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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-32612 | |||||||||
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タイトル | Structure of apo-ferritin with Hybrid electron counting at 120 kV | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Coxsackievirus A10 / VIRUS | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.87 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhu DJ / Zhang XZ | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022 タイトル: An electron counting algorithm improves imaging of proteins with low-acceleration-voltage cryo-electron microscope. 著者: Dongjie Zhu / Huigang Shi / Chunling Wu / Xinzheng Zhang / 要旨: Relative to the 300-kV accelerating field, electrons accelerated under lower voltages are potentially scattered more strongly. Lowering the accelerate voltage has been suggested to enhance the signal- ...Relative to the 300-kV accelerating field, electrons accelerated under lower voltages are potentially scattered more strongly. Lowering the accelerate voltage has been suggested to enhance the signal-to-noise ratio (SNR) of cryo-electron microscopy (cryo-EM) images of small-molecular-weight proteins (<100 kD). However, the detection efficient of current Direct Detection Devices (DDDs) and temporal coherence of cryo-EM decrease at lower voltage, leading to loss of SNR. Here, we present an electron counting algorithm to improve the detection of low-energy electrons. The counting algorithm increased the SNR of 120-kV and 200-kV cryo-EM image from a Falcon III camera by 8%, 20% at half the Nyquist frequency and 21%, 80% at Nyquist frequency, respectively, resulting in a considerable improvement in resolution of 3D reconstructions. Our results indicate that with further improved temporal coherence and a dedicated designed camera, a 120-kV cryo-electron microscope has potential to match the 300-kV microscope at imaging small proteins. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_32612.map.gz | 40.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-32612-v30.xml emd-32612.xml | 12.3 KB 12.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_32612_fsc.xml | 8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_32612.png | 150.7 KB | ||
マスクデータ | emd_32612_msk_1.map | 42.9 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-32612.cif.gz | 3.8 KB | ||
その他 | emd_32612_half_map_1.map.gz emd_32612_half_map_2.map.gz | 29.6 MB 29.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32612 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32612 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_32612_validation.pdf.gz | 824 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_32612_full_validation.pdf.gz | 823.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_32612_validation.xml.gz | 12.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_32612_validation.cif.gz | 18.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32612 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32612 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | C: 同じ文献を引用 (文献) |
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-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_32612.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 42.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_32612_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_32612_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_32612_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : apo-ferritin
全体 | 名称: apo-ferritin |
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要素 |
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-超分子 #1: apo-ferritin
超分子 | 名称: apo-ferritin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: OTHER / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 平均電子線量: 19.6 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |