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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-33007 | ||||||||||||
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タイトル | A CBg-ParM filament with ADP | ||||||||||||
マップデータ | CBg-ParM filament with ADP | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | ParM actin-like plasmid segregation / CELL CYCLE | ||||||||||||
機能・相同性 | : 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Clostridium botulinum (ボツリヌス菌) / Clostridium botulinum Bf (ボツリヌス菌) | ||||||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Koh A / Ali S / Robinson R / Narita A | ||||||||||||
資金援助 | 日本, 3件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: A new actin-like filament from Clostridium botulinum exhibits a new system of filament turn over 著者: Koh A / Ali S / Popp D / Tanaka K / Kitaoku Y / Miyazaki N / Iwasaki K / Mitsuoka K / Robert R / Narita A | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_33007.map.gz | 11 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-33007-v30.xml emd-33007.xml | 16 KB 16 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_33007_fsc.xml | 13.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_33007.png | 218.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-33007.cif.gz | 5.6 KB | ||
その他 | emd_33007_half_map_1.map.gz emd_33007_half_map_2.map.gz | 171.3 MB 171.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33007 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33007 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_33007_validation.pdf.gz | 683.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_33007_full_validation.pdf.gz | 683 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_33007_validation.xml.gz | 20.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_33007_validation.cif.gz | 26.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33007 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33007 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_33007.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | CBg-ParM filament with ADP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.87 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_33007_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_33007_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : CBg-ParM filament with ADP
全体 | 名称: CBg-ParM filament with ADP |
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要素 |
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-超分子 #1: CBg-ParM filament with ADP
超分子 | 名称: CBg-ParM filament with ADP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Clostridium botulinum (ボツリヌス菌) / 株: Bf |
-分子 #1: ParM/StbA family protein
分子 | 名称: ParM/StbA family protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Clostridium botulinum Bf (ボツリヌス菌) |
分子量 | 理論値: 32.545352 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) |
配列 | 文字列: MKITVVDLGN INVKYVGENK GRFSSKITND YQSYEEGFQR VEYNGIKTYI GVGELSREFN KADRDYMAQL LYSLAKANTA DTKEINLTL LLPIIQMKNK TRLIETLKGE NFKFKFNGID REIKINDLMV LPEGYASYYS LDIENKKGDV CILDLGSRTI N ICVLENAK ...文字列: MKITVVDLGN INVKYVGENK GRFSSKITND YQSYEEGFQR VEYNGIKTYI GVGELSREFN KADRDYMAQL LYSLAKANTA DTKEINLTL LLPIIQMKNK TRLIETLKGE NFKFKFNGID REIKINDLMV LPEGYASYYS LDIENKKGDV CILDLGSRTI N ICVLENAK IVKTNTIKLG SFDFYSKIKS LENAKGEDYI EEDIQRLIDN GLIKVDSKQY IEFLSDILNA VKPYVNLKTY NT IFTGGTS LMLKEYIEKL PLNKFKVHPN ALTSNVDGAM EASKKVWN UniProtKB: UNIPROTKB: A0A6B3ZKE5 |
-分子 #2: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 5 / 式: ADP |
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分子量 | 理論値: 427.201 Da |
Chemical component information | ChemComp-ADP: |
-分子 #3: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 5 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
濃度 | 0.7 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: LEICA EM GP |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 平均電子線量: 45.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |