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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-33666 | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | chicken KNL2 in complex with the CENP-A nucleosome | ||||||||||||||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | centromere / kinetochore / NUCLEAR PROTEIN-DNA COMPLEX | ||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 CENP-A containing chromatin assembly / protein localization to chromosome, centromeric region / kinetochore assembly / condensed chromosome, centromeric region / establishment of mitotic spindle orientation / mitotic cytokinesis / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / negative regulation of megakaryocyte differentiation / protein localization to CENP-A containing chromatin / Chromatin modifying enzymes ...CENP-A containing chromatin assembly / protein localization to chromosome, centromeric region / kinetochore assembly / condensed chromosome, centromeric region / establishment of mitotic spindle orientation / mitotic cytokinesis / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / negative regulation of megakaryocyte differentiation / protein localization to CENP-A containing chromatin / Chromatin modifying enzymes / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / CENP-A containing nucleosome / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / nucleosomal DNA binding / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / Inhibition of DNA recombination at telomere / telomere organization / Meiotic synapsis / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / Interleukin-7 signaling / RNA Polymerase I Promoter Opening / epigenetic regulation of gene expression / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / SUMOylation of chromatin organization proteins / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / HCMV Late Events / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / innate immune response in mucosa / PRC2 methylates histones and DNA / Defective pyroptosis / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / lipopolysaccharide binding / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / NoRC negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / G2/M DNA damage checkpoint / HDMs demethylate histones / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / heterochromatin formation / PKMTs methylate histone lysines / Metalloprotease DUBs / Meiotic recombination / Pre-NOTCH Transcription and Translation / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / Transcriptional regulation of granulopoiesis / structural constituent of chromatin / UCH proteinases / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / nucleosome / nucleosome assembly / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / chromatin organization / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / antibacterial humoral response / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / HATs acetylate histones / gene expression / Processing of DNA double-strand break ends / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oxidative Stress Induced Senescence / defense response to Gram-negative bacterium / Estrogen-dependent gene expression / killing of cells of another organism / chromosome, telomeric region / Ub-specific processing proteases / defense response to Gram-positive bacterium / cadherin binding / protein heterodimerization activity / Amyloid fiber formation / negative regulation of cell population proliferation / protein-containing complex / DNA binding / RNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) / Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物) | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.42 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Ariyoshi M / Jiang H / Makino F / Fukagawa T | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 日本, 7件
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引用 | ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022 タイトル: The cryo-EM structure of the CENP-A nucleosome in complex with ggKNL2. 著者: Jiang H / Ariyoshi M / Watanabe R / Makino F / Namba K / Fukagawa T | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_33666.map.gz | 25.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-33666-v30.xml emd-33666.xml | 29.4 KB 29.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_33666_fsc.xml | 6.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_33666.png | 59.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-33666.cif.gz | 7.5 KB | ||
その他 | emd_33666_half_map_1.map.gz emd_33666_half_map_2.map.gz | 19.8 MB 19.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33666 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33666 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_33666_validation.pdf.gz | 915.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_33666_full_validation.pdf.gz | 915.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_33666_validation.xml.gz | 12.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_33666_validation.cif.gz | 17.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33666 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33666 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7y7iMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_33666.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.98 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_33666_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_33666_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : the CENP-C like motif of chicken KNL2 in complex with the CENP-A ...
+超分子 #1: the CENP-C like motif of chicken KNL2 in complex with the CENP-A ...
+超分子 #2: chimeric CENP-A
+超分子 #3: nucleosome
+超分子 #4: DNA
+超分子 #5: Myb-like domain-containing protein
+分子 #1: Histone H3.1,Histone H3-like centromeric protein A
+分子 #2: Histone H4
+分子 #3: Histone H2A type 1-B/E
+分子 #4: Histone H2B type 1-J
+分子 #7: Myb-like domain-containing protein
+分子 #5: Chains: I
+分子 #6: Chains: J
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL CRYO ARM 300 |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5858 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 実像数: 9450 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 20.0 µm / 倍率(補正後): 49000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER / ホルダー冷却材: NITROGEN |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル |
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詳細 | Initial local fitting and refinement were performed using PHENIX. The complex model was iteratively modified in Coot and refined in PHENIX. | ||||||
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER | ||||||
得られたモデル | PDB-7y7i: |