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- EMDB-33605: PBS of PBS-PSII-PSI-LHCs from Porphyridium purpureum. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33605
タイトルPBS of PBS-PSII-PSI-LHCs from Porphyridium purpureum.
マップデータ
試料
  • 細胞: In situ PBS from Porphyridium purpureum
    • タンパク質・ペプチド: x 30種
  • リガンド: x 3種
機能・相同性
機能・相同性情報


フィコビリソーム / chloroplast thylakoid membrane / 光合成 / cell adhesion molecule binding / extracellular matrix organization / 細胞外マトリックス / オートファジー / lyase activity / 細胞接着 / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Allophycocyanin linker chain / FAS1 domain / FAS1 domain superfamily / Fasciclin domain / FAS1/BIgH3 domain profile. / Four repeated domains in the Fasciclin I family of proteins, present in many other contexts. / Phycobilisome linker protein / Allophycocyanin, beta subunit / Phycobilisome linker domain / Phycobilisome linker domain superfamily ...Allophycocyanin linker chain / FAS1 domain / FAS1 domain superfamily / Fasciclin domain / FAS1/BIgH3 domain profile. / Four repeated domains in the Fasciclin I family of proteins, present in many other contexts. / Phycobilisome linker protein / Allophycocyanin, beta subunit / Phycobilisome linker domain / Phycobilisome linker domain superfamily / Phycobilisome Linker polypeptide / Phycobilisome (PBS) linker domain profile. / Phycocyanin, alpha subunit / Phycocyanin, beta subunit / CpcD-like domain / CpcD/allophycocyanin linker domain / CpcD-like domain profile. / CpcD/allophycocyanin linker domain / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Globin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Phycobiliprotein ApcE / Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod / Uncharacterized protein / Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod / Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod / Uncharacterized protein / R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic / Uncharacterized protein / Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core / R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic ...Phycobiliprotein ApcE / Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod / Uncharacterized protein / Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod / Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod / Uncharacterized protein / R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic / Uncharacterized protein / Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core / R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic / Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic / R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic / FAS1 domain-containing protein / Phycobilisome 27.9 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod / Uncharacterized protein / Phycobilisome 27.9 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod / Uncharacterized protein / Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod / FAS1 domain-containing protein / Phycoerythrin alpha subunit / B-phycoerythrin beta chain / C-phycocyanin alpha subunit / Allophycocyanin alpha subunit / Phycobilisome rod-core linker polypeptide / C-phycocyanin beta subunit / Allophycocyanin beta 18 subunit / Allophycocyanin gamma subunit / Allophycocyanin beta subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Porphyridium purpureum (真核生物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者You X / Zhang X / Cheng J / Xiao YN / Sun S / Sui SF
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: In situ structure of the red algal phycobilisome-PSII-PSI-LHC megacomplex.
著者: Xin You / Xing Zhang / Jing Cheng / Yanan Xiao / Jianfei Ma / Shan Sun / Xinzheng Zhang / Hong-Wei Wang / Sen-Fang Sui /
要旨: In oxygenic photosynthetic organisms, light energy is captured by antenna systems and transferred to photosystem II (PSII) and photosystem I (PSI) to drive photosynthesis. The antenna systems of red ...In oxygenic photosynthetic organisms, light energy is captured by antenna systems and transferred to photosystem II (PSII) and photosystem I (PSI) to drive photosynthesis. The antenna systems of red algae consist of soluble phycobilisomes (PBSs) and transmembrane light-harvesting complexes (LHCs). Excitation energy transfer pathways from PBS to photosystems remain unclear owing to the lack of structural information. Here we present in situ structures of PBS-PSII-PSI-LHC megacomplexes from the red alga Porphyridium purpureum at near-atomic resolution using cryogenic electron tomography and in situ single-particle analysis, providing interaction details between PBS, PSII and PSI. The structures reveal several unidentified and incomplete proteins and their roles in the assembly of the megacomplex, as well as a huge and sophisticated pigment network. This work provides a solid structural basis for unravelling the mechanisms of PBS-PSII-PSI-LHC megacomplex assembly, efficient energy transfer from PBS to the two photosystems, and regulation of energy distribution between PSII and PSI.
履歴
登録2022年6月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年1月18日-
マップ公開2023年1月18日-
更新2023年4月19日-
現状2023年4月19日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33605.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33605.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.632 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.36
最小 - 最大-0.8327662 - 1.3533211
平均 (標準偏差)0.0018886954 (±0.08101401)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 626.688 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_33605_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_33605_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : In situ PBS from Porphyridium purpureum

全体名称: In situ PBS from Porphyridium purpureum
要素
  • 細胞: In situ PBS from Porphyridium purpureum
    • タンパク質・ペプチド: Linker4
    • タンパク質・ペプチド: B-phycoerythrin beta chain
    • タンパク質・ペプチド: Phycoerythrin alpha subunit
    • タンパク質・ペプチド: CaRSPs1
    • タンパク質・ペプチド: CaRSPs2
    • タンパク質・ペプチド: R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Phycobilisome rod-core linker polypeptide
    • タンパク質・ペプチド: C-phycocyanin alpha subunit
    • タンパク質・ペプチド: C-phycocyanin beta subunit
    • タンパク質・ペプチド: Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod
    • タンパク質・ペプチド: Phycobilisome 27.9 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod
    • タンパク質・ペプチド: R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod
    • タンパク質・ペプチド: Lrc4
    • タンパク質・ペプチド: LRC5
    • タンパク質・ペプチド: FAS1 domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Allophycocyanin alpha subunit
    • タンパク質・ペプチド: Allophycocyanin beta subunit
    • タンパク質・ペプチド: Allophycocyanin gamma subunit
    • タンパク質・ペプチド: Allophycocyanin beta 18 subunit
    • タンパク質・ペプチド: Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core
    • タンパク質・ペプチド: Phycobiliprotein ApcE
    • タンパク質・ペプチド: Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod
    • タンパク質・ペプチド: Phycobilisome 27.9 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod
    • タンパク質・ペプチド: Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod
    • タンパク質・ペプチド: Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod
    • タンパク質・ペプチド: FAS1 domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: LPP2
  • リガンド: PHYCOERYTHROBILIN
  • リガンド: PHYCOUROBILIN
  • リガンド: PHYCOCYANOBILINフィコシアノビリン

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超分子 #1: In situ PBS from Porphyridium purpureum

超分子名称: In situ PBS from Porphyridium purpureum / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#30
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)

+
分子 #1: Linker4

分子名称: Linker4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 14.749816 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列:
MAFVTGGLVG SSSAPALRTV CNASQSKLRM AASAADVVNA AYPKNIKNKA PVISFDGKKG VKLEMVTLQT FAGDDSEDTL FDYSSGKFM PQKPADMGIA WPSGDGRQAE MKGGKGSFNQ PDLRKYGPFP DFLKRSMDL

+
分子 #2: B-phycoerythrin beta chain

分子名称: B-phycoerythrin beta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 276 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 18.584182 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列:
MLDAFSRVVV NSDAKAAYVG GSDLQALKSF IADGNKRLDA VNSIVSNASC MVSDAVSGMI CENPGLISPG G(MEN)CYTN RRM AACLRDGEII LRYVSYALLA GDASVLEDRC LNGLKETYIA LGVPTNSSIR AVSIMKAQAV AFITNTATER KMSFAAG DC TSLASEVASY FDRVGAAIS

+
分子 #3: Phycoerythrin alpha subunit

分子名称: Phycoerythrin alpha subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 254 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 17.824029 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列:
MKSVITTVVS AADAAGRFPS NSDLESIQGN IQRSAARLEA AEKLAGNHEA VVKEAGDACF AKYAYLKNPG EAGENQEKIN KCYRDVDHY MRLVNYCLVV GGTGPLDEWG IAGAREVYRT LNLPTSAYVA SIAYTRDRLC VPRDMSAQAG VEFSAYLDYL I NALS

+
分子 #4: CaRSPs1

分子名称: CaRSPs1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 28.151357 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列: MAAFVSGGCG VGGQRRAWPA KGAAVARTHA CPTTMVVLPV ARAGLAATAK KNQYMGTSVA PEIVLTDKGS DMSRKVKTED KKVAADQAA AMGILANMSL YASLNPVKRM TYKAKEQAPA YVKKTGNPVE DFYPSSWRNM APVISLSANR VAVAFEKIDA A SNGVKANS ...文字列:
MAAFVSGGCG VGGQRRAWPA KGAAVARTHA CPTTMVVLPV ARAGLAATAK KNQYMGTSVA PEIVLTDKGS DMSRKVKTED KKVAADQAA AMGILANMSL YASLNPVKRM TYKAKEQAPA YVKKTGNPVE DFYPSSWRNM APVISLSANR VAVAFEKIDA A SNGVKANS NNKPFWKSGA TTKNYVAPEA PAQSEPETLD DAAYQRYFPA RIRNKAPAME FRRPSFANTE DPSAYFMLQK ET VPLRMAL AEKLLTKLGR KGDG

+
分子 #5: CaRSPs2

分子名称: CaRSPs2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 35.163527 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列: MWEQQRPRRC EAPAAPSSRP AERRAAARRS RAQLRMKQDD YEQWKTEFAG GFPGGEAFYK KWIEEGAKGD VPALEEELQP RSPNKKPTI YEEQMISNRG QQKGVDPTWK TLLAGGFPGG EFFFKKWIGE GAQGEVPNLD ADLQPGSGSA KKTGKKEDAD K SSPGGIMT ...文字列:
MWEQQRPRRC EAPAAPSSRP AERRAAARRS RAQLRMKQDD YEQWKTEFAG GFPGGEAFYK KWIEEGAKGD VPALEEELQP RSPNKKPTI YEEQMISNRG QQKGVDPTWK TLLAGGFPGG EFFFKKWIGE GAQGEVPNLD ADLQPGSGSA KKTGKKEDAD K SSPGGIMT PGRIMVPSGL GEEEETVDKE APRPELYNKY FSADRLHKAP EILFEYNKTK YDRVGVRYTE VTSKASERFF PK SRMNRAP VIEISYREGA VSTASVSLSM PEISGPPALP FPVPKGDVTT TMVTDPTTGR LKLEFKVDGA AVSAYSDPRA

+
分子 #6: R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic

分子名称: R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 31.792982 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列: MAAFVSGFHG VQVGAPAENK LVCRAAKPAQ LTMLTGYDSK SSPNFPNRAA TRERRTVSFN ARVARNKSQA KKILEKADEF FARSVTMQY KAFACPNGVY DIQCTEGTVK GAAYEKRAMA VSAAFRAKQA SPAAKARALF ENRRHAIIAS HECQHEEDLF V RFPKLSAA ...文字列:
MAAFVSGFHG VQVGAPAENK LVCRAAKPAQ LTMLTGYDSK SSPNFPNRAA TRERRTVSFN ARVARNKSQA KKILEKADEF FARSVTMQY KAFACPNGVY DIQCTEGTVK GAAYEKRAMA VSAAFRAKQA SPAAKARALF ENRRHAIIAS HECQHEEDLF V RFPKLSAA YMMGKTEAMR TCSRYVVPDS LEEEYMAASV DRQMKERACP GGVYASSCVE GNAKGQAEQA RVAALATAFR SA QKSASKT TAERYSSAAY GRDHFAHGCS YEESVFNTYP ATAAAMRSKS YNY

+
分子 #7: Phycobilisome rod-core linker polypeptide

分子名称: Phycobilisome rod-core linker polypeptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 26.996689 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列: MSIPILKYSL STQNQRVESF EVNPGDEQYR IYSTDSLPSS SEVDQIIWAA YRQIFSEHQI LKSTKQPFLE SQLRFNQISI KDFIKGLVL SAPFRDLNYN VNNNYRFVEI CVQRVLGRDI YNEREKIAWS IIIATQGLEG FIDTLLNTQE YLSNFGDSIV P FQRRRIIP ...文字列:
MSIPILKYSL STQNQRVESF EVNPGDEQYR IYSTDSLPSS SEVDQIIWAA YRQIFSEHQI LKSTKQPFLE SQLRFNQISI KDFIKGLVL SAPFRDLNYN VNNNYRFVEI CVQRVLGRDI YNEREKIAWS IIIATQGLEG FIDTLLNTQE YLSNFGDSIV P FQRRRIIP QRSKGEMPFN LKTPRYGIEF RSKLAATQFS WASPIRRFRP QEQQPKAGDP ALFLNMVQEM GPGL

+
分子 #8: C-phycocyanin alpha subunit

分子名称: C-phycocyanin alpha subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 36 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 17.478664 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列:
MKTPITEAIA TADNQGRFLS NTELQAVNGR YQRATASLTA AKALTGSAQR LITGAAQAVY NKFPYTTQMP GPAYASSAIG KAKCARDIG YYLRMVTYCL VVGGTGPMDE YLVAGLEEIN RSFDLSPSWY IEALQYIKNS HGLSGQVANE ANAYIDYAIN T LS

+
分子 #9: C-phycocyanin beta subunit

分子名称: C-phycocyanin beta subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 36 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 18.242705 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列:
MLDAFAKVVA QADARGEFLS NTQIDALSKM VKEGNQRLDI VNKVTSNASA IVTNSARALF AEQPQLIQPG G(MEN)AYTS RRM AACLRDMEIV LRYVSYAMIA GDSSVLDDRC LNGLRETYQA LGTPGSSVAV AIQKMKDASV ALANDTTGTP IGDCSSL VA ELAGYFDRAA VSVV

+
分子 #10: Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associat...

分子名称: Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod
タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 39.727625 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列: MAAFVTGMGA APRSQMRSVS GSAVCVRSDS VRAPGALTMR LGTVSGNSSL DKLGLDKFLS ESNRAYTPRA QPGFSSEYEQ IISATYKQL FGNAYIMDSE RAEMAKQESM FRDGQLTLKD FCRALAKTEQ YKKRFFDSRP LYGAIELNFK NILGRTPDGL E HYRAKSAV ...文字列:
MAAFVTGMGA APRSQMRSVS GSAVCVRSDS VRAPGALTMR LGTVSGNSSL DKLGLDKFLS ESNRAYTPRA QPGFSSEYEQ IISATYKQL FGNAYIMDSE RAEMAKQESM FRDGQLTLKD FCRALAKTEQ YKKRFFDSRP LYGAIELNFK NILGRTPDGL E HYRAKSAV YDTKGYEAFV DAFFDDGEYD EVYDDYTVPF YRGYKTEANL SMAAFTHFFR MVRGSSTSDK ANPNSMQKDI PL NYYGITK TPLAVIAPGA AGTAYTESFA GTGSWQSGRA GLNAARVALG VPATANGKSF RVEVTGYTQP GFGITAGTAV GKL YKANKL SRYPRSNKSY VVGFDELTPL YQRITKNGGT IASITPL

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分子 #11: Phycobilisome 27.9 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associat...

分子名称: Phycobilisome 27.9 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod
タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 34.958746 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列: MAFVSGAGAA VRGTSGKAAA RCAAVRTVRA ARAIRMTTAP GSAPFSSLDE PERQVVMWES VGDEKDQVFK QLYRQVFGNA YLMESDLEE LLVPESQLLM GSISVKDFIK RVAKSDAYKK RFFEPCGPYR FVELCTKHFL GRGPRDQKEV SEHVQRLANE G YDADVDSY ...文字列:
MAFVSGAGAA VRGTSGKAAA RCAAVRTVRA ARAIRMTTAP GSAPFSSLDE PERQVVMWES VGDEKDQVFK QLYRQVFGNA YLMESDLEE LLVPESQLLM GSISVKDFIK RVAKSDAYKK RFFEPCGPYR FVELCTKHFL GRGPRDQKEV SEHVQRLANE G YDADVDSY MDSEEYMSLF GENGVPRFVF KGTYEGNDQF NRLAAMRQFA DGSYTDTRSG STAPRKAQKA ELTMAEGDFV GR AKVSRGL PAETSAAKTG TPPVRALKGP VNPRAGVRVR IKVVDNLYQV YEIPPMADPK AKVNAFWAKP IPSSLTKKY

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分子 #12: R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic

分子名称: R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 29.453639 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列: MAAFVGSAAS AFTGASAVKA NEKRSVCSLQ MVAMPQTGLV NSKFSARMAK KTAKQTKNKV DEYMARSVQR QYKQAAVATG VYGTQCTEG TVKGAAEASR SAALSRQFRI KQRSAFSKAH DLFEFRKHAI IAAAGCSYEE KMVTRFPKLA AAMVLGQTEM M RTCSRYVV ...文字列:
MAAFVGSAAS AFTGASAVKA NEKRSVCSLQ MVAMPQTGLV NSKFSARMAK KTAKQTKNKV DEYMARSVQR QYKQAAVATG VYGTQCTEG TVKGAAEASR SAALSRQFRI KQRSAFSKAH DLFEFRKHAI IAAAGCSYEE KMVTRFPKLA AAMVLGQTEM M RTCSRYVV PESVEEEYMA ASVDKQMKRR GAPGGVYSLS CAEGVAKGQA EIARVSALGA AYRAASKSAS AVTAERYNSM AY GRVHFAH GCSYEEQQFN KYPAAAAAMR SDSYGY

+
分子 #13: R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic

分子名称: R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 31.358787 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列: METAFVSGFM GKAAVAKFGA TAVCDKTARR SSSSNSQVHM VTGAVSSVNM RRFQRVPKVS GFSAKVTKKN VNKALDKADM FFAKSVTME GKAAAIPYGV YGIQCMEGSA KGMAHEKRAM ALSAAFRMNQ RSAAEKTGAM YENRRLALIL AQNDHQEKQY I KYPKLAAA ...文字列:
METAFVSGFM GKAAVAKFGA TAVCDKTARR SSSSNSQVHM VTGAVSSVNM RRFQRVPKVS GFSAKVTKKN VNKALDKADM FFAKSVTME GKAAAIPYGV YGIQCMEGSA KGMAHEKRAM ALSAAFRMNQ RSAAEKTGAM YENRRLALIL AQNDHQEKQY I KYPKLAAA ALMASTEVTR ACQRYAVPES IEEEFLAASV DKVNKMRGTT ASGVYKSSCV EGNAKGQAEQ ARVAALAVAF RS AQKSASQ FAAERYAQSK YGRDLFSSTH FEEGYANTYP AMAAAKRASS YGY

+
分子 #14: R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic

分子名称: R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 36.924992 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列: MAAFVVGAQV SSGFMGCAAP RKEQTRVGGA AKAAVSMRII IQDKNSYRKY QTNTSTSKWD KLLNTKPMKR QVQPNPPTNE TRALNLGNT FRSPAFKFLG TLKRSKDPSG LRLGFYGRKA DDFMARSIAM QAKASAAGSG VYTTQCSEGA SKGMAENART A SLAKQFRQ ...文字列:
MAAFVVGAQV SSGFMGCAAP RKEQTRVGGA AKAAVSMRII IQDKNSYRKY QTNTSTSKWD KLLNTKPMKR QVQPNPPTNE TRALNLGNT FRSPAFKFLG TLKRSKDPSG LRLGFYGRKA DDFMARSIAM QAKASAAGSG VYTTQCSEGA SKGMAENART A SLAKQFRQ AQRSAREMSF DYYEGRKYAM KAVGHICNYE EKIFQQYNKT AAAYVMGKQE TLLSCDRYAQ PANKAEEYIQ KS VQMQMKK RSIPYGVYTT SCADGTVKGM AENARVAKES ANFRARQMSA GAKAAARFNA RRVANDWHNN GCNYEEKLTS RFP AAASSV RPTTNRY

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分子 #15: Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associat...

分子名称: Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod
タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 32.886242 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列: MEAVGFVHVG AWRVGSSSAA AAAAGVAGKR CGALPVSFGA HAPRRAASAS QVKMMAFSSI QNVLTDAPLG TPSAMGFLDE RTEKPLMGP SEMDELVYAV YKQVFGNAHI MESERAELRD AESLFRYLRD VREFVRALAK SNAYTSRFLQ GNQQYRFFEL N FKHLLGRG ...文字列:
MEAVGFVHVG AWRVGSSSAA AAAAGVAGKR CGALPVSFGA HAPRRAASAS QVKMMAFSSI QNVLTDAPLG TPSAMGFLDE RTEKPLMGP SEMDELVYAV YKQVFGNAHI MESERAELRD AESLFRYLRD VREFVRALAK SNAYTSRFLQ GNQQYRFFEL N FKHLLGRG PRSLEEMASH SALYAEGGFE AVIDAILDSD EYAQEFGSTV VPYCRFKGEY PTNEEFNRML VLKGANSTSD KA GKGRSKL CYSIAAGCSQ NWLSMSKALP FGTEKGTGFN LISSSRNPAA RPRIGTKIPG GVVFSS

+
分子 #16: Lrc4

分子名称: Lrc4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 16.91526 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列:
MAFVACGPLR AGEGGARLGA RKAACSMQLA PPGIPPGEDA RNNQSLRQYV ARPVETYQKR SFATPLPLTW TGETETVGAF DVVVPPQEK DLPVSGEATS AFVKYSDMVR AERKAALQAL LSASAAGEGR PTCGAEGRKF VSNANPVLVN GVKCVEYWRK

+
分子 #17: LRC5

分子名称: LRC5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 30.272959 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列: MAFVSGAGVA VPAGAKASAP LCALRMSGYG DYSYSTDRTK GHVNQYYVDK ARSRSDWGNR NVLPASEGDA VLGRTAKGAV AVPEFGIPQ LDDPVLGFGP DSMVDPRIAE ADGAVWRWDA GFVDESMTLA SCADISDEAV ADEAFAKFRG SVLAERGAMI T KAESATAS ...文字列:
MAFVSGAGVA VPAGAKASAP LCALRMSGYG DYSYSTDRTK GHVNQYYVDK ARSRSDWGNR NVLPASEGDA VLGRTAKGAV AVPEFGIPQ LDDPVLGFGP DSMVDPRIAE ADGAVWRWDA GFVDESMTLA SCADISDEAV ADEAFAKFRG SVLAERGAMI T KAESATAS VITSLRDGLY SGEAQLLTAS GQRLANVAGQ EKIATISGYT WDGQPQTEIP GKPFVKSIGA MDYMDGVEGG DV VAAKVGA FWKPKAPKEV PYKRPMGANT PELPYNTVPR LVQAAGLAVQ E

+
分子 #18: FAS1 domain-containing protein

分子名称: FAS1 domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 26.620727 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列: MAGFVASTGA VLRKQQVDAA PVCERASSRA RAVAPLSMAR TAYPYTGSGY GSAGVPYGQD TYGYKATTAK SITETAAQAG VFNTFVKLL NESGVEKLVE QAGPYTVFAP TDDAFAALLE PHSFNKLATL LRPENNDALR KVLMHHVIPG AFTSASLMDR A VTVKSLAG ...文字列:
MAGFVASTGA VLRKQQVDAA PVCERASSRA RAVAPLSMAR TAYPYTGSGY GSAGVPYGQD TYGYKATTAK SITETAAQAG VFNTFVKLL NESGVEKLVE QAGPYTVFAP TDDAFAALLE PHSFNKLATL LRPENNDALR KVLMHHVIPG AFTSASLMDR A VTVKSLAG EPISIMGLNK LVTAGTAKVV RADVPCANGC IIHAVSSVII PPNYVPVPQP TKPVFPRSVI AEIAKLPTPR QA LGLDPAP SKIVKY

+
分子 #19: Allophycocyanin alpha subunit

分子名称: Allophycocyanin alpha subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 20 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 17.639123 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列:
MSIVTKSIVN ADAEARYLSP GELDRIKSFV LSGQRRLRIA QTLTENRERI VKQGGQQLFQ RRPDVVSPGG NAYGEEMTAT CLRDLDYYL RLVTYGIIAG DVTPIEEIGL VGVKEMYSAL GTPISGVAEG IRCMKDVACS LLSGEDAAEV GFYFDYTLAA M Q

+
分子 #20: Allophycocyanin beta subunit

分子名称: Allophycocyanin beta subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 22 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 17.415797 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列:
MQDAITSVIN AADVQGKYLD ANSVEKLRGY FQTGELRVRA AATIAANAAT IIKEAVAKSL LYSDITRPGG (MEN)MYTTR RYA ACIRDLDYYL RYATYGMLAG DPSILDERVL NGLKETYNSL GVPIGATIQA IQAMKEVTGS LVGSDAGKEM GLYFDYI CS GLS

+
分子 #21: Allophycocyanin gamma subunit

分子名称: Allophycocyanin gamma subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 18.126934 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列:
MSLVTQVILS ADDELRYPTA GELETISSYL KTGEYRIRLI SILQGKEQEI IRLASKKIFQ LHPEYIAPGG NASGARQRAL CLRDYGWYL RLITYAILAG DKEPLEKIGI IGVREMYNSL GVPIIGMIDA IKCLKEATVE VISQEEEDFV APYYDYIIQG M S

+
分子 #22: Allophycocyanin beta 18 subunit

分子名称: Allophycocyanin beta 18 subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 19.77874 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列:
MQDIITSVIN QYDLSGRYLD IKGINQINNY FDTGLKRLMI AKLINKEATN LIKEASELLF IEQPELLRPC GNAFIGNAYT TRRYAACIR DIEYYLRYSA YSIIAGNNSI LDERVLDGLK ETYNSLLVPI GPTIRVIQLL KEIIQKKFST ENIENAIIAE P FDYLAINL SDKNL

+
分子 #23: Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associa...

分子名称: Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core
タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 10.428983 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列:
MAYDMDGTGA GSLEPRGIKS SAVEKDSRCF KVTFVLPSQS RLYTFRELQN VYTTKMVPFS SWYAEQQRIQ KMGGKILKVE LVAGGQMRS VGNQ

+
分子 #24: Phycobiliprotein ApcE

分子名称: Phycobiliprotein ApcE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 99.484406 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列: MVTKASGGSP VVKPQLYKTA SMLTIAQAEQ QDRFLELGEL NQLVSFLNTG NIRLEIADLL TKNANIIVAR AADRIFVGGS AISYLERPQ ASIIEANSAD IASIRQMSGD SQSNFLENLT SVFQGNNATP TGFKPISVVR YGPSRMKKSL RDLDWFLRYL T YAIVASDP ...文字列:
MVTKASGGSP VVKPQLYKTA SMLTIAQAEQ QDRFLELGEL NQLVSFLNTG NIRLEIADLL TKNANIIVAR AADRIFVGGS AISYLERPQ ASIIEANSAD IASIRQMSGD SQSNFLENLT SVFQGNNATP TGFKPISVVR YGPSRMKKSL RDLDWFLRYL T YAIVASDP NILFVNIRGL REIIENACSS AATIVALKEM KKTSLSLFPE NSIQKEIIEE YFNVVVDEFI NPALTDTIRK RT SNDLQGL RLPQIYAKAG ISRQKFVMKP GLSTDEKQSV ISACYRQVFE RDISKAYGFS FSVLESQVKN GQISIKEFVR SLG KSSVYQ KQFYQPYVNS RVVELAFRHF LGRNLSSLAE FQKFFAILSK KGLTGLVDSL INSREYSDYF NEETVPYIRG FGEE PQECR NWGTQIDLFQ YSAPFRKVPQ SITLFSDYLK ALPDQHPYGR GNDPLLIQFG AIFPIGTKNL KQNPAPFGKD TRRLL IRRG PGIYNQVGNP STRSVSVGSL GPKVFKSEGI NSNAQKTNNE SILQASYLAV FGRMIYQNER IGLKGIDNKF LDNNLS VKE LIRSLAISDT FRSLYWTPLY VCKSIEWIHY RLLGRPTYGR QEINQYFNIA YKKGFVGVIN SIIDSVEYNE CFGDNIV PY ERYLTANSVS QRQLKLGNII KSANLKPQNI EKFVQLGQSQ TNQNLYSIKY KVKQGVSKLR DQQKIFETKG SLSKDAYL S IFQAACRQIF ERDISTFVIG NEIENIKIQF IKGQISVKEM INALGKSSVY LKEFYNPYPN IKVIELGTKH FLGRAPNNQ AEIRFYNQIL ASCGLQAFID MLTNSQEYAE IFGEVRVPFR RFPTLPAANF PNTNTLFDKQ TKQNSVVIVP SFKAITGNQ

+
分子 #25: Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod

分子名称: Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod
タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 53.601336 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列: MAFVNGFSGG AAAVPRRGVA RVCAQRVVMK VVDRLDSQPS AAFEQTKQVY TFSRYILGPH RAVVAPVAMD PSEKEVVLRA VYRQVFGNA YIMEEERAEL RVMESQFLLG ELSVKELVRA LAKSSTYKVR FFEGAVQYRF IELCFKHLLG RAPDNHEEIA V HMRKYQQE ...文字列:
MAFVNGFSGG AAAVPRRGVA RVCAQRVVMK VVDRLDSQPS AAFEQTKQVY TFSRYILGPH RAVVAPVAMD PSEKEVVLRA VYRQVFGNA YIMEEERAEL RVMESQFLLG ELSVKELVRA LAKSSTYKVR FFEGAVQYRF IELCFKHLLG RAPDNHEEIA V HMRKYQQE GYDAEIDSYL DAGEYDNVFG DDTVPFLRFR GVYTPCDSFN RQCALQGGWA NSDKAMGGAA LSGYNGSDGR QM STMIGNY ISGKPIPYEK VAADTPLKST APNWYARPNP ALAPQPAYVS AKEIAELRSR VSKLEAAWSV AVKQSAAAKD TVE TWRAAA KEMAAMRGIS PMGEAYFGGI AQKVDNGALA QLGNKASSYK KYLYAIETDE VSRLEVDLEE AKGQLRVLEA AMAK STPMT RTAEFKTLTK NVAAVTAAEK ADPLSKRPRI SASRPKPTPA AAKMAAAEKK KGPFGLSVPS LPNLPNLPKL PSLSL PKVS LPFGKK

+
分子 #26: Phycobilisome 27.9 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associat...

分子名称: Phycobilisome 27.9 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod
タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 36.321957 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列: MAFVTGGVGA VVRPGTAVSR GVVCARQQAR PRAAALQMGV SDVSITLSGV AASQPVSAPA KMSLEDRQLL VLQAIKQVFG NAYVMEEER ASFAKQESMF LSGELSVREF VRELALSDTY RRRFFEPCGP YRFVELNMKH LLGRGPISQA EVSQHVQCYV N NGYEAEIS ...文字列:
MAFVTGGVGA VVRPGTAVSR GVVCARQQAR PRAAALQMGV SDVSITLSGV AASQPVSAPA KMSLEDRQLL VLQAIKQVFG NAYVMEEER ASFAKQESMF LSGELSVREF VRELALSDTY RRRFFEPCGP YRFVELNMKH LLGRGPISQA EVSQHVQCYV N NGYEAEIS SYVDSDEYYE RFGEDTVPYE QFRGTYMTAE DFNRMVSMYG APGQSDKSLT SRARSTGVAN SNKVLSLEGA GR SSKTVGR VATNTASSLT SVKSGIPPRP DIDQPRGQSS KRLVGRRLEI VPGSYMYLSP AEAAEYRAQQ AAVSQVSAAF SAD VQSKMA QVSKLKR

+
分子 #27: Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associat...

分子名称: Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod
タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 45.655566 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列: MRSCRRSVAQ HPCAIQVDIV AMAAFISSFA GAQLAHARPS KQTALRAALT LPGTAETNLA VPSNAVRKVQ PYPIAKPPSY SSVDSLRPA RVSRMDADWA TIYEQVRRQV MGNAYVMEGE APDIDVAFSQ LKGGNLTVRE FVRAVGKSAS YRTRFMEAKS S YNFVLLNF ...文字列:
MRSCRRSVAQ HPCAIQVDIV AMAAFISSFA GAQLAHARPS KQTALRAALT LPGTAETNLA VPSNAVRKVQ PYPIAKPPSY SSVDSLRPA RVSRMDADWA TIYEQVRRQV MGNAYVMEGE APDIDVAFSQ LKGGNLTVRE FVRAVGKSAS YRTRFMEAKS S YNFVLLNF KHFLGRAPTQ EEVSTHIQIL ATSGLEAEID SYIDSDEYKA LFGDHVVPYV VYRGTYLSSE RFNRMVKANP GG ATSDKAK SNLNMIATVA ADLPTDAIDV MRGLPSPITS ETLAFGTAYY WAKVEKEASE GRSASPIGEK IGKFDHAPIS TYT SLCSYD KVNKAPQISV TNVGSDEHSY VSVTSKYIAP DMAAAAQMLA DCQKYKAGGN APTGKWMKYY PGTTVNMAPY ISLN DTGSD SSRTVSVTLD KVKIS

+
分子 #28: Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associat...

分子名称: Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associated, rod
タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 55.146727 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列: MAFVGAMPGG GGEPRAVRMM MQTDARSLSS GSSAAVPFST AVRFESPSGG LDRYSRVDPA APGPNVITRF LFKDRPVRRS DPSLSEVDR EATMRTVYRN VMGNAYVMEE ERAELATLES QFLVGAISTR DFVRGVAKSA TYKKRFFESV SQFRFIELNF K HFMGRAPL ...文字列:
MAFVGAMPGG GGEPRAVRMM MQTDARSLSS GSSAAVPFST AVRFESPSGG LDRYSRVDPA APGPNVITRF LFKDRPVRRS DPSLSEVDR EATMRTVYRN VMGNAYVMEE ERAELATLES QFLVGAISTR DFVRGVAKSA TYKKRFFESV SQFRFIELNF K HFMGRAPL DMAEMSKHYE IFAAGGYDAE VDSYFDSEEY LDVFGLDTVP YMRFRGTYAP NSTFNLQCRL QGGWARSDKK LP MMSMLPL NNKAAIMPHQ IVDGLPVIPN SEHPSQKYNV PKVSREKLQR ELLIAQGKAN ALQIELDAAY TSLASSRAFL APF AAMAAD MDIRPLYGKN PQVFAGQFLG VGAGQWGKTG ADTVRGRSRR VAADIGVKEF QLERVKQLVV DLQRALALED AEAD APATS LLQAYQAKVY VKPPVIAKKK GPEPVNEDEI TIGQGDKKIK VTVLRNLGDR TEKLREKPEK EEEEGPRTFK DLYET AKPM KGFPGDGSEM NVGG

+
分子 #29: FAS1 domain-containing protein

分子名称: FAS1 domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 31.332955 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列: MAAKPYESGY IAEDDFWRGR GIAAWVYATG ANKVIAQIVK DFNLTDKKFM VFIPNDGAFA RLSPQLRKAM MEDSRLVYDM LAGHIFTSK GSAMLKDLQG AGYLQPAYGE AIGYVGTGRV IKIGNAQVIP ESSDILRKNL GFSAHTLDTF IVPKALTKKV S IEAGFSPV ...文字列:
MAAKPYESGY IAEDDFWRGR GIAAWVYATG ANKVIAQIVK DFNLTDKKFM VFIPNDGAFA RLSPQLRKAM MEDSRLVYDM LAGHIFTSK GSAMLKDLQG AGYLQPAYGE AIGYVGTGRV IKIGNAQVIP ESSDILRKNL GFSAHTLDTF IVPKALTKKV S IEAGFSPV TPAKYVSTTK ADLRYVGATK PAAVGGRRAM NLMKQQPFWM YGPPYNAVTQ DEYEPISAAA PKAFVDYQIF AP GTVKVSP DSVNANELNP VSGMSKYIGK TQKLVGDQGI SDRSDKLPMG Q

+
分子 #30: LPP2

分子名称: LPP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量理論値: 17.273779 KDa
組換発現生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
配列文字列:
MVVVCASRKS GRAVVPAMVP ALRVELVVSK QMVMGLAALF FQVQRTALMA KLELPKFSMP SMPSMPKLTV PKLQMPKLGG GEKKDKAAK PSPSAPKTTI RPSGGVKVRA AVGNKSNVDA PSFKGSNMEL ADSGADYKAF PKRRMPGANM QGFLDMAKGM K PK

+
分子 #31: PHYCOERYTHROBILIN

分子名称: PHYCOERYTHROBILIN / タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 1434 / 式: PEB
分子量理論値: 588.694 Da
Chemical component information

ChemComp-PEB:
PHYCOERYTHROBILIN / Phycoerythrobilin

+
分子 #32: PHYCOUROBILIN

分子名称: PHYCOUROBILIN / タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 48 / 式: PUB
分子量理論値: 590.71 Da
Chemical component information

ChemComp-CYB:
PHYCOUROBILIN / Phycourobilin

+
分子 #33: PHYCOCYANOBILIN

分子名称: PHYCOCYANOBILIN / タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 120 / 式: CYC
分子量理論値: 588.694 Da
Chemical component information

ChemComp-CYC:
PHYCOCYANOBILIN / フィコシアノビリン

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態cell

-
試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 35.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6kgx

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 215000

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る