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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-33246 | ||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Na+-pumping NADH-ubiquinone oxidoreductase from Vibrio cholerae, with korormicin | ||||||||||||||||||
マップデータ | Na -NQR with KA | ||||||||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 riboflavin binding / NADH:ubiquinone reductase (Na+-transporting) / Gram-negative-bacterium-type cell wall / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / sodium ion transport / respiratory electron transport chain / FAD binding / transmembrane transport / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / FMN binding ...riboflavin binding / NADH:ubiquinone reductase (Na+-transporting) / Gram-negative-bacterium-type cell wall / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / sodium ion transport / respiratory electron transport chain / FAD binding / transmembrane transport / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / FMN binding / electron transfer activity / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Vibrio cholerae O395 (コレラ菌) | ||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Kishikawa J / Ishikawa M / Masuya T / Murai M / Barquera B / Miyoshi H | ||||||||||||||||||
資金援助 | 日本, 米国, 5件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Cryo-EM structures of Na-pumping NADH-ubiquinone oxidoreductase from Vibrio cholerae. 著者: Jun-Ichi Kishikawa / Moe Ishikawa / Takahiro Masuya / Masatoshi Murai / Yuki Kitazumi / Nicole L Butler / Takayuki Kato / Blanca Barquera / Hideto Miyoshi / 要旨: The Na-pumping NADH-ubiquinone oxidoreductase (Na-NQR) couples electron transfer from NADH to ubiquinone with Na-pumping, generating an electrochemical Na gradient that is essential for energy- ...The Na-pumping NADH-ubiquinone oxidoreductase (Na-NQR) couples electron transfer from NADH to ubiquinone with Na-pumping, generating an electrochemical Na gradient that is essential for energy-consuming reactions in bacteria. Since Na-NQR is exclusively found in prokaryotes, it is a promising target for highly selective antibiotics. However, the molecular mechanism of inhibition is not well-understood for lack of the atomic structural information about an inhibitor-bound state. Here we present cryo-electron microscopy structures of Na-NQR from Vibrio cholerae with or without a bound inhibitor at 2.5- to 3.1-Å resolution. The structures reveal the arrangement of all six redox cofactors including a herein identified 2Fe-2S cluster located between the NqrD and NqrE subunits. A large part of the hydrophilic NqrF is barely visible in the density map, suggesting a high degree of flexibility. This flexibility may be responsible to reducing the long distance between the 2Fe-2S centers in NqrF and NqrD/E. Two different types of specific inhibitors bind to the N-terminal region of NqrB, which is disordered in the absence of inhibitors. The present study provides a foundation for understanding the function of Na-NQR and the binding manner of specific inhibitors. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_33246.map.gz | 118.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-33246-v30.xml emd-33246.xml | 31.4 KB 31.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_33246_fsc.xml | 10.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_33246.png | 128.5 KB | ||
マスクデータ | emd_33246_msk_1.map | 125 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_33246_additional_1.map.gz emd_33246_half_map_1.map.gz emd_33246_half_map_2.map.gz | 118.1 MB 116 MB 116 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33246 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33246 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_33246_validation.pdf.gz | 946.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_33246_full_validation.pdf.gz | 945.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_33246_validation.xml.gz | 19.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_33246_validation.cif.gz | 24.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33246 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33246 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_33246.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Na -NQR with KA | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.88 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_33246_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: The consensus map for Na -NQR with KA
ファイル | emd_33246_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | The consensus map for Na -NQR with KA | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Na -NQR with KA, half map 1
ファイル | emd_33246_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Na -NQR with KA, half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Na -NQR with KA, half map 2
ファイル | emd_33246_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Na -NQR with KA, half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Na+-pumping NADH-ubiquinone oxidoreductase from Vibrio cholerae, ...
+超分子 #1: Na+-pumping NADH-ubiquinone oxidoreductase from Vibrio cholerae, ...
+分子 #1: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit A
+分子 #2: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit B
+分子 #3: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit C
+分子 #4: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit D
+分子 #5: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit E
+分子 #6: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F
+分子 #7: FLAVIN MONONUCLEOTIDE
+分子 #8: RIBOFLAVIN
+分子 #9: Korormicin
+分子 #10: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine
+分子 #11: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
+分子 #12: CALCIUM ION
+分子 #13: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
+分子 #14: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
+分子 #15: water
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 11 mg/mL | ||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2814 / 平均露光時間: 6.5 sec. / 平均電子線量: 65.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.038 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |