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- EMDB-33300: Cryo-EM structure of PEIP-Bs_enolase complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33300
タイトルCryo-EM structure of PEIP-Bs_enolase complex
マップデータCryo-EM structure of PEIP-Bs_enolase complex
試料
  • 複合体: PEIP-Bs_enolase complex
    • 複合体: Bs_enolase
      • タンパク質・ペプチド: Enolase
    • 複合体: PEIP
      • タンパク質・ペプチド: Putative gene 60 protein
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードEnolase inhibitor / Glycolysis / Bacteriophage / ANTIMICROBIAL PROTEIN / LYASE-LYASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphopyruvate hydratase / phosphopyruvate hydratase complex / phosphopyruvate hydratase activity / sporulation resulting in formation of a cellular spore / glycolytic process / cell surface / magnesium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Enolase / Enolase, conserved site / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase signature. / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative gene 60 protein / Enolase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / Bacillus phage SP01 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Li S / Zhang K
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2022
タイトル: Bacteriophage protein PEIP is a potent Bacillus subtilis enolase inhibitor.
著者: Kaining Zhang / Shanshan Li / Yawen Wang / Zhihao Wang / Nancy Mulvenna / Hang Yang / Peipei Zhang / Huan Chen / Yan Li / Hongliang Wang / Yongxiang Gao / Sivaramesh Wigneshweraraj / Steve ...著者: Kaining Zhang / Shanshan Li / Yawen Wang / Zhihao Wang / Nancy Mulvenna / Hang Yang / Peipei Zhang / Huan Chen / Yan Li / Hongliang Wang / Yongxiang Gao / Sivaramesh Wigneshweraraj / Steve Matthews / Kaiming Zhang / Bing Liu /
要旨: Enolase is a highly conserved enzyme that presents in all organisms capable of glycolysis or fermentation. Its immediate product phosphoenolpyruvate is essential for other important processes like ...Enolase is a highly conserved enzyme that presents in all organisms capable of glycolysis or fermentation. Its immediate product phosphoenolpyruvate is essential for other important processes like peptidoglycan synthesis and the phosphotransferase system in bacteria. Therefore, enolase inhibitors are of great interest. Here, we report that Gp60, a phage-encoded enolase inhibitor protein (PEIP) of bacteriophage SPO1 for Bacillus subtilis, is an enolase inhibitor. PEIP-expressing bacteria exhibit growth attenuation, thinner cell walls, and safranin color in Gram staining owing to impaired peptidoglycan synthesis. We solve the structure of PEIP-enolase tetramer and show that PEIP disassembles enolase by disrupting the basic dimer unit. The structure reveals that PEIP does not compete for substrate binding but induces a cascade of conformational changes that limit accessibility to the enolase catalytic site. This phage-inspired disassembly of enolase represents an alternative strategy for the development of anti-microbial drugs.
履歴
登録2022年4月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年7月27日-
マップ公開2022年7月27日-
更新2024年7月3日-
現状2024年7月3日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33300.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33300.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structure of PEIP-Bs_enolase complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 256 pix.
= 209.92 Å		0.82 Å/pix.
x 256 pix.
= 209.92 Å		0.82 Å/pix.
x 256 pix.
= 209.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.6
最小 - 最大-5.965095 - 9.465401
平均 (標準偏差)0.008686091 (±0.22711702)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 209.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map-2

ファイルemd_33300_half_map_1.map
注釈half map-2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map-1

ファイルemd_33300_half_map_2.map
注釈half map-1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : PEIP-Bs_enolase complex

全体名称: PEIP-Bs_enolase complex
要素
  • 複合体: PEIP-Bs_enolase complex
    • 複合体: Bs_enolase
      • タンパク質・ペプチド: Enolase
    • 複合体: PEIP
      • タンパク質・ペプチド: Putative gene 60 protein
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: PEIP-Bs_enolase complex

超分子名称: PEIP-Bs_enolase complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
分子量理論値: 100 KDa

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超分子 #2: Bs_enolase

超分子名称: Bs_enolase / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)

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超分子 #3: PEIP

超分子名称: PEIP / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Bacillus phage SP01 (ファージ)

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分子 #1: Enolase

分子名称: Enolase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: phosphopyruvate hydratase
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
分子量理論値: 46.626148 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MPYIVDVYAR EVLDSRGNPT VEVEVYTETG AFGRALVPSG ASTGEYEAVE LRDGDKDRYL GKGVLTAVNN VNEIIAPELL GFDVTEQNA IDQLLIELDG TENKGKLGAN AILGVSMACA RAAADFLQIP LYQYLGGFNS KTLPVPMMNI VNGGEHADNN V DIQEFMIM ...文字列:
MPYIVDVYAR EVLDSRGNPT VEVEVYTETG AFGRALVPSG ASTGEYEAVE LRDGDKDRYL GKGVLTAVNN VNEIIAPELL GFDVTEQNA IDQLLIELDG TENKGKLGAN AILGVSMACA RAAADFLQIP LYQYLGGFNS KTLPVPMMNI VNGGEHADNN V DIQEFMIM PVGAPNFREA LRMGAQIFHS LKSVLSAKGL NTAVGDEGGF APNLGSNEEA LQTIVEAIEK AGFKPGEEVK LA MDAASSE FYNKEDGKYH LSGEGVVKTS AEMVDWYEEL VSKYPIISIE DGLDENDWEG HKLLTERLGK KVQLVGDDLF VTN TKKLSE GIKNGVGNSI LIKVNQIGTL TETFDAIEMA KRAGYTAVIS HRSGETEDST IADIAVATNA GQIKTGAPSR TDRV AKYNQ LLRIEDQLAE TAQYHGINSF YNLNK

UniProtKB: Enolase

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分子 #2: Putative gene 60 protein

分子名称: Putative gene 60 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus phage SP01 (ファージ)
分子量理論値: 8.558438 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MLNQVEVLRE EYVEGYVVQM WRRNPSNAPV IEVFTEDNLE EGIIPEYVTA NDDTFDRIVD AVEFGYLEEL ELV

UniProtKB: Putative gene 60 protein

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分子 #3: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 2.3000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 553242
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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