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万見
- EMDB-3274: Proteolytically inactive Human mitochondrial Lon protease incubat... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3274
タイトルProteolytically inactive Human mitochondrial Lon protease incubated with ADP
マップデータProteolytically inactive Human Lon protease incubated with ADP
試料
  • 試料: Proteolytically inactive Human mitochondrial Lon protease (S855A) incubated with ADP
  • タンパク質・ペプチド: Human mitochondrial Lon protease S855A
キーワードAAA / Lon protease / Human
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidation-dependent protein catabolic process / PH domain binding / mitochondrial protein catabolic process / G-quadruplex DNA binding / endopeptidase La / mitochondrial DNA metabolic process / mitochondrial genome maintenance / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / mitochondrial nucleoid ...oxidation-dependent protein catabolic process / PH domain binding / mitochondrial protein catabolic process / G-quadruplex DNA binding / endopeptidase La / mitochondrial DNA metabolic process / mitochondrial genome maintenance / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / mitochondrial nucleoid / insulin receptor substrate binding / chaperone-mediated protein complex assembly / DNA polymerase binding / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / Mitochondrial protein degradation / proteolysis involved in protein catabolic process / mitochondrion organization / ADP binding / protein catabolic process / single-stranded DNA binding / cellular response to oxidative stress / sequence-specific DNA binding / single-stranded RNA binding / response to hypoxia / mitochondrial matrix / serine-type endopeptidase activity / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Lon protease homologue, chloroplastic/mitochondrial / Lon protease, bacterial/eukaryotic-type / Lon protease AAA+ ATPase lid domain / Peptidase S16, active site / ATP-dependent serine proteases, lon family, serine active site. / Lon proteolytic domain profile. / Peptidase S16, Lon proteolytic domain / Lon protease / Lon protease (S16) C-terminal proteolytic domain / Lon N-terminal domain profile. ...Lon protease homologue, chloroplastic/mitochondrial / Lon protease, bacterial/eukaryotic-type / Lon protease AAA+ ATPase lid domain / Peptidase S16, active site / ATP-dependent serine proteases, lon family, serine active site. / Lon proteolytic domain profile. / Peptidase S16, Lon proteolytic domain / Lon protease / Lon protease (S16) C-terminal proteolytic domain / Lon N-terminal domain profile. / Lon protease, N-terminal domain / Lon protease, N-terminal domain superfamily / ATP-dependent protease La (LON) substrate-binding domain / Found in ATP-dependent protease La (LON) / PUA-like superfamily / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Lon protease homolog, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 21.0 Å
データ登録者Kereiche S / Kovacik L / Bednar J / Pevala V / Kunova N / Ondrovicova G / Bauer J / Ambro L / Bellova J / Kutejova E / Raska I
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: The N-terminal domain plays a crucial role in the structure of a full-length human mitochondrial Lon protease.
著者: Sami Kereïche / Lubomír Kováčik / Jan Bednár / Vladimír Pevala / Nina Kunová / Gabriela Ondrovičová / Jacob Bauer / Ľuboš Ambro / Jana Bellová / Eva Kutejová / Ivan Raška /
要旨: Lon is an essential, multitasking AAA(+) protease regulating many cellular processes in species across all kingdoms of life. Altered expression levels of the human mitochondrial Lon protease (hLon) ...Lon is an essential, multitasking AAA(+) protease regulating many cellular processes in species across all kingdoms of life. Altered expression levels of the human mitochondrial Lon protease (hLon) are linked to serious diseases including myopathies, paraplegia, and cancer. Here, we present the first 3D structure of full-length hLon using cryo-electron microscopy. hLon has a unique three-dimensional structure, in which the proteolytic and ATP-binding domains (AP-domain) form a hexameric chamber, while the N-terminal domain is arranged as a trimer of dimers. These two domains are linked by a narrow trimeric channel composed likely of coiled-coil helices. In the presence of AMP-PNP, the AP-domain has a closed-ring conformation and its N-terminal entry gate appears closed, but in ADP binding, it switches to a lock-washer conformation and its N-terminal gate opens, which is accompanied by a rearrangement of the N-terminal domain. We have also found that both the enzymatic activities and the 3D structure of a hLon mutant lacking the first 156 amino acids are severely disturbed, showing that hLon's N-terminal domains are crucial for the overall structure of the hLon, maintaining a conformation allowing its proper functioning.
履歴
登録2015年12月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年12月16日-
マップ公開2016年10月5日-
更新2016年10月5日-
現状2016年10月5日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3274.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3274.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 41.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Proteolytically inactive Human Lon protease incubated with ADP
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.8 Å/pix.
x 224 pix.
= 403.536 Å		1.8 Å/pix.
x 224 pix.
= 403.536 Å		1.8 Å/pix.
x 224 pix.
= 403.536 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.8015 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.02438934 - 0.13706979
平均 (標準偏差)0.00144868 (±0.01156716)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ224224224
Spacing224224224
セルA=B=C: 403.53598 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.80151.80151.8015
M x/y/z224224224
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z403.536403.536403.536
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS224224224
D min/max/mean-0.0240.1370.001

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添付データ

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セグメンテーションマップ: Proteolytically inactive Human Lon protease incubated with ADP

注釈Proteolytically inactive Human Lon protease incubated with ADP
ファイルemd_3274_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Proteolytically inactive Human mitochondrial Lon protease (S855A)...

全体名称: Proteolytically inactive Human mitochondrial Lon protease (S855A) incubated with ADP
要素
  • 試料: Proteolytically inactive Human mitochondrial Lon protease (S855A) incubated with ADP
  • タンパク質・ペプチド: Human mitochondrial Lon protease S855A

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超分子 #1000: Proteolytically inactive Human mitochondrial Lon protease (S855A)...

超分子名称: Proteolytically inactive Human mitochondrial Lon protease (S855A) incubated with ADP
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: hexameric / Number unique components: 1
分子量実験値: 650 KDa / 理論値: 650 KDa

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分子 #1: Human mitochondrial Lon protease S855A

分子名称: Human mitochondrial Lon protease S855A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: LonP1 / コピー数: 6 / 集合状態: hexameric / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human / Organelle: mitochondria / 細胞中の位置: mitochondria
分子量実験値: 650 KDa / 理論値: 650 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: DE3
配列UniProtKB: Lon protease homolog, mitochondrial

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 20 mM HEPES, 150 mM NaCl, 5 mM MgCl2
グリッド詳細: 200 mesh quanti-foil R2/2 with thin carbon support, glow discharged in standard vaccum atmosphere
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 90 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: blot 2 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
日付2014年4月4日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON I (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm / 実像数: 498 / 平均電子線量: 10 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 100 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 77712 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: ctffind3
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 21.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 38100
最終 2次元分類クラス数: 20

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3m6a


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: sculptor, situs, Chimera
詳細The domains were separately fitted by interactive docking in the situs programme.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

3jlc


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: sculptor, situs, Chimera
詳細The N-terminal domains were fitted with 6 shortened copy of 3jlc from E.Coli in chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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