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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Structure of beta-arrestin2 in complex with a phosphopeptide corresponding to the human C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1, C5aR1 | |||||||||
![]() | Full map with pixel size 1.2487111. | |||||||||
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![]() | GPCR / Arrestin / SIGNALING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() angiotensin receptor binding / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / inositol hexakisphosphate binding / G protein-coupled receptor internalization / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / positive regulation of receptor internalization / endocytic vesicle / clathrin-coated pit / phosphatidylinositol binding / receptor internalization ...angiotensin receptor binding / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / inositol hexakisphosphate binding / G protein-coupled receptor internalization / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / positive regulation of receptor internalization / endocytic vesicle / clathrin-coated pit / phosphatidylinositol binding / receptor internalization / protein transport / molecular adaptor activity / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / signal transduction / nucleus / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å | |||||||||
![]() | Maharana J / Sarma P / Yadav MK / Banerjee R / Shukla AK | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural snapshots uncover a key phosphorylation motif in GPCRs driving β-arrestin activation. 著者: Jagannath Maharana / Parishmita Sarma / Manish K Yadav / Sayantan Saha / Vinay Singh / Shirsha Saha / Mohamed Chami / Ramanuj Banerjee / Arun K Shukla / ![]() ![]() 要旨: Agonist-induced GPCR phosphorylation is a key determinant for the binding and activation of β-arrestins (βarrs). However, it is not entirely clear how different GPCRs harboring divergent ...Agonist-induced GPCR phosphorylation is a key determinant for the binding and activation of β-arrestins (βarrs). However, it is not entirely clear how different GPCRs harboring divergent phosphorylation patterns impart converging active conformation on βarrs leading to broadly conserved functional responses such as desensitization, endocytosis, and signaling. Here, we present multiple cryo-EM structures of activated βarrs in complex with distinct phosphorylation patterns derived from the carboxyl terminus of different GPCRs. These structures help identify a P-X-P-P type phosphorylation motif in GPCRs that interacts with a spatially organized K-K-R-R-K-K sequence in the N-domain of βarrs. Sequence analysis of the human GPCRome reveals the presence of this phosphorylation pattern in a large number of receptors, and its contribution in βarr activation is demonstrated by targeted mutagenesis experiments combined with an intrabody-based conformational sensor. Taken together, our findings provide important structural insights into the ability of distinct GPCRs to activate βarrs through a significantly conserved mechanism. #1: ![]() タイトル: Structure of beta-arrestin in complex with a phosphopeptide 著者: Maharana J / Sarma P / Yadav MK / Banerjee R / Shukla AK | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 168.1 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 22.9 KB 22.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 64.8 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.8 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 165 MB 165 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 927.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 926.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8gooMC ![]() 8go8C ![]() 8gocC ![]() 8gp3C ![]() 8i0nC ![]() 8i0qC ![]() 8i0zC ![]() 8i10C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Full map with pixel size 1.2487111. | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.2487 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half map A with pixel size 1.2487111.
ファイル | emd_34178_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A with pixel size 1.2487111. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B with pixel size 1.2487111.
ファイル | emd_34178_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B with pixel size 1.2487111. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Peptide4 bound beta-arrestin2 in complex with Fab30
全体 | 名称: Peptide4 bound beta-arrestin2 in complex with Fab30 |
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要素 |
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-超分子 #1: Peptide4 bound beta-arrestin2 in complex with Fab30
超分子 | 名称: Peptide4 bound beta-arrestin2 in complex with Fab30 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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分子量 | 理論値: 280 KDa |
-超分子 #2: beta-arrestin 2
超分子 | 名称: beta-arrestin 2 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-超分子 #3: Fab30
超分子 | 名称: Fab30 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-超分子 #4: C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1
超分子 | 名称: C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1 / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Beta-arrestin-2
分子 | 名称: Beta-arrestin-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 47.217676 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MGEKPGTRVF KKSSPNGKLT VYLGKRDFVD HLDKVDPVDG VVLVDPDYLK DRKVFVTLTV AFRYGREDCD VLGLSFRKDL FIANYQAFP PTPNPPRPPT RLQERLLRKL GQHAHPFFFT IPQNLPSSVT LQPGPEDTGK ALGVDFEIRA FVAKSLEEKS H KRNSVRLV ...文字列: MGEKPGTRVF KKSSPNGKLT VYLGKRDFVD HLDKVDPVDG VVLVDPDYLK DRKVFVTLTV AFRYGREDCD VLGLSFRKDL FIANYQAFP PTPNPPRPPT RLQERLLRKL GQHAHPFFFT IPQNLPSSVT LQPGPEDTGK ALGVDFEIRA FVAKSLEEKS H KRNSVRLV IRKVQFAPEK PGPQPSAETT RHFLMSDRSL HLEASLDKEL YYHGEPLNVN VHVTNNSTKT VKKIKVSVRQ YA DIVLFST AQYKVPVAQV EQDDQVSPSS TFSKVYTITP FLANNREKRG LALDGKLKHE DTNLASSTIV KEGANKEVLG ILV SYRVKV KLVVSRGGDV SVELPFVLMH PKPHDHIALP RPQSAATHPP TLLPSAVPET DAPVDTNLIE FETNYATDDD IVFE DFARL RLKGLKDEDY DDQFC UniProtKB: Beta-arrestin-2 |
-分子 #2: Fab30 Heavy Chain
分子 | 名称: Fab30 Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 25.512354 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NVYSSSIHWV RQAPGKGLEW VASISSYYGY TYYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARSRQFWYSG LDYWGQGTLV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA ...文字列: EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NVYSSSIHWV RQAPGKGLEW VASISSYYGY TYYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARSRQFWYSG LDYWGQGTLV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA LTSGVHTFPA VLQSSGLYSL SSVVTVPSSS LGTQTYICNV NHKPSNTKVD KKVEPKSCDK THHHHHHHH |
-分子 #3: Fab30 Light Chain
分子 | 名称: Fab30 Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 23.435064 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQYKYVPVTF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDSQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD ...文字列: SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQYKYVPVTF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDSQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGEC |
-分子 #4: C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1
分子 | 名称: C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 2.69834 KDa |
配列 | 文字列: E(SEP)K(SEP)F(TPO)R(SEP)(TPO)V D(TPO)MAQKTQAV |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 283.15 K / 装置: LEICA EM GP / 詳細: Blotted for 3 seconds before plunging.. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: COUNTING / 実像数: 8614 / 平均電子線量: 51.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 46000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |