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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-32940 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of human BTR1 in the inward-facing state at pH 5.5 | |||||||||
マップデータ | Sharpened map of BTR1 at pH 5.5 | |||||||||
試料 |
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キーワード | SLC4A11 / BTR1 / SLC transporter / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 borate transport / active borate transmembrane transporter activity / regulation of mesenchymal stem cell differentiation / fluid transport / water transmembrane transporter activity / monoatomic ion homeostasis / intracellular monoatomic cation homeostasis / cellular hypotonic response / proton channel activity / solute:inorganic anion antiporter activity ...borate transport / active borate transmembrane transporter activity / regulation of mesenchymal stem cell differentiation / fluid transport / water transmembrane transporter activity / monoatomic ion homeostasis / intracellular monoatomic cation homeostasis / cellular hypotonic response / proton channel activity / solute:inorganic anion antiporter activity / symporter activity / bicarbonate transport / monoatomic anion transport / bicarbonate transmembrane transporter activity / vesicle membrane / sodium channel activity / sodium ion transport / proton transmembrane transporter activity / transmembrane transporter activity / proton transmembrane transport / regulation of mitochondrial membrane potential / transmembrane transport / cellular response to oxidative stress / basolateral plasma membrane / protein dimerization activity / apical plasma membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.94 Å | |||||||||
データ登録者 | Yin Y / Lu Y / Zuo P | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Structural insights into the conformational changes of BTR1/SLC4A11 in complex with PIP. 著者: Yishuo Lu / Peng Zuo / Hongyi Chen / Hui Shan / Weize Wang / Zonglin Dai / He Xu / Yayu Chen / Ling Liang / Dian Ding / Yan Jin / Yuxin Yin / 要旨: BTR1 (SLC4A11) is a NH stimulated H (OH) transporter belonging to the SLC4 family. Dysfunction of BTR1 leads to diseases such as congenital hereditary endothelial dystrophy (CHED) and Fuchs ...BTR1 (SLC4A11) is a NH stimulated H (OH) transporter belonging to the SLC4 family. Dysfunction of BTR1 leads to diseases such as congenital hereditary endothelial dystrophy (CHED) and Fuchs endothelial corneal dystrophy (FECD). However, the mechanistic basis of BTR1 activation by alkaline pH, transport activity regulation and pathogenic mutations remains elusive. Here, we present cryo-EM structures of human BTR1 in the outward-facing state in complex with its activating ligands PIP and the inward-facing state with the pathogenic R125H mutation. We reveal that PIP binds at the interface between the transmembrane domain and the N-terminal cytosolic domain of BTR1. Disruption of either the PIP binding site or protonation of PIP phosphate groups by acidic pH can transform BTR1 into an inward-facing conformation. Our results provide insights into the mechanisms of how the transport activity and conformation changes of BTR1 are regulated by PIP binding and interaction of TMD and NTD. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_32940.map.gz | 230 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-32940-v30.xml emd-32940.xml | 14.9 KB 14.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_32940.png | 77 KB | ||
Filedesc metadata | emd-32940.cif.gz | 5.8 KB | ||
その他 | emd_32940_half_map_1.map.gz emd_32940_half_map_2.map.gz | 226.1 MB 226.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32940 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32940 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_32940_validation.pdf.gz | 934.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_32940_full_validation.pdf.gz | 933.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_32940_validation.xml.gz | 15.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_32940_validation.cif.gz | 18.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32940 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32940 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_32940.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharpened map of BTR1 at pH 5.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.821 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half-A map of BTR1 at pH 5.5
ファイル | emd_32940_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-A map of BTR1 at pH 5.5 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-B map of BTR1 at pH 5.5
ファイル | emd_32940_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-B map of BTR1 at pH 5.5 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Solute carrier family 4 member 11, isoform B
全体 | 名称: Solute carrier family 4 member 11, isoform B |
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要素 |
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-超分子 #1: Solute carrier family 4 member 11, isoform B
超分子 | 名称: Solute carrier family 4 member 11, isoform B / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 199 KDa |
-分子 #1: Isoform 1 of Solute carrier family 4 member 11
分子 | 名称: Isoform 1 of Solute carrier family 4 member 11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 99.684438 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MSQVGGRGDR CTQEVQGLVH GAGDLSASLA ENSPTMSQNG YFEDSSYYKC DTDDTFEARE EILGDEAFDT ANSSIVSGES IRFFVNVNL EMQATNTENE ATSGGCVLLH TSRKYLKLKN FKEEIRAHRD LDGFLAQASI VLNETATSLD NVLRTMLRRF A RDPDNNEP ...文字列: MSQVGGRGDR CTQEVQGLVH GAGDLSASLA ENSPTMSQNG YFEDSSYYKC DTDDTFEARE EILGDEAFDT ANSSIVSGES IRFFVNVNL EMQATNTENE ATSGGCVLLH TSRKYLKLKN FKEEIRAHRD LDGFLAQASI VLNETATSLD NVLRTMLRRF A RDPDNNEP NCNLDLLMAM LFTDAGAPMR GKVHLLSDTI QGVTATVTGV RYQQSWLCII CTMKALQKRH VCISRLVRPQ NW GENSCEV RFVILVLAPP KMKSTKTAME VARTFATMFS DIAFRQKLLE TRTEEEFKEA LVHQRQLLTM VSHGPVAPRT KER STVSLP AHRHPEPPKC KDFVPFGKGI REDIARRFPL YPLDFTDGII GKNKAVGKYI TTTLFLYFAC LLPTIAFGSL NDEN TDGAI DVQKTIAGQS IGGLLYALFS GQPLVILLTT APLALYIQVI RVICDDYDLD FNSFYAWTGL WNSFFLALYA FFNLS LVMS LFKRSTEEII ALFISITFVL DAVKGTVKIF WKYYYGHYLD DYHTKRTSSL VSLSGLGASL NASLHTALNA SFLASP TEL PSATHSGQAT AVLSLLIMLG TLWLGYTLYQ FKKSPYLHPC VREILSDCAL PIAVLAFSLI SSHGFREIEM SKFRYNP SE SPFAMAQIQS LSLRAVSGAM GLGFLLSMLF FIEQNLVAAL VNAPENRLVK GTAYHWDLLL LAIINTGLSL FGLPWIHA A YPHSPLHVRA LALVEERVEN GHIYDTIVNV KETRLTSLGA SVLVGLSLLL LPVPLQWIPK PVLYGLFLYI ALTSLDGNQ LVQRVALLLK EQTAYPPTHY IRRVPQRKIH YFTGLQVLQL LLLCAFGMSS LPYMKMIFPL IMIAMIPIRY ILLPRIIEAK YLDVMDAEH RP UniProtKB: Solute carrier family 4 member 11 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 5.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.94 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1.0) / 使用した粒子像数: 161085 |
初期 角度割当 | タイプ: OTHER |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER |