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- EMDB-33988: Cryo-EM structure of RNA polymerase in complex with P protein tet... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33988
タイトルCryo-EM structure of RNA polymerase in complex with P protein tetramer of Newcastle disease virus
マップデータ
試料
  • 複合体: NDV L-P complex
    • タンパク質・ペプチド: NDV P protein
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase L
キーワードcryo-EM / L-P complex / Newcastle disease virus / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


GDP polyribonucleotidyltransferase / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / virion component / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell cytoplasm / RNA-directed RNA polymerase / RNA-dependent RNA polymerase activity / GTPase activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphoprotein P soyouz module / N-terminal region of Paramyxovirinae phosphoprotein (P) / RNA-directed RNA polymerase, paramyxovirus / P/V phosphoprotein, paramyxoviral / Paramyxovirus P/V phosphoprotein C-terminal / Mononegavirales RNA-directed RNA polymerase catalytic domain / Mononegavirus L protein 2-O-ribose methyltransferase / Mononegavirales mRNA-capping domain V / RNA-directed RNA polymerase L, C-terminal / Mononegavirales RNA dependent RNA polymerase ...Phosphoprotein P soyouz module / N-terminal region of Paramyxovirinae phosphoprotein (P) / RNA-directed RNA polymerase, paramyxovirus / P/V phosphoprotein, paramyxoviral / Paramyxovirus P/V phosphoprotein C-terminal / Mononegavirales RNA-directed RNA polymerase catalytic domain / Mononegavirus L protein 2-O-ribose methyltransferase / Mononegavirales mRNA-capping domain V / RNA-directed RNA polymerase L, C-terminal / Mononegavirales RNA dependent RNA polymerase / Mononegavirales mRNA-capping region V / RdRp of negative ssRNA viruses with non-segmented genomes catalytic domain profile. / Mononegavirus L protein 2'-O-ribose methyltransferase domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-directed RNA polymerase L / Phosphoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Avian orthoavulavirus 1 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Chen Y / Jingyuan C / Xiaoying F
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Basic Research Program of China (973 Program)2017YFC0840300 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structure of the Newcastle Disease Virus L protein in complex with tetrameric phosphoprotein.
著者: Jingyuan Cong / Xiaoying Feng / Huiling Kang / Wangjun Fu / Lei Wang / Chenlong Wang / Xuemei Li / Yutao Chen / Zihe Rao /
要旨: Newcastle disease virus (NDV) belongs to Paramyxoviridae, which contains lethal human and animal pathogens. NDV RNA genome is replicated and transcribed by a multifunctional 250 kDa RNA-dependent ...Newcastle disease virus (NDV) belongs to Paramyxoviridae, which contains lethal human and animal pathogens. NDV RNA genome is replicated and transcribed by a multifunctional 250 kDa RNA-dependent RNA polymerase (L protein). To date, high-resolution structure of NDV L protein complexed with P protein remains to be elucidated, limiting our understanding of the molecular mechanisms of Paramyxoviridae replication/transcription. Here, we used cryo-EM and enzymatic assays to investigate the structure-function relationship of L-P complex. We found that C-terminal of CD-MTase-CTD module of the atomic-resolution L-P complex conformationally rearranges, and the priming/intrusion loops are likely in RNA elongation conformations different from previous structures. The P protein adopts a unique tetrameric organization and interacts with L protein. Our findings indicate that NDV L-P complex represents elongation state distinct from previous structures. Our work greatly advances the understanding of Paramyxoviridae RNA synthesis, revealing how initiation/elongation alternates, providing clues for identifying therapeutic targets against Paramyxoviridae.
履歴
登録2022年8月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月15日-
マップ公開2023年2月15日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33988.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33988.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 300 pix.
= 312. Å		1.04 Å/pix.
x 300 pix.
= 312. Å		1.04 Å/pix.
x 300 pix.
= 312. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.019
最小 - 最大-0.071702406 - 0.13487178
平均 (標準偏差)-0.000029074246 (±0.0025468566)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 312.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_33988_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_33988_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : NDV L-P complex

全体名称: NDV L-P complex
要素
  • 複合体: NDV L-P complex
    • タンパク質・ペプチド: NDV P protein
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase L

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超分子 #1: NDV L-P complex

超分子名称: NDV L-P complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Avian orthoavulavirus 1 (ウイルス)

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分子 #1: NDV P protein

分子名称: NDV P protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Avian orthoavulavirus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 41.738379 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MATFTDAEID ELFETSGTVI DSIITAQGKP VETVGRSAIP QGKTKALSLA WEKHGNTNTP AAQESAGEQD QHGQNQASNS NRATPEEGP HSSQAQAATQ PQEDANESQL KTGASSSLLS MLDKLSNKSS NAKKGPPQSP PQQALHSKGS PAVEQTQHGA N QGRAQQET ...文字列:
MATFTDAEID ELFETSGTVI DSIITAQGKP VETVGRSAIP QGKTKALSLA WEKHGNTNTP AAQESAGEQD QHGQNQASNS NRATPEEGP HSSQAQAATQ PQEDANESQL KTGASSSLLS MLDKLSNKSS NAKKGPPQSP PQQALHSKGS PAVEQTQHGA N QGRAQQET GHQAAPSPGP PGTGVNIAFP GQRGVSPQSV GATQPAPQSG QNQGSTPASA DHVQPPVDFV QAMMSMMEAI SQ RVSKIDY QLDLVLKQTS SIPTMRSEIQ QLKTSVAVME ANLGMMKILD PGCANVSSLS DLRAVAKSHP VLIAGPGDPS PYV TQGGEI ALNKLSQPVP HPSDLIKHAT SGGPDIGIER DTVRALILSR PMHPSSSSKL LSKLDSAGSV EEIRKIKRLA LNG

UniProtKB: Phosphoprotein

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分子 #2: RNA-directed RNA polymerase L

分子名称: RNA-directed RNA polymerase L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Avian orthoavulavirus 1 (ウイルス)
分子量理論値: 249.183188 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MAGSGSERAE HQIILPESHL SSPLVKHKLL YYWKLTGLPL PDECDFDHLI LSRQWKKILE SSTPDIERMI KLGRSVHQTL SHSSKLTGI LHPRCLEDLV GLDIPDSTNK FRRIEKKIQI HNTRYGEPFT RLCSYVEKKL LGSSWTHKIR RSEEFDSLRT D PAFWFHSS ...文字列:
MAGSGSERAE HQIILPESHL SSPLVKHKLL YYWKLTGLPL PDECDFDHLI LSRQWKKILE SSTPDIERMI KLGRSVHQTL SHSSKLTGI LHPRCLEDLV GLDIPDSTNK FRRIEKKIQI HNTRYGEPFT RLCSYVEKKL LGSSWTHKIR RSEEFDSLRT D PAFWFHSS WSTAKFAWLH VKQIQRHLIV AARTRSASNK LVTLSHRSGQ VFITPELVIV THTNENKFTC LSQELVLMYA DM MEGRDMV NIISSTAVHL RCLAEKIDDI LRLVDALARD LGNQVYDVVA LMEGFAYGAV QLLEPSGTFA GDFFSFNLQE LRD TLICLL PQRIADSVTH AIANIFSGLE QNQAAEMLCL LRLWGHPLLE SRAAAKAVRA QMCAPKMVDF DMILQVLSFF KGTI INGYR KKNAGVWPRV KAHTIYGNVI AQLHADSAEI SHDIMLREYK NLSAIEFEAC IEYDPVTNLS MFLKDKAIAH PRNNW LASF RRNLLSEEQK KNVQDSTSTN RLLIEFLESN DFDPYKEMEY LTTLEYLRDD SVAVSYSLKE EEVKVNGRIF AKLTKK LRN CQVMAEGILA DQIAPFFQGN GVIQDSISLT KSMLAMSQLS YNSNRKRITD CKERVSSSRN HDLKGKHRRR VATFITT DL QKYCLNWRYQ TIKLFAHAIN QLMGLPHFFE WIHLRLMDTT MFVGDPFNPP SDPTDYDLTK VPNDDIYIVS ARGGIEGL C QKLWTMISIA AIQLAAARSH CRVACMVQGD NQVIAVTREV RPDDSPESVL TQLHEASDNF FRELIHVNHL IGHNLKDRE TIRSDTFFIY SKRIFKDGAI LSQVLKNSSK LVLVSGDLSE NTVMSCANIS STVARLCENG LPKDFCYYLN YLMSCIQTYF DSEFSITSS TQSGSNQSWI NDIPFIHSYV LTPAQLGGLS NLQYSRLYTR NIGDPGTTAF AEVKRLEAVG LLGPNIMTNI L TRPPGNGD WASLCNDPYS FNFESVASPS IVLKKHTQRV LFETCSNPLL SGVHTEDNEA EEKALAEYLL NQEVIHPRVA HA IMEASSV GRRKQIQGLV DTTNTVIKIA LSRKPLGIKR LARIINYSSM HAMLFRDDVF LSNRANHPLV SSDMCSLALA DYA RNRSWS PLTGGRKILG VSNPDTIELV EGEILSISGG CSKCDSGDEQ FTWFHLPSNI ELTDDTSKNP PMRVPYLGSK TQER RAASL AKIAHMSPHV KAALRASSVL IWAYGDNDIN WTAALKLARS RCNISSEYLR LLSPLPTAGN LQHRLDDGIT QMTFT PASL YRVSPYVHIS NDSQRLFTEE GVKEGNVVYQ QIMLLGLSLI ESLFPMTVTK TYDEITLHLH SKFSCCIREA PVAVPF ELT GVAPDLRVVA SNKFMYDPNP VAEGDFARLD LAIFKSYELN LESYSTVELM NILSISSGKL IGQSVVSYDE ETSIKND AI IVYDNTRNWI SEAQNSDVVR LFEYAALEVL LDCSYQLYYL RVRGLNNVVL YMSDLYKNMP GILLSNIAAT ISHPIIHS R LHTVGLISHD GSHQLADTDF IELSAKLLVS CTRRVVSGLY AGNKYDLLFP SVLDDNLNEK MLQLISRLCC LYTVLFATT REIPKIRGLP AEEKCAMLTE YLLSDAVRPL LSPEQVDSIT SPSIVTFPAN LYYMSRKSLN LIREREDRDS ILALMFPQEP LFEFPLVQD IGARVKDQLT MKPAAFLHEL DLSAPARYDA YTLEQARSDC ALADMGEDQL VRYLFRGVGT ASSSWYKASH L LSVPEIRC ARHGNSLYLA EGSGAIMSLL ELHIPHETIY YNTLFSNEMN PPQRHFGPTP TQFLNSVVYR NLQAEVPCKD GF VQEFRTL WRENTEESDL TSDKAVGYIT SVVPYRSVSL LHCDIEIPPG SNQSLLDQLA TNLSLIAMHS VREGGVVIVK ILY SMGYYF HLLVNLFTPC SVKGYVLSNG YACRGDMECY VVFVMGYLGG PTFVNEVVRM AKTLIQRHGT LLAKSDETAL MALF TSQKQ RVDNILSSPL PRLAKLLRRN IDTALIEAGG QPVRPFCAES LVNTLSDITQ TTQVIASHID TVIRSVIYME AEGDL ADTV FLFTPYNLSI DGKKRTSLKQ CTRQILEVTI LGLGPEDLNR VGDIISLILR GTISLEDLIP LRTYLKMSTC PKYLKS VLG LTKLREMFSD GSMLYLTRAQ QKFYMKTVGN AVKGYYNSSK NENLYFQG

UniProtKB: RNA-directed RNA polymerase L

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態3D array

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.25 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 153000
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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