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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Nb29-alpha1AAR-miniGsq complex bound to noradrenaline | |||||||||
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![]() | GPCR / Nanobody / Agonist / Complex / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) / ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.52 Å | |||||||||
![]() | Toyoda Y / Zhu A / Yan C / Kobilka BK / Liu X | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis of α-adrenergic receptor activation and recognition by an extracellular nanobody. 著者: Yosuke Toyoda / Angqi Zhu / Fang Kong / Sisi Shan / Jiawei Zhao / Nan Wang / Xiaoou Sun / Linqi Zhang / Chuangye Yan / Brian K Kobilka / Xiangyu Liu / ![]() ![]() ![]() 要旨: The αadrenergic receptor (αAR) belongs to the family of G protein-coupled receptors that respond to adrenaline and noradrenaline. αAR is involved in smooth muscle contraction and cognitive ...The αadrenergic receptor (αAR) belongs to the family of G protein-coupled receptors that respond to adrenaline and noradrenaline. αAR is involved in smooth muscle contraction and cognitive function. Here, we present three cryo-electron microscopy structures of human αAR bound to the endogenous agonist noradrenaline, its selective agonist oxymetazoline, and the antagonist tamsulosin, with resolutions range from 2.9 Å to 3.5 Å. Our active and inactive αAR structures reveal the activation mechanism and distinct ligand binding modes for noradrenaline compared with other adrenergic receptor subtypes. In addition, we identified a nanobody that preferentially binds to the extracellular vestibule of αAR when bound to the selective agonist oxymetazoline. These results should facilitate the design of more selective therapeutic drugs targeting both orthosteric and allosteric sites in this receptor family. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 40.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 18.3 KB 18.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 50.5 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 39.8 MB 39.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 720.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 720.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.0979 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_33928_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_33928_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Nb29-alpha1AAR-miniGsq complex
全体 | 名称: Nb29-alpha1AAR-miniGsq complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Nb29-alpha1AAR-miniGsq complex
超分子 | 名称: Nb29-alpha1AAR-miniGsq complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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-超分子 #2: Nb29
超分子 | 名称: Nb29 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3 |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
-超分子 #3: alpha1AAR
超分子 | 名称: alpha1AAR / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-超分子 #4: miniGsq
超分子 | 名称: miniGsq / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: alpha1A-adrenergic receptor
分子 | 名称: alpha1A-adrenergic receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 53.736715 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDAMVFLSG QASDSSQCTQ PPAPVQISKA ILLGVILGGL ILFGVLGNIL VILSVACHRH LHSVTHYYI VNLAVADLLL TSTVLPFSAI FEVLGYWAFG RVFCNIWAAV DVLCCTASIM GLCIISIDRY IGVSYPLRYP T IVTQRRGL ...文字列: MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDAMVFLSG QASDSSQCTQ PPAPVQISKA ILLGVILGGL ILFGVLGNIL VILSVACHRH LHSVTHYYI VNLAVADLLL TSTVLPFSAI FEVLGYWAFG RVFCNIWAAV DVLCCTASIM GLCIISIDRY IGVSYPLRYP T IVTQRRGL MALLCVWALS LVISIGPLFG WRQPAPEDET ICQINEEPGY VLFSALGSFY LPLAIILVMY CRVYVVAKRE SR GLKSGLN IFEMLRIDEG GGSGGDEAEK LFNQDVDAAV RGILRNAKLK PVYDSLDAVR RAALINMVFQ MGETGVAGFT NSL RMLQQK RWDEAAVNLA KSRWYNQTPN RAKRVITTFR TGTWDAYLKF SREKKAAKTL GIVVGCFVLC WLPFFLVMPI GSFF PDFKP SETVFKIVFW LGYLNSCINP IIYPCSSQEF KKAFQNVLRI QCLCRKQSSK HALGYTLHPP SQAVEGQHHH HHHHH |
-分子 #2: miniGsq
分子 | 名称: miniGsq / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 28.571365 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MGHHHHHHHH LEVLFQGPIE KQLQKDKQVY RATHRLLLLG ADNSGKSTIV KQMRILHGGS GGSGGTSGIF ETKFQVDKVN FHMFDVGGQ RDERRKWIQC FNDVTAIIFV VDSSDYNRLQ EALNDFKSIW NNRWLRTISV ILFLNKQDLL AEKVLAGKSK I EDYFPEFA ...文字列: MGHHHHHHHH LEVLFQGPIE KQLQKDKQVY RATHRLLLLG ADNSGKSTIV KQMRILHGGS GGSGGTSGIF ETKFQVDKVN FHMFDVGGQ RDERRKWIQC FNDVTAIIFV VDSSDYNRLQ EALNDFKSIW NNRWLRTISV ILFLNKQDLL AEKVLAGKSK I EDYFPEFA RYTTPEDATP EPGEDPRVTR AKYFIRDEFL RISTASGDGR HYCYPHFTCA VDTENARRIF NDCKDIILQM NL REYNLV |
-分子 #3: Nb29
分子 | 名称: Nb29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 15.815713 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MKYLLPTAAA GLLLLAAQPA MAQVQLQESG GGLVQAGGSL RLSCAASGNI SAHWKMGWYR QAPGKEREFV AGIGYANTNY ADSVKGRFT ISRDNAKNTV YLQMNSLKPE DTAVYYCAAY SYYRDHSYWG QGTQVTVSSH HHHHH |
-分子 #4: Noradrenaline
分子 | 名称: Noradrenaline / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: E5E |
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分子量 | 理論値: 170.186 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-E5E: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.3 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.52 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 393000 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC |