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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-33724 | |||||||||
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タイトル | SARS-CoV-2 B.1.620 variant spike (open state) | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | SARS-CoV-2 / B.1.620 / spike / VIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang X / Fu W | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Virol Sin / 年: 2022 タイトル: Structures of SARS-CoV-2 spike protein alert noteworthy sites for the potential approaching variants. 著者: Xiaorui Xing / Lei Wang / Zhen Cui / Wangjun Fu / Tao Zheng / Lili Qin / Pingju Ge / Aidong Qian / Nan Wang / Shuai Yuan / 要旨: • Deletion of residues 156–157 warps the neighboring beta-sheet and leads NTD and RBD to shift. • T859N stabilizes the packing of the 630 loop motif to make RBD standing transition more ...• Deletion of residues 156–157 warps the neighboring beta-sheet and leads NTD and RBD to shift. • T859N stabilizes the packing of the 630 loop motif to make RBD standing transition more difficult. • The overall structures of the closed state S complex from different variants resemble each other. • Mutations in FPPR may affect the overall structure of the trimeric spike protein. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_33724.map.gz | 117.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-33724-v30.xml emd-33724.xml | 14.2 KB 14.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_33724.png | 48.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-33724.cif.gz | 6 KB | ||
その他 | emd_33724_half_map_1.map.gz emd_33724_half_map_2.map.gz | 98.6 MB 98.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33724 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33724 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_33724_validation.pdf.gz | 885.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_33724_full_validation.pdf.gz | 884.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_33724_validation.xml.gz | 13.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_33724_validation.cif.gz | 16.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33724 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33724 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7ybkMC 7ybhC 7ybiC 7ybjC 7yblC 7ybmC 7ybnC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_33724.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_33724_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_33724_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : SARS-CoV-2 B.1.620 variant spike (open state)
全体 | 名称: SARS-CoV-2 B.1.620 variant spike (open state) |
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要素 |
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-超分子 #1: SARS-CoV-2 B.1.620 variant spike (open state)
超分子 | 名称: SARS-CoV-2 B.1.620 variant spike (open state) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
-分子 #1: Spike glycoprotein
分子 | 名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: B.1.620 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 140.58075 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPSAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNVIKRFD NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNAVIK VCEFQFCNDP FLGVYYHKNN KSWMESEFRV Y SSANNCTF ...文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPSAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNVIKRFD NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNAVIK VCEFQFCNDP FLGVYYHKNN KSWMESEFRV Y SSANNCTF EYVSQPFLMD LEGKQGNFKN LREFVFKNID GYFKIYSKHT PINLVRDLPQ GFSALEPLVD LPIGINITRF QT LLALHNS SSGWTAGAAA YYVGYLQPRT FLLKYNENGT ITDAVDCALD PLSETKCTLK SFTVEKGIYQ TSNFRVQPTE SIV RFPNIT NLCPFGEVFN ATRFASVYAW NRKRISNCVA DYSVLYNSAS FSTFKCYGVS PTKLNDLCFT NVYADSFVIR GDEV RQIAP GQTGKIADYN YKLPDDFTGC VIAWNSNNLD SKVGGNYNYL YRLFRKSNLK PFERDISTEI YQAGNTPCNG VKGFN CYFP LQSYGFQPTY GVGYQPYRVV VLSFELLHAP ATVCGPKKST NLVKNKCVNF NFNGLTGTGV LTESNKKFLP FQQFGR DIA DTTDAVRDPQ TLEILDITPC SFGGVSVITP GTNTSNQVAV LYQGVNCTEV PVAIHADQLT PTWRVYSTGS NVFQTRA GC LIGAEHVNNS YECDIPIGAG ICASYQTQTN SPRRARSVAS QSIIAYTMSL GAENSVAYSN NSIAIPTNFT ISVTTEIL P VSMTKTSVDC TMYICGDSTE CSNLLLQYGS FCTQLNRALT GIAVEQDKNT QEVFAQVKQI YKTPPIKDFG GFNFSQILP DPSKPSKRSF IEDLLFNKVT LADAGFIKQY GDCLGDIAAR DLICAQKFNG LTVLPPLLTD EMIAQYTSAL LAGTITSGWT FGAGAALQI PFAMQMAYRF NGIGVTQNVL YENQKLIANQ FNSAIGKIQD SLSSTPSALG KLQDVVNQNA QALNTLVKQL S SNFGAISS VLNDILSRLD KVEAEVQIDR LITGRLQSLQ TYVTQQLIRA AEIRASANLA ATKMSECVLG QSKRVDFCGK GY HLMSFPQ SAPHGVVFLH VTYVPAQEKN FTTAPAICHD GKAHFPREGV FVSNGTHWFV TQRNFYEPQI ITTDNTFVSG NCD VVIGIV NNTVYDPLQP ELDSFKEELD KYFKNHTSPD VDLGDISGIN ASVVNIQKEI DRLNEVAKNL NESLIDLQEL GKYE QYIKW PWYIWLGFIA GLIAIVMVTI MLCCMTSCCS CLKGCCSCGS CCKFDEDDSE PVLKGVKLHY T UniProtKB: Spike glycoprotein |
-分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 26 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
解析 | 単粒子再構成法 |
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試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 315257 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |