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.451.451.45
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z371.200371.200371.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.2130.3680.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : VAT (CDC48 homologue)

全体名称: VAT (CDC48 homologue)
要素
  • 試料: VAT (CDC48 homologue)
  • タンパク質・ペプチド: VCP like ATPase from T. Acidophilum

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超分子 #1000: VAT (CDC48 homologue)

超分子名称: VAT (CDC48 homologue) / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: homohexamer / Number unique components: 1
分子量理論値: 500 KDa

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分子 #1: VCP like ATPase from T. Acidophilum

分子名称: VCP like ATPase from T. Acidophilum / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: VAT / コピー数: 6 / 集合状態: Hexamer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Thermoplasma acidophilum (好酸性)
分子量理論値: 83 MDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21(DE3) / 組換プラスミド: pProEx
配列UniProtKB: VCP-like ATPase
GO: metabolic process, nucleotide binding, ATP binding, hydrolase activity
InterPro: AAA+ ATPase domain, AAA ATPase, CDC48 family, Aspartate decarboxylase-like domain superfamily, ATPase, AAA-type, core, ATPase, AAA-type, conserved site, CDC48, domain 2, CDC48 domain 2-like ...InterPro: AAA+ ATPase domain, AAA ATPase, CDC48 family, Aspartate decarboxylase-like domain superfamily, ATPase, AAA-type, core, ATPase, AAA-type, conserved site, CDC48, domain 2, CDC48 domain 2-like superfamily, CDC48, N-terminal subdomain, P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度7 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 50 mM HEPES, 100 mM NaCl, 5mM ATPgS
グリッド詳細: 400 mesh Cu/Rh grid with homemade nanofabricated holy carbon support
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE MIXTURE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 手法: Blot for 4 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
日付2015年5月1日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 1.45 µm / 実像数: 514 / 平均電子線量: 30 e/Å2
詳細: Every image is the average of 30 frames recorded by the direct electron detector
ビット/ピクセル: 32
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 34483 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 倍率（公称値）: 25000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Whole frame alignment was performed with alignframes_lmbfgs, and the resulting averages of frames were used for CTF determination with CTFFIND4. Automated particle picking was done in Relion. Individual particle alignment and exposure weighting was done with alignparts_lmbfgs. Classification and refinement were perfomed with Relion.
CTF補正詳細: Each Micrograph
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.8 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Relion / 使用した粒子像数: 16538

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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