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- EMDB-33024: Cryo-EM structure of H1 hemagglutinin from A/Washington/05/2011 i... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33024
タイトルCryo-EM structure of H1 hemagglutinin from A/Washington/05/2011 in complex with a neutralizing antibody 28-12
マップデータ
試料
  • 複合体: H1 hemagglutinin from A/Washington/05/2011 in complex with a neutralizing antibody 28-12
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin
    • タンパク質・ペプチド: Heavy chain of antibody 12 fab
    • タンパク質・ペプチド: The light chain of antibody 12 fab
キーワードInfluenza A virus / H1N1 / antibody 12 fab / cryo-EM / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemagglutinin / Hemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Cong Y / Liu CX
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of SciencesXDB29040300 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Unique binding pattern for a lineage of human antibodies with broad reactivity against influenza A virus.
著者: Xiaoyu Sun / Caixuan Liu / Xiao Lu / Zhiyang Ling / Chunyan Yi / Zhen Zhang / Zi Li / Mingliang Jin / Wenshuai Wang / Shubing Tang / Fangfang Wang / Fang Wang / Sonam Wangmo / Shuangfeng Chen ...著者: Xiaoyu Sun / Caixuan Liu / Xiao Lu / Zhiyang Ling / Chunyan Yi / Zhen Zhang / Zi Li / Mingliang Jin / Wenshuai Wang / Shubing Tang / Fangfang Wang / Fang Wang / Sonam Wangmo / Shuangfeng Chen / Li Li / Liyan Ma / Yaguang Zhang / Zhuo Yang / Xiaoping Dong / Zhikang Qian / Jianping Ding / Dayan Wang / Yao Cong / Bing Sun /
要旨: Most structurally characterized broadly neutralizing antibodies (bnAbs) against influenza A viruses (IAVs) target the conserved conformational epitopes of hemagglutinin (HA). Here, we report a ...Most structurally characterized broadly neutralizing antibodies (bnAbs) against influenza A viruses (IAVs) target the conserved conformational epitopes of hemagglutinin (HA). Here, we report a lineage of naturally occurring human antibodies sharing the same germline gene, V3-48/V1-12. These antibodies broadly neutralize the major circulating strains of IAV in vitro and in vivo mainly by binding a contiguous epitope of H3N2 HA, but a conformational epitope of H1N1 HA, respectively. Our structural and functional studies of antibody 28-12 revealed that the continuous amino acids in helix A, particularly N49 of H3 HA, are critical to determine the binding feature with 28-12. In contrast, the conformational epitope feature is dependent on the discontinuous segments involving helix A, the fusion peptide, and several HA1 residues within H1N1 HA. We report that this antibody was initially selected by H3 (group 2) viruses and evolved via somatic hypermutation to enhance the reactivity to H3 and acquire cross-neutralization to H1 (group 1) virus. These findings enrich our understanding of different antigenic determinants of heterosubtypic influenza viruses for the recognition of bnAbs and provide a reference for the design of influenza vaccines and more effective antiviral drugs.
履歴
登録2022年3月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年3月23日-
マップ公開2022年3月23日-
更新2024年10月30日-
現状2024年10月30日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33024.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33024.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.32 Å/pix.
x 220 pix.
= 289.96 Å		1.32 Å/pix.
x 220 pix.
= 289.96 Å		1.32 Å/pix.
x 220 pix.
= 289.96 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.318 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.00749
最小 - 最大-0.0017475953 - 2.1778939
平均 (標準偏差)0.0019503103 (±0.031814214)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ220220220
Spacing220220220
セルA=B=C: 289.96 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : H1 hemagglutinin from A/Washington/05/2011 in complex with a neut...

全体名称: H1 hemagglutinin from A/Washington/05/2011 in complex with a neutralizing antibody 28-12
要素
  • 複合体: H1 hemagglutinin from A/Washington/05/2011 in complex with a neutralizing antibody 28-12
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin
    • タンパク質・ペプチド: Heavy chain of antibody 12 fab
    • タンパク質・ペプチド: The light chain of antibody 12 fab

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超分子 #1: H1 hemagglutinin from A/Washington/05/2011 in complex with a neut...

超分子名称: H1 hemagglutinin from A/Washington/05/2011 in complex with a neutralizing antibody 28-12
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

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分子 #1: Hemagglutinin

分子名称: Hemagglutinin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 37.055742 KDa
組換発現生物種: Insecta environmental sample (昆虫)
配列文字列: TFATANSDTL CIGYHANNST DTVDTVLEKN VTVTHSVNLL EDKHNGKLCK LRGVAPLHLG KCNIAGWILG NPECESLSTA SSWSYIVET SSSDNGTCYP GDFIDYEELR EQLSSVSSFE RFEIFPKTSS WPNHDSNKGV TAACPHAGAK GFYKNLIWLV K KGNSYPKL ...文字列:
TFATANSDTL CIGYHANNST DTVDTVLEKN VTVTHSVNLL EDKHNGKLCK LRGVAPLHLG KCNIAGWILG NPECESLSTA SSWSYIVET SSSDNGTCYP GDFIDYEELR EQLSSVSSFE RFEIFPKTSS WPNHDSNKGV TAACPHAGAK GFYKNLIWLV K KGNSYPKL SKSYINDKGK EVLVLWGIHH PSTTADQQSL YQNADTYVFV GTSRYSKKFK PEIAIRPKVR DQEGRMNYYW TL VEPGDKI TFEATGNLVV PRYAFAMERN AGSGIIISDT PVHDCNTTCQ TPKGAINTSL PFQNIHPITI GKCPKYVKST KLR LATGLR NVPSIQSR

UniProtKB: Hemagglutinin

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分子 #2: Hemagglutinin

分子名称: Hemagglutinin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Freiburg/728006/2011(H1N1)
分子量理論値: 20.160332 KDa
組換発現生物種: Insecta environmental sample (昆虫)
配列文字列:
GLFGAIAGFI EGGWTGMVDG WYGYHHQNEQ GSGYAADLKS TQNAIDKITN KVNSVIEKMN TQFTAVGKEF NHLEKRIENL NKKVDDGFL DIWTYNAELL VLLENERTLD YHDSNVKNLY EKVRNQLKNN AKEIGNGCFE FYHKCDNTCM ESVKNGTYDY P KYSEEAKL NREEIDGV

UniProtKB: Hemagglutinin

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分子 #3: Heavy chain of antibody 12 fab

分子名称: Heavy chain of antibody 12 fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.466277 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: EVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFTFS TYNMNWVRQA PGKGLEWLSY ISTSSNTIYY ADSVKGRFTI SRDNAKNSLF LQMNSLRDE DTAVYYCARD RGCSSTNCYV VGYYFYGMDV WGQGTTVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV K DYFPEPVT ...文字列:
EVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFTFS TYNMNWVRQA PGKGLEWLSY ISTSSNTIYY ADSVKGRFTI SRDNAKNSLF LQMNSLRDE DTAVYYCARD RGCSSTNCYV VGYYFYGMDV WGQGTTVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV K DYFPEPVT VSWNSGALTS GVHTFPAVLQ SSGLYSLSSV VTVPSSSLGT QTYICNVNHK PSNTKVDKKV E

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分子 #4: The light chain of antibody 12 fab

分子名称: The light chain of antibody 12 fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.264861 KDa
組換発現生物種: Insecta environmental sample (昆虫)
配列文字列: DIQMTQSPSS VSASVGDRVT ITCRASQGIS SYLAWYQLKP GRAPKLLIYG ATRLQSGVPS RFSGSGSGTD FTLTISGLQP EDFATYHCQ QADSFPLTFG QGTRLEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列:
DIQMTQSPSS VSASVGDRVT ITCRASQGIS SYLAWYQLKP GRAPKLLIYG ATRLQSGVPS RFSGSGSGTD FTLTISGLQP EDFATYHCQ QADSFPLTFG QGTRLEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 38.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 124947
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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