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万見
- EMDB-32837: Tethered peptide activation mechanism of adhesion GPCRs ADGRG2 an... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32837
タイトルTethered peptide activation mechanism of adhesion GPCRs ADGRG2 and ADGRG4
マップデータCryo-EM structure of the ADGRG4-beta-Gs complex
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of the ADGR4-beta-Gs complex
    • 複合体: Gs
      • タンパク質・ペプチド: mini-Gs
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
      • タンパク質・ペプチド: Adhesion G-protein coupled receptor G4,Uncharacterized protein
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • 複合体: scFv16
      • タンパク質・ペプチド: scFv16
    • 複合体: Nanobody-35
      • タンパク質・ペプチド: Nanobody-35
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / G protein-coupled receptor activity / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway ...bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / G protein-coupled receptor activity / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G-protein activation / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / G beta:gamma signalling through BTK / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / photoreceptor disc membrane / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / cellular response to catecholamine stimulus / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / sensory perception of taste / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / GPER1 signaling / cellular response to prostaglandin E stimulus / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / GTPase binding / retina development in camera-type eye / Ca2+ pathway / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (i) signalling events / fibroblast proliferation / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / Ras protein signal transduction / cell population proliferation / Extra-nuclear estrogen signaling / cell surface receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor signaling pathway / lysosomal membrane / GTPase activity / synapse / protein-containing complex binding / signal transduction / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pentaxin family / Pentraxin / C-reactive protein / pentaxin family / Pentraxin-related / Pentraxin (PTX) domain profile. / GAIN domain superfamily / GPCR proteolysis site, GPS, motif / GPS motif / GAIN-B domain profile. / G-protein-coupled receptor proteolytic site domain / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily ...Pentaxin family / Pentraxin / C-reactive protein / pentaxin family / Pentraxin-related / Pentraxin (PTX) domain profile. / GAIN domain superfamily / GPCR proteolysis site, GPS, motif / GPS motif / GAIN-B domain profile. / G-protein-coupled receptor proteolytic site domain / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Adhesion G-protein coupled receptor G4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物) / Lama glama (ラマ) / Psychromonas sp. B3M02 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Guo SC / Huang SM / He QT / Xiao P / Sun JP / Yu X
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31971195 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)11922410 中国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Tethered peptide activation mechanism of the adhesion GPCRs ADGRG2 and ADGRG4.
著者: Peng Xiao / Shengchao Guo / Xin Wen / Qing-Tao He / Hui Lin / Shen-Ming Huang / Lu Gou / Chao Zhang / Zhao Yang / Ya-Ni Zhong / Chuan-Cheng Yang / Yu Li / Zheng Gong / Xiao-Na Tao / Zhi-Shuai ...著者: Peng Xiao / Shengchao Guo / Xin Wen / Qing-Tao He / Hui Lin / Shen-Ming Huang / Lu Gou / Chao Zhang / Zhao Yang / Ya-Ni Zhong / Chuan-Cheng Yang / Yu Li / Zheng Gong / Xiao-Na Tao / Zhi-Shuai Yang / Yan Lu / Shao-Long Li / Jun-Yan He / Chuanxin Wang / Lei Zhang / Liangliang Kong / Jin-Peng Sun / Xiao Yu /
要旨: Adhesion G protein-coupled receptors (aGPCRs) constitute an evolutionarily ancient family of receptors that often undergo autoproteolysis to produce α and β subunits. A tethered agonism mediated by ...Adhesion G protein-coupled receptors (aGPCRs) constitute an evolutionarily ancient family of receptors that often undergo autoproteolysis to produce α and β subunits. A tethered agonism mediated by the 'Stachel sequence' of the β subunit has been proposed to have central roles in aGPCR activation. Here we present three cryo-electron microscopy structures of aGPCRs coupled to the G heterotrimer. Two of these aGPCRs are activated by tethered Stachel sequences-the ADGRG2-β-G complex and the ADGRG4-β-G complex (in which β indicates the β subunit of the aGPCR)-and the other is the full-length ADGRG2 in complex with the exogenous ADGRG2 Stachel-sequence-derived peptide agonist IP15 (ADGRG2(FL)-IP15-G). The Stachel sequences of both ADGRG2-β and ADGRG4-β assume a U shape and insert deeply into the seven-transmembrane bundles. Constituting the FXφφφXφ motif (in which φ represents a hydrophobic residue), five residues of ADGRG2-β or ADGRG4-β extend like fingers to mediate binding to the seven-transmembrane domain and activation of the receptor. The structure of the ADGRG2(FL)-IP15-G complex reveals the structural basis for the improved binding affinity of IP15 compared with VPM-p15 and indicates that rational design of peptidic agonists could be achieved by exploiting aGPCR-β structures. By converting the 'finger residues' to acidic residues, we develop a method to generate peptidic antagonists towards several aGPCRs. Collectively, our study provides structural and biochemical insights into the tethered activation mechanism of aGPCRs.
履歴
登録2022年2月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年4月27日-
マップ公開2022年4月27日-
更新2022年5月11日-
現状2022年5月11日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_32837.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32837.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structure of the ADGRG4-beta-Gs complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.5 Å/pix.
x 128 pix.
= 192. Å		1.5 Å/pix.
x 128 pix.
= 192. Å		1.5 Å/pix.
x 128 pix.
= 192. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.5 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.045
最小 - 最大-0.25658363 - 0.3859321
平均 (標準偏差)5.0322433e-05 (±0.013754968)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 192.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of the ADGR4-beta-Gs complex

全体名称: Cryo-EM structure of the ADGR4-beta-Gs complex
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of the ADGR4-beta-Gs complex
    • 複合体: Gs
      • タンパク質・ペプチド: mini-Gs
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
      • タンパク質・ペプチド: Adhesion G-protein coupled receptor G4,Uncharacterized protein
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • 複合体: scFv16
      • タンパク質・ペプチド: scFv16
    • 複合体: Nanobody-35
      • タンパク質・ペプチド: Nanobody-35

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超分子 #1: Cryo-EM structure of the ADGR4-beta-Gs complex

超分子名称: Cryo-EM structure of the ADGR4-beta-Gs complex / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: Gs

超分子名称: Gs / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3, #5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)

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超分子 #3: scFv16

超分子名称: scFv16 / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
組換発現生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)

+
超分子 #4: Nanobody-35

超分子名称: Nanobody-35 / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #6
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
組換発現生物種: Escherichia phage EcSzw-2 (ファージ)

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分子 #1: mini-Gs

分子名称: mini-Gs / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 41.879465 KDa
組換発現生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
配列文字列: MGCTLSAEDK AAVERSKMIE KQLQKDKQVY RATHRLLLLG ADNSGKSTIV KQMRIYHVNG YSEEECKQYK AVVYSNTIQS IIAIIRAMG RLKIDFGDSA RADDARQLFV LAGAAEEGFM TAELAGVIKR LWKDSGVQAC FNRSREYQLN DSAAYYLNDL D RIAQPNYI ...文字列:
MGCTLSAEDK AAVERSKMIE KQLQKDKQVY RATHRLLLLG ADNSGKSTIV KQMRIYHVNG YSEEECKQYK AVVYSNTIQS IIAIIRAMG RLKIDFGDSA RADDARQLFV LAGAAEEGFM TAELAGVIKR LWKDSGVQAC FNRSREYQLN DSAAYYLNDL D RIAQPNYI PTQQDVLRTR VKTSGIFETK FQVDKVNFHM FDVGAQRDER RKWIQCFNDV TAIIFVVDSS DYNRLQEALN DF KSIWNNR WLRTISVILF LNKQDLLAEK VLAGKSKIED YFPEFARYTT PEDATPEPGE DPRVTRAKYF IRDEFLRIST ASG DGRHYC YPHFTCSVDT ENARRIFNDC RDIIQRMHLR QYELL

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分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 39.48916 KDa
組換発現生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
配列文字列: MHHHHHHLEV LFQGPGSSQS ELDQLRQEAE QLKNQIRDAR KACADATLSQ ITNNIDPVGR IQMRTRRTLR GHLAKIYAMH WGTDSRLLV SASQDGKLII WDSYTTNKVH AIPLRSSWVM TCAYAPSGNY VACGGLDNIC SIYNLKTREG NVRVSRELAG H TGYLSCCR ...文字列:
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分子 #3: Adhesion G-protein coupled receptor G4,Uncharacterized protein

分子名称: Adhesion G-protein coupled receptor G4,Uncharacterized protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3
詳細: residues 3081-3088 = His tag, residues 3089-3091 = linker, residues 3092-3098 = TEV site
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Psychromonas sp. B3M02 (バクテリア)
分子量理論値: 71.627969 KDa
組換発現生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
配列文字列: MKTIIALSYI FCLVFAHLTH FGVLMDLSRS TVDSVNEQIL ALITYTGCGI SSIFLGVAVV TYIAFHKLRK DYPAKILINL CTALLMLNL VFLINSWLSS FQKVGVCITA AVALHYFLLV SFTWMGLEAV HMYLALVKVF NIYIPNYILK FCLVGWGIPA I MVAITVSV ...文字列:
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分子 #4: scFv16

分子名称: scFv16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 26.610615 KDa
組換発現生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
配列文字列: DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS ...文字列:
DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS NGNTYLYWFL QRPGQSPQLL IYRMSNLASG VPDRFSGSGS GTAFTLTISR LEAEDVGVYY CMQHLEYPLT FG AGTKLEL KGS

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分子 #5: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.861143 KDa
組換発現生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
配列文字列:
MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L

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分子 #6: Nanobody-35

分子名称: Nanobody-35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 13.885439 KDa
組換発現生物種: Escherichia phage EcSzw-2 (ファージ)
配列文字列:
QVQLQESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFTFS NYKMNWVRQA PGKGLEWVSD ISQSGASISY TGSVKGRFTI SRDNAKNTLY LQMNSLKPE DTAVYYCARC PAPFTRDCFD VTSTTYAYRG QGTQVTVSS

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 64.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7d77

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 619803
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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