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万見
- EMDB-3271: Importin-beta can bind Hepatitis B Virus core protein and empty c... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3271
タイトルImportin-beta can bind Hepatitis B Virus core protein and empty core-like particles and induce structural changes
マップデータCryo-EM reconstruction of unphosphorylated Cp183 and Imp-beta in NaCl
試料
  • 試料: 11 uM Cp183 dimer in capsid form and 18.8 uM Imp-beta in NaCl
  • ウイルス: Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)
  • タンパク質・ペプチド: importin beta
キーワードHBV / Cp183 / Importin-beta
生物種Homo sapiens (ヒト) / Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.9 Å
データ登録者Chen C / Wang JC-Y / Pierson EE / Kiefer DZ / Delaleau M / Gallucci L / Cazenave C / Kann M / Jarrold MF / Zlotnick A
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2016
タイトル: Importin β Can Bind Hepatitis B Virus Core Protein and Empty Core-Like Particles and Induce Structural Changes.
著者: Chao Chen / Joseph Che-Yen Wang / Elizabeth E Pierson / David Z Keifer / Mildred Delaleau / Lara Gallucci / Christian Cazenave / Michael Kann / Martin F Jarrold / Adam Zlotnick /
要旨: Hepatitis B virus (HBV) capsids are found in many forms: immature single-stranded RNA-filled cores, single-stranded DNA-filled replication intermediates, mature cores with relaxed circular double- ...Hepatitis B virus (HBV) capsids are found in many forms: immature single-stranded RNA-filled cores, single-stranded DNA-filled replication intermediates, mature cores with relaxed circular double-stranded DNA, and empty capsids. A capsid, the protein shell of the core, is a complex of 240 copies of core protein. Mature cores are transported to the nucleus by a complex that includes both importin α and importin β (Impα and Impβ), which bind to the core protein's C-terminal domains (CTDs). Here we have investigated the interactions of HBV core protein with importins in vitro. Strikingly, empty capsids and free core protein can bind Impβ without Impα. Cryo-EM image reconstructions show that the CTDs, which are located inside the capsid, can extrude through the capsid to be bound by Impβ. Impβ density localized on the capsid exterior near the quasi-sixfold vertices, suggested a maximum of 30 Impβ per capsid. However, examination of complexes using single molecule charge-detection mass spectrometry indicate that some complexes include over 90 Impβ molecules. Cryo-EM of capsids incubated with excess Impβ shows a population of damaged particles and a population of "dark" particles with internal density, suggesting that Impβ is effectively swallowed by the capsids, which implies that the capsids transiently open and close and can be destabilized by Impβ. Though the in vitro complexes with great excess of Impβ are not biological, these results have implications for trafficking of empty capsids and free core protein; activities that affect the basis of chronic HBV infection.
履歴
登録2015年12月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年1月27日-
マップ公開2016年8月24日-
更新2016年8月24日-
現状2016年8月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.159
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.159
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3271.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3271.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 238.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM reconstruction of unphosphorylated Cp183 and Imp-beta in NaCl
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.51 Å/pix.
x 400 pix.
= 604.8 Å		1.51 Å/pix.
x 400 pix.
= 604.8 Å		1.51 Å/pix.
x 400 pix.
= 604.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.512 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.159 / ムービー #1: 0.159
最小 - 最大-0.43745577 - 0.795946
平均 (標準偏差)0.00651867 (±0.0882723)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-10-10-10
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 604.7999 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.5121.5121.512
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z604.800604.800604.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-10-10-10
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.4370.7960.007

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : 11 uM Cp183 dimer in capsid form and 18.8 uM Imp-beta in NaCl

全体名称: 11 uM Cp183 dimer in capsid form and 18.8 uM Imp-beta in NaCl
要素
  • 試料: 11 uM Cp183 dimer in capsid form and 18.8 uM Imp-beta in NaCl
  • ウイルス: Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)
  • タンパク質・ペプチド: importin beta

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超分子 #1000: 11 uM Cp183 dimer in capsid form and 18.8 uM Imp-beta in NaCl

超分子名称: 11 uM Cp183 dimer in capsid form and 18.8 uM Imp-beta in NaCl
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 2

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超分子 #1: Hepatitis B virus

超分子名称: Hepatitis B virus / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: HBV / NCBI-ID: 10407 / 生物種: Hepatitis B virus / Sci species strain: adyw / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: HBV
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES
Host system生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21 (DE3) cells / 組換プラスミド: pET11cCp183
分子量実験値: 4.8 MDa / 理論値: 4.8 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Cp183 / T番号(三角分割数): 4

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分子 #1: importin beta

分子名称: importin beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Imp-beta / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: PET30a

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.39 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 0.15 M ammonium formate
グリッド詳細: glow-discharged holey carbon grid (Quantifoil R2/2) or continuous carbon film coated grid (EMS)
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 98 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 手法: Blot for 4 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 3200FS
温度平均: 98 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: Omega filter
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV
詳細Weak beam illumination
日付2014年5月25日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 109 / 平均電子線量: 25 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 1.1 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.57 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.91 µm / 倍率（公称値）: 80000
試料ステージ試料ホルダー: Gatan 626 / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

詳細Data processed by auto3dem
CTF補正詳細: each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.9 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Auto3dem / 使用した粒子像数: 6443

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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