+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-33013 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CryoEM structure of RuvA-Holliday junction complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | RuvA / Holliday junction / Homologous recombination / DNA damage repair / DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Holliday junction helicase complex / Holliday junction resolvase complex / four-way junction helicase activity / four-way junction DNA binding / DNA recombination / DNA repair / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.01 Å | |||||||||
データ登録者 | Lin Z / Qu Q / Zhang X / Zhou Z | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Front Plant Sci / 年: 2023 タイトル: Cryo-EM structure of the RuvAB-Holliday junction intermediate complex from . 著者: Xu Zhang / Zixuan Zhou / Lin Dai / Yulin Chao / Zheng Liu / Mingdong Huang / Qianhui Qu / Zhonghui Lin / 要旨: Holliday junction (HJ) is a four-way structured DNA intermediate in homologous recombination. In bacteria, the HJ-specific binding protein RuvA and the motor protein RuvB together form the RuvAB ...Holliday junction (HJ) is a four-way structured DNA intermediate in homologous recombination. In bacteria, the HJ-specific binding protein RuvA and the motor protein RuvB together form the RuvAB complex to catalyze HJ branch migration. (, Pa) is a ubiquitous opportunistic bacterial pathogen that can cause serious infection in a variety of host species, including vertebrate animals, insects and plants. Here, we describe the cryo-Electron Microscopy (cryo-EM) structure of the RuvAB-HJ intermediate complex from . The structure shows that two RuvA tetramers sandwich HJ at the junction center and disrupt base pairs at the branch points of RuvB-free HJ arms. Eight RuvB subunits are recruited by the RuvA octameric core and form two open-rings to encircle two opposite HJ arms. Each RuvB subunit individually binds a RuvA domain III. The four RuvB subunits within the ring display distinct subdomain conformations, and two of them engage the central DNA duplex at both strands with their C-terminal β-hairpins. Together with the biochemical analyses, our structure implicates a potential mechanism of RuvB motor assembly onto HJ DNA. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_33013.map.gz | 217.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-33013-v30.xml emd-33013.xml | 19.7 KB 19.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_33013.png | 12.8 KB | ||
その他 | emd_33013_half_map_1.map.gz emd_33013_half_map_2.map.gz | 391.1 MB 391.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33013 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33013 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_33013_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_33013_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_33013_validation.xml.gz | 17.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_33013_validation.cif.gz | 20.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33013 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33013 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_33013.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_33013_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_33013_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : RuvA-Holliday junction complex
全体 | 名称: RuvA-Holliday junction complex |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: RuvA-Holliday junction complex
超分子 | 名称: RuvA-Holliday junction complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|
-超分子 #2: Holliday junction
超分子 | 名称: Holliday junction / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#4 |
---|
-超分子 #3: RuvA
超分子 | 名称: RuvA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) |
-分子 #1: DNA (26-MER)
分子 | 名称: DNA (26-MER) / タイプ: dna / ID: 1 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
---|---|
由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 7.999266 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DA)(DT) (DA)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DT)(DA)(DT)(DT) (DA)(DT)(DA)(DA)(DT)(DA) |
-分子 #2: DNA (26-MER)
分子 | 名称: DNA (26-MER) / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
---|---|
由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 7.972225 KDa |
配列 | 文字列: (DT)(DA)(DT)(DT)(DA)(DT)(DA)(DA)(DT)(DA) (DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DT)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DA) |
-分子 #3: DNA (26-MER)
分子 | 名称: DNA (26-MER) / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
---|---|
由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 7.981238 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DA)(DA)(DA)(DT)(DT)(DA)(DA)(DT)(DA) (DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DT)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT) |
-分子 #4: DNA (26-MER)
分子 | 名称: DNA (26-MER) / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
---|---|
由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 7.972224 KDa |
配列 | 文字列: (DT)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DA)(DT) (DA)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DT)(DA)(DT)(DT) (DA)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT) |
-分子 #5: Holliday junction ATP-dependent DNA helicase RuvA
分子 | 名称: Holliday junction ATP-dependent DNA helicase RuvA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / 株: PAO1 |
分子量 | 理論値: 15.432009 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MIGRLRGTLA EKQPPHLILD VNGVGYEVEV PMTTLYRLPS VGEPVTLHTH LVVREDAHLL YGFAEKRERE LFRELIRLNG VGPKLALAL MSGLEVDELV RCVQAQDTST LVKIPGVGKK TAERLLVELK DRFKAWEN UniProtKB: Holliday junction branch migration complex subunit RuvA |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
---|---|
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 260.0 kPa |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 倍率(補正後): 60241 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
---|---|
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.01 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 143397 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1) |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
---|---|
得られたモデル | PDB-7x5a: |