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万見- EMDB-33414: Cryo-EM structure of Arf6 helical polymer assembled on lipid membrane -
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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-33414 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Arf6 helical polymer assembled on lipid membrane | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | small GTPase / helical polymer / membrane tubulation / LIPID BINDING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 erythrocyte apoptotic process / protein localization to cleavage furrow / maintenance of postsynaptic density structure / positive regulation of mitotic cytokinetic process / regulation of dendritic spine development / protein localization to endosome / establishment of epithelial cell polarity / negative regulation of protein localization to cell surface / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of dendrite development ...erythrocyte apoptotic process / protein localization to cleavage furrow / maintenance of postsynaptic density structure / positive regulation of mitotic cytokinetic process / regulation of dendritic spine development / protein localization to endosome / establishment of epithelial cell polarity / negative regulation of protein localization to cell surface / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of dendrite development / regulation of Rac protein signal transduction / ruffle assembly / positive regulation of keratinocyte migration / positive regulation of focal adhesion disassembly / regulation of filopodium assembly / endocytic recycling / MET receptor recycling / thioesterase binding / Flemming body / filopodium membrane / protein localization to cell surface / TBC/RABGAPs / cortical actin cytoskeleton organization / positive regulation of actin filament polymerization / hepatocyte apoptotic process / cleavage furrow / endocytic vesicle / synaptic vesicle endocytosis / regulation of presynapse assembly / signaling adaptor activity / vesicle-mediated transport / ruffle / small monomeric GTPase / cellular response to nerve growth factor stimulus / G protein activity / liver development / protein localization to plasma membrane / positive regulation of protein secretion / positive regulation of protein localization to plasma membrane / intracellular protein transport / positive regulation of neuron projection development / recycling endosome membrane / GDP binding / Clathrin-mediated endocytosis / presynapse / nervous system development / cell cortex / early endosome membrane / midbody / postsynapse / cell differentiation / cell adhesion / endosome / cell division / focal adhesion / GTPase activity / glutamatergic synapse / GTP binding / Golgi apparatus / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Pang XY / Zhang Y / Sun F | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM structure of Arf6 helical polymer assembled on lipid membrane 著者: Pang XY / Zhang Y / Sun F / Egelman E | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_33414.map.gz | 201.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-33414-v30.xml emd-33414.xml | 9.3 KB 9.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_33414_fsc.xml | 13.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_33414.png | 325.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-33414.cif.gz | 4.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33414 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33414 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_33414_validation.pdf.gz | 709.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_33414_full_validation.pdf.gz | 708.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_33414_validation.xml.gz | 14.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_33414_validation.cif.gz | 18.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33414 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33414 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7xrdMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_33414.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Arf6 helical polymer assembled on lipid membrane
全体 | 名称: Arf6 helical polymer assembled on lipid membrane |
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要素 |
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-超分子 #1: Arf6 helical polymer assembled on lipid membrane
超分子 | 名称: Arf6 helical polymer assembled on lipid membrane / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: ADP-ribosylation factor 6
分子 | 名称: ADP-ribosylation factor 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 21.050121 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: GKVLSKIFGN KEMRILMLGL DAAGKTTILY KLKLGQSVTT IPTVGFNVET VTYKNVKFNV WDVGGQDKIR PLWRHYYTGT QGLIFVVDC ADRDRIDEAR QELHRIINDR EMRDAIILIF ANKQDLPDAM KPHEIQEKLG LTRIRDRNWY VQPSCATSGD G LYEGLTWL TSNYKSLEHH HHHH UniProtKB: ADP-ribosylation factor 6 |
-分子 #2: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #3: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: GTP |
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分子量 | 理論値: 523.18 Da |
Chemical component information | ChemComp-GTP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | helical array |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 75000 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |