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- EMDB-34153: Structure of UmuD in complex with RecA filament -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34153
タイトルStructure of UmuD in complex with RecA filament
マップデータ
試料
  • 複合体: RecA-UmuD complex
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase V subunit UmuD
    • DNA: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
    • タンパク質・ペプチド: Protein RecA
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
キーワードSOS response / RecA / UmuD / Filament / DNA repair / Helical Reconstruction / DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


repressor LexA / SOS response / ATP-dependent DNA damage sensor activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type peptidase activity / single-stranded DNA binding / DNA recombination / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity ...repressor LexA / SOS response / ATP-dependent DNA damage sensor activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type peptidase activity / single-stranded DNA binding / DNA recombination / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA repair / regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Peptidase S24, LexA-like / : / LexA-like / Peptidase S24/S26A/S26B/S26C / Peptidase S24-like / LexA/Signal peptidase-like superfamily / DNA recombination/repair protein RecA, conserved site / DNA recombination and repair protein RecA, C-terminal / : / RecA C-terminal domain ...Peptidase S24, LexA-like / : / LexA-like / Peptidase S24/S26A/S26B/S26C / Peptidase S24-like / LexA/Signal peptidase-like superfamily / DNA recombination/repair protein RecA, conserved site / DNA recombination and repair protein RecA, C-terminal / : / RecA C-terminal domain / recA signature. / DNA recombination and repair protein RecA / : / recA bacterial DNA recombination protein / DNA recombination and repair protein RecA, monomer-monomer interface / RecA family profile 2. / DNA recombination and repair protein RecA-like, ATP-binding domain / RecA family profile 1. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein RecA / DNA polymerase V subunit UmuD
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.31 Å
データ登録者Gao B / Feng Y
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31970040 中国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023
タイトル: Structural basis for regulation of SOS response in bacteria.
著者: Bo Gao / Liang Liang / Lu Su / Aijia Wen / Chun Zhou / Yu Feng /
要旨: In response to DNA damage, bacterial RecA protein forms filaments with the assistance of DinI protein. The RecA filaments stimulate the autocleavage of LexA, the repressor of more than 50 SOS genes, ...In response to DNA damage, bacterial RecA protein forms filaments with the assistance of DinI protein. The RecA filaments stimulate the autocleavage of LexA, the repressor of more than 50 SOS genes, and activate the SOS response. During the late phase of SOS response, the RecA filaments stimulate the autocleavage of UmuD and λ repressor CI, leading to mutagenic repair and lytic cycle, respectively. Here, we determined the cryo-electron microscopy structures of RecA filaments in complex with DinI, LexA, UmuD, and λCI by helical reconstruction. The structures reveal that LexA and UmuD dimers bind in the filament groove and cleave in an intramolecular and an intermolecular manner, respectively, while λCI binds deeply in the filament groove as a monomer. Despite their distinct folds and oligomeric states, all RecA filament binders recognize the same conserved protein features in the filament groove. The SOS response in bacteria can lead to mutagenesis and antimicrobial resistance, and our study paves the way for rational drug design targeting the bacterial SOS response.
履歴
登録2022年8月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年12月21日-
マップ公開2022年12月21日-
更新2024年7月3日-
現状2024年7月3日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34153.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34153.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.19 Å/pix.
x 220 pix.
= 261.8 Å		1.19 Å/pix.
x 220 pix.
= 261.8 Å		1.19 Å/pix.
x 220 pix.
= 261.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.19 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.01
最小 - 最大-0.07008572 - 0.113613494
平均 (標準偏差)0.00011856183 (±0.0032810997)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ220220220
Spacing220220220
セルA=B=C: 261.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_34153_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_34153_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_34153_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : RecA-UmuD complex

全体名称: RecA-UmuD complex
要素
  • 複合体: RecA-UmuD complex
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase V subunit UmuD
    • DNA: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
    • タンパク質・ペプチド: Protein RecA
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER

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超分子 #1: RecA-UmuD complex

超分子名称: RecA-UmuD complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: DNA polymerase V subunit UmuD

分子名称: DNA polymerase V subunit UmuD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: repressor LexA
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 15.017207 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MLFIKPADLR EIVTFPLFSD LVQCGFPSPA ADYVEQRIDL NQLLIQHPSA TYFVKASGDS MIDGGISDGD LLIVDSAITA SHGDIVIAA VDGEFTVAKL QLRPTVQLIP MNSAYSPITI SSEDTLDVFG VVIHVVKAMR

UniProtKB: DNA polymerase V subunit UmuD

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分子 #3: Protein RecA

分子名称: Protein RecA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 38.016277 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAIDENKQKA LAAALGQIEK QFGKGSIMRL GEDRSMDVET ISTGSLSLDI ALGAGGLPMG RIVEIYGPES SGKTTLTLQV IAAAQREGK TCAFIDAEHA LDPIYARKLG VDIDNLLCSQ PDTGEQALEI CDALARSGAV DVIVVDSVAA LTPKAEIEGE I GDSHMGLA ...文字列:
MAIDENKQKA LAAALGQIEK QFGKGSIMRL GEDRSMDVET ISTGSLSLDI ALGAGGLPMG RIVEIYGPES SGKTTLTLQV IAAAQREGK TCAFIDAEHA LDPIYARKLG VDIDNLLCSQ PDTGEQALEI CDALARSGAV DVIVVDSVAA LTPKAEIEGE I GDSHMGLA ARMMSQAMRK LAGNLKQSNT LLIFINQIRM KIGVMFGNPE TTTGGNALKF YASVRLDIRR IGAVKEGENV VG SETRVKV VKNKIAAPFK QAEFQILYGE GINFYGELVD LGVKEKLIEK AGAWYSYKGE KIGQGKANAT AWLKDNPETA KEI EKKVRE LLLSNPNSTP DFSVDDSEGV AETNEDF

UniProtKB: Protein RecA

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分子 #2: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')

分子名称: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3') / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 1.780199 KDa
配列文字列:
(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)

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分子 #4: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #5: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: AGS
分子量理論値: 523.247 Da
Chemical component information

ChemComp-AGS:
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-γ-S / ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 52.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 31.6 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 118.3 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.31 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 137040
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

22524

最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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