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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xml | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of PEIP-Bs_enolase complex | ||||||
要素 |
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キーワード | LYASE/LYASE INHIBITOR / Enolase inhibitor / Glycolysis (解糖系) / Bacteriophage (ファージ) / ANTIMICROBIAL PROTEIN (抗微生物ペプチド) / LYASE-LYASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ホスホピルビン酸ヒドラターゼ / phosphopyruvate hydratase complex / phosphopyruvate hydratase activity / sporulation resulting in formation of a cellular spore / glycolytic process / magnesium ion binding / 細胞膜 / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) Bacillus phage SP01 (ファージ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Li, S. / Zhang, K. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2022 タイトル: Bacteriophage protein PEIP is a potent Bacillus subtilis enolase inhibitor. 著者: Kaining Zhang / Shanshan Li / Yawen Wang / Zhihao Wang / Nancy Mulvenna / Hang Yang / Peipei Zhang / Huan Chen / Yan Li / Hongliang Wang / Yongxiang Gao / Sivaramesh Wigneshweraraj / Steve ...著者: Kaining Zhang / Shanshan Li / Yawen Wang / Zhihao Wang / Nancy Mulvenna / Hang Yang / Peipei Zhang / Huan Chen / Yan Li / Hongliang Wang / Yongxiang Gao / Sivaramesh Wigneshweraraj / Steve Matthews / Kaiming Zhang / Bing Liu / 要旨: Enolase is a highly conserved enzyme that presents in all organisms capable of glycolysis or fermentation. Its immediate product phosphoenolpyruvate is essential for other important processes like ...Enolase is a highly conserved enzyme that presents in all organisms capable of glycolysis or fermentation. Its immediate product phosphoenolpyruvate is essential for other important processes like peptidoglycan synthesis and the phosphotransferase system in bacteria. Therefore, enolase inhibitors are of great interest. Here, we report that Gp60, a phage-encoded enolase inhibitor protein (PEIP) of bacteriophage SPO1 for Bacillus subtilis, is an enolase inhibitor. PEIP-expressing bacteria exhibit growth attenuation, thinner cell walls, and safranin color in Gram staining owing to impaired peptidoglycan synthesis. We solve the structure of PEIP-enolase tetramer and show that PEIP disassembles enolase by disrupting the basic dimer unit. The structure reveals that PEIP does not compete for substrate binding but induces a cascade of conformational changes that limit accessibility to the enolase catalytic site. This phage-inspired disassembly of enolase represents an alternative strategy for the development of anti-microbial drugs. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7xml.cif.gz | 171.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7xml.ent.gz | 139.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7xml.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xm/7xml ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xm/7xml | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 33300MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46626.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) 遺伝子: eno, BSU33900 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P37869, ホスホピルビン酸ヒドラターゼ #2: タンパク質 | 分子量: 8558.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus phage SP01 (ファージ) / 遺伝子: 60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O48414 #3: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 0.1 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 6.5 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2300 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.13_2998: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 553242 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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