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- EMDB-33620: Cryo-EM structure of a eukaryotic ZnT8 at a low pH -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33620
タイトルCryo-EM structure of a eukaryotic ZnT8 at a low pH
マップデータ
試料
  • 複合体: xtZnT8 dimer complexed with zinc and proton
    • タンパク質・ペプチド: Zinc transporter 8
  • リガンド: ZINC ION
機能・相同性
機能・相同性情報


Insulin processing / Zinc efflux and compartmentalization by the SLC30 family / : / zinc ion transmembrane transporter activity / zinc ion transmembrane transport / intracellular zinc ion homeostasis / insulin secretion / transport vesicle membrane / response to zinc ion / response to glucose ...Insulin processing / Zinc efflux and compartmentalization by the SLC30 family / : / zinc ion transmembrane transporter activity / zinc ion transmembrane transport / intracellular zinc ion homeostasis / insulin secretion / transport vesicle membrane / response to zinc ion / response to glucose / membrane => GO:0016020 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Zinc transporter 8 / Cation efflux protein, cytoplasmic domain superfamily / Cation efflux protein / Cation efflux transmembrane domain superfamily / Cation efflux family
類似検索 - ドメイン・相同性
Zinc transporter 8
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus tropicalis (ネッタイツメガエル)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.72 Å
データ登録者Zhang S / Fu C / Luo Y / Sun Z / Su Z / Zhou X
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31770783 中国
引用ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structure of a eukaryotic zinc transporter at a low pH suggests its Zn-releasing mechanism.
著者: Senfeng Zhang / Chunting Fu / Yongbo Luo / Qingrong Xie / Tong Xu / Ziyi Sun / Zhaoming Su / Xiaoming Zhou /
要旨: Zinc transporter 8 (ZnT8) is mainly expressed in pancreatic islet β cells and is responsible for H-coupled uptake (antiport) of Zn into the lumen of insulin secretory granules. Structures of human ...Zinc transporter 8 (ZnT8) is mainly expressed in pancreatic islet β cells and is responsible for H-coupled uptake (antiport) of Zn into the lumen of insulin secretory granules. Structures of human ZnT8 and its prokaryotic homolog YiiP have provided structural basis for constructing a plausible transport cycle for Zn. However, the mechanistic role that protons play in the transport process remains unclear. Here we present a lumen-facing cryo-EM structure of ZnT8 from Xenopus tropicalis (xtZnT8) in the presence of Zn at a luminal pH (5.5). Compared to a Zn-bound xtZnT8 structure at a cytosolic pH (7.5), the low-pH structure displays an empty transmembrane Zn-binding site with a disrupted coordination geometry. Combined with a Zn-binding assay our data suggest that protons may disrupt Zn coordination at the transmembrane Zn-binding site in the lumen-facing state, thus facilitating Zn release from ZnT8 into the lumen.
履歴
登録2022年6月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年12月14日-
マップ公開2022年12月14日-
更新2022年12月21日-
現状2022年12月21日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33620.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33620.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.4
最小 - 最大-2.672525 - 3.8356872
平均 (標準偏差)0.018846992 (±0.082206264)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 217.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_33620_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_33620_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : xtZnT8 dimer complexed with zinc and proton

全体名称: xtZnT8 dimer complexed with zinc and proton
要素
  • 複合体: xtZnT8 dimer complexed with zinc and proton
    • タンパク質・ペプチド: Zinc transporter 8
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: xtZnT8 dimer complexed with zinc and proton

超分子名称: xtZnT8 dimer complexed with zinc and proton / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Xenopus tropicalis (ネッタイツメガエル)

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分子 #1: Zinc transporter 8

分子名称: Zinc transporter 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus tropicalis (ネッタイツメガエル)
分子量理論値: 41.539031 KDa
組換発現生物種: Komagataella pastoris (菌類)
配列文字列: MKGSEEAYLV SDKATKMYSL TKDSEKNHPS KPPLQDEENP QSKYHCHNNN KKAYDARQRE QTFAKKKLCI ASLICFVFIS AEIVGGYIA GSLAVVTDAA HLLVDLSSFF ISLCSLWLSS KSSTTRLTFG WHRAEILGAL MSVITIWLVT GVLVYLACER L IRPDYTID ...文字列:
MKGSEEAYLV SDKATKMYSL TKDSEKNHPS KPPLQDEENP QSKYHCHNNN KKAYDARQRE QTFAKKKLCI ASLICFVFIS AEIVGGYIA GSLAVVTDAA HLLVDLSSFF ISLCSLWLSS KSSTTRLTFG WHRAEILGAL MSVITIWLVT GVLVYLACER L IRPDYTID GTVMLITSAC ALGANLVLAL ILHQSGHGHS HAGGKHEHMA SEYKPQTNAS IRAAFIHVIG DLFQSISVLI SA LIIYFKP EYKMADPICT FIFSIFVLIT TVTVLRDLLT VLMEGTPRGI HYSDVKQSIL AVDGVKSVHS LHLWALTMNQ VIL SAHIAT DIVGESKRIL KDVTQNVFAR FPFHSVTIQV EPIEDQSPEC MFCYEPTQ

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分子 #2: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度8.0 mg/mL
緩衝液pH: 5.5
詳細: 20 mM MES-Na pH 5.5, 150 mM NaCl, 5 mM 2-mercaptoethanol and 0.5 mM DDM
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot for 2-3 s before plunging.
詳細This sample was monodisperse.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: -1.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -1.1 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 63.9 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 684578
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6xpe

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.72 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2) / 使用した粒子像数: 101706
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6xpe


Chain - Chain ID: A
得られたモデル

PDB-7y5h:
Cryo-EM structure of a eukaryotic ZnT8 at a low pH

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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