+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-33408 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of human excitatory amino acid transporter 2 (EAAT2) in complex with WAY-213613 | |||||||||
マップデータ | EAAT2_WAY213.mrc | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | Glutamate transport / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 neurotransmitter reuptake / Astrocytic Glutamate-Glutamine Uptake And Metabolism / membrane protein complex / cysteine transmembrane transporter activity / high-affinity L-glutamate transmembrane transporter activity / visual behavior / glutamate:sodium symporter activity / Transport of inorganic cations/anions and amino acids/oligopeptides / L-glutamate transmembrane transport / L-glutamate transmembrane transporter activity ...neurotransmitter reuptake / Astrocytic Glutamate-Glutamine Uptake And Metabolism / membrane protein complex / cysteine transmembrane transporter activity / high-affinity L-glutamate transmembrane transporter activity / visual behavior / glutamate:sodium symporter activity / Transport of inorganic cations/anions and amino acids/oligopeptides / L-glutamate transmembrane transport / L-glutamate transmembrane transporter activity / telencephalon development / L-aspartate transmembrane transport / D-aspartate import across plasma membrane / glutathione biosynthetic process / L-aspartate import across plasma membrane / monoatomic anion transmembrane transporter activity / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / neutral L-amino acid transmembrane transporter activity / L-glutamate import across plasma membrane / transepithelial transport / astrocyte projection / neuron projection terminus / cellular response to cocaine / neurotransmitter transport / adult behavior / protein homotrimerization / transport across blood-brain barrier / axolemma / response to amino acid / monoatomic ion transport / positive regulation of D-glucose import / multicellular organism growth / response to wounding / presynaptic membrane / cell body / chemical synaptic transmission / vesicle / response to xenobiotic stimulus / membrane raft / glutamatergic synapse / cell surface / membrane / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Yan Z / Zhenglai Z | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Structural basis of ligand binding modes of human EAAT2. 著者: Zhenglai Zhang / Huiwen Chen / Ze Geng / Zhuoya Yu / Hang Li / Yanli Dong / Hongwei Zhang / Zhuo Huang / Juquan Jiang / Yan Zhao / 要旨: In the central nervous system (CNS), excitatory amino acid transporters (EAATs) mediate the uptake of excitatory neurotransmitter glutamate and maintain its low concentrations in the synaptic cleft ...In the central nervous system (CNS), excitatory amino acid transporters (EAATs) mediate the uptake of excitatory neurotransmitter glutamate and maintain its low concentrations in the synaptic cleft for avoiding neuronal cytotoxicity. Dysfunction of EAATs can lead to many psychiatric diseases. Here we report cryo-EM structures of human EAAT2 in an inward-facing conformation, in the presence of substrate glutamate or selective inhibitor WAY-213613. The glutamate is coordinated by extensive hydrogen bonds and further stabilized by HP2. The inhibitor WAY-213613 occupies a similar binding pocket to that of the substrate glutamate. Upon association with the WAY-213613, the HP2 undergoes a substantial conformational change, and in turn stabilizes the inhibitor binding by forming hydrophobic interactions. Electrophysiological experiments elucidate that the unique S441 plays pivotal roles in the binding of hEAAT2 with glutamate or WAY-213613, and the I464-L467-V468 cluster acts as a key structural determinant for the selective inhibition of this transporter by WAY-213613. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_33408.map.gz | 59.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-33408-v30.xml emd-33408.xml | 15.1 KB 15.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_33408.png | 64.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-33408.cif.gz | 5.7 KB | ||
その他 | emd_33408_half_map_1.map.gz emd_33408_half_map_2.map.gz | 59.4 MB 59.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33408 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33408 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_33408_validation.pdf.gz | 1010.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_33408_full_validation.pdf.gz | 1010.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_33408_validation.xml.gz | 12.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_33408_validation.cif.gz | 14.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33408 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33408 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7xr6MC 7xr4C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_33408.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | EAAT2_WAY213.mrc | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.04 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-ハーフマップ: map half A.mrc
ファイル | emd_33408_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | map_half_A.mrc | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: map half B.mrc
ファイル | emd_33408_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | map_half_B.mrc | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : transporter
全体 | 名称: transporter |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: transporter
超分子 | 名称: transporter / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Excitatory amino acid transporter 2
分子 | 名称: Excitatory amino acid transporter 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 62.164977 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MASTEGANNM PKQVEVRMHD SHLGSEEPKH RHLGLRLCDK LGKNLLLTLT VFGVILGAVC GGLLRLASPI HPDVVMLIAF PGDILMRML KMLILPLIIS SLITGLSGLD AKASGRLGTR AMVYYMSTTI IAAVLGVILV LAIHPGNPKL KKQLGPGKKN D EVSSLDAF ...文字列: MASTEGANNM PKQVEVRMHD SHLGSEEPKH RHLGLRLCDK LGKNLLLTLT VFGVILGAVC GGLLRLASPI HPDVVMLIAF PGDILMRML KMLILPLIIS SLITGLSGLD AKASGRLGTR AMVYYMSTTI IAAVLGVILV LAIHPGNPKL KKQLGPGKKN D EVSSLDAF LDLIRNLFPE NLVQACFQQI QTVTKKVLVA PPPDEEANAT SAVVSLLNET VTEVPEETKM VIKKGLEFKD GM NVLGLIG FFIAFGIAMG KMGDQAKLMV DFFNILNEIV MKLVIMIMWY SPLGIACLIC GKIIAIKDLE VVARQLGMYM VTV IIGLII HGGIFLPLIY FVVTRKNPFS FFAGIFQAWI TALGTASSAG TLPVTFRCLE ENLGIDKRVT RFVLPVGATI NMDG TALYE AVAAIFIAQM NGVVLDGGQI VTVSLTATLA SVGAASIPSA GLVTMLLILT AVGLPTEDIS LLVAVDWLLD RMRTS VNVV GDSFGAGIVY HLSKSELDTI DSQHRVHEDI EMTKTQSIYD DMKNHRESNS NQCVYAAHNS VIVDECKVTL AANGKS ADC SVEEEPWKRE K UniProtKB: Excitatory amino acid transporter 2 |
-分子 #2: (2S)-2-azanyl-4-[[4-[2-bromanyl-4,5-bis(fluoranyl)phenoxy]phenyl]...
分子 | 名称: (2S)-2-azanyl-4-[[4-[2-bromanyl-4,5-bis(fluoranyl)phenoxy]phenyl]amino]-4-oxidanylidene-butanoic acid タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 3 / 式: GJ0 |
---|---|
分子量 | 理論値: 415.186 Da |
Chemical component information | ChemComp-GJ0: |
-分子 #3: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
分子 | 名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 3 / 式: Y01 |
---|---|
分子量 | 理論値: 486.726 Da |
Chemical component information | ChemComp-Y01: |
-分子 #4: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
分子 | 名称: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 30 / 式: PC1 |
---|---|
分子量 | 理論値: 790.145 Da |
Chemical component information | ChemComp-PC1: |
-分子 #5: dodecyl beta-D-glucopyranoside
分子 | 名称: dodecyl beta-D-glucopyranoside / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 3 / 式: XKJ |
---|---|
分子量 | 理論値: 348.475 Da |
Chemical component information | ChemComp-XKJ: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
---|---|
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 420 |
初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |