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- EMDB-32588: The Cryo-EM structure of siphonaxanthin chlorophyll a/b type ligh... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32588
タイトルThe Cryo-EM structure of siphonaxanthin chlorophyll a/b type light-harvesting complex II
マップデータ
試料
  • 複合体: siphonaxanthin chlorophyll a/b-type light-harvesting complex II
    • タンパク質・ペプチド: siphonaxanthin chlorophyll a/b binding light-harvesting complex II
  • リガンド: CHLOROPHYLL B
  • リガンド: CHLOROPHYLL Aクロロフィルa
  • リガンド: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL
  • リガンド: Siphonein
  • リガンド: Siphonaxanthin
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: water水
生物種Codium fragile (ミル)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Seki S / Nakaniwa T / Castro-Hartmann P / Sader K / Kawamoto A / Tanaka H / Qian P / Kurisu G / Fujii R
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Other privateSasakura Enviro-Science Foundation 2020
引用ジャーナル: BBA Adv / 年: 2022
タイトル: Structural insights into blue-green light utilization by marine green algal light harvesting complex II at 2.78 Å.
著者: Soichiro Seki / Tetsuko Nakaniwa / Pablo Castro-Hartmann / Kasim Sader / Akihiro Kawamoto / Hideaki Tanaka / Pu Qian / Genji Kurisu / Ritsuko Fujii /
要旨: Light-harvesting complex II (LHCII) present in plants and green algae absorbs solar energy to promote photochemical reactions. A marine green macroalga, , exhibits the unique characteristic of ...Light-harvesting complex II (LHCII) present in plants and green algae absorbs solar energy to promote photochemical reactions. A marine green macroalga, , exhibits the unique characteristic of absorbing blue-green light from the sun during photochemical reactions while being underwater owing to the presence of pigment-altered LHCII called siphonaxanthin-chlorophyll binding protein (SCP). In this study, we determined the structure of SCP at a resolution of 2.78 Å using cryogenic electron microscopy. SCP has a trimeric structure, wherein each monomer containing two lutein and two chlorophyll molecules in the plant-type LHCII are replaced by siphonaxanthin and its ester and two chlorophyll molecules, respectively. Siphonaxanthin occupies the binding site in SCP having a polarity in the trimeric inner core, and exhibits a distorted conjugated chain comprising a carbonyl group hydrogen bonded to a cysteine residue of apoprotein. These features suggest that the siphonaxanthin molecule is responsible for the characteristic green absorption of SCP. The replaced chlorophyll molecules extend the region of the stromal side chlorophyll cluster, spanning two adjacent monomers.
履歴
登録2022年1月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月23日-
マップ公開2022年11月23日-
更新2023年5月3日-
現状2023年5月3日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_32588.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32588.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 134.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.662 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0528
最小 - 最大-0.19495443 - 0.3746698
平均 (標準偏差)0.0005438575 (±0.008236589)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ328328328
Spacing328328328
セルA=B=C: 217.136 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : siphonaxanthin chlorophyll a/b-type light-harvesting complex II

全体名称: siphonaxanthin chlorophyll a/b-type light-harvesting complex II
要素
  • 複合体: siphonaxanthin chlorophyll a/b-type light-harvesting complex II
    • タンパク質・ペプチド: siphonaxanthin chlorophyll a/b binding light-harvesting complex II
  • リガンド: CHLOROPHYLL B
  • リガンド: CHLOROPHYLL Aクロロフィルa
  • リガンド: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL
  • リガンド: Siphonein
  • リガンド: Siphonaxanthin
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: water水

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超分子 #1: siphonaxanthin chlorophyll a/b-type light-harvesting complex II

超分子名称: siphonaxanthin chlorophyll a/b-type light-harvesting complex II
タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Codium fragile (ミル)
分子量理論値: 119 KDa

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分子 #1: siphonaxanthin chlorophyll a/b binding light-harvesting complex II

分子名称: siphonaxanthin chlorophyll a/b binding light-harvesting complex II
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Codium fragile (ミル) / 株: KU-0654
分子量理論値: 24.190102 KDa
配列文字列: IEFYGPDRAL WLGPYSEGAV PSYLTGEFPG DYGWDSAGLS ADPETFAANR ELELIHARWA MLGVVGCLTP EALEKYSGVE FGEATWFKA GSQIFAEGGI DYLGNPSLVH AQSILAIVWS QVVLMGLAEG YRVSGGPLGE ATDPLYPGEA FDPFGFADDP E TFSELKIK ...文字列:
IEFYGPDRAL WLGPYSEGAV PSYLTGEFPG DYGWDSAGLS ADPETFAANR ELELIHARWA MLGVVGCLTP EALEKYSGVE FGEATWFKA GSQIFAEGGI DYLGNPSLVH AQSILAIVWS QVVLMGLAEG YRVSGGPLGE ATDPLYPGEA FDPFGFADDP E TFSELKIK EIKNGRLAMF AMFGFFVQAL QTGKGPVECW ASHIEDPVAN NGFVYATKFF GAQIF

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分子 #2: CHLOROPHYLL B

分子名称: CHLOROPHYLL B / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 24 / 式: CHL
分子量理論値: 907.472 Da
Chemical component information

ChemComp-CHL:
CHLOROPHYLL B / Chlorophyll b

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分子 #3: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 15 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A / クロロフィルa

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分子 #4: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY...

分子名称: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5- ...名称: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL
タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 3 / 式: NEX
分子量理論値: 600.87 Da
Chemical component information

ChemComp-NEX:
(1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL

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分子 #5: Siphonein

分子名称: Siphonein / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 3 / 式: 0UR
分子量理論値: 781.157 Da
Chemical component information

ChemComp-0UR:
Siphonein

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分子 #6: Siphonaxanthin

分子名称: Siphonaxanthin / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 3 / 式: 0IE
分子量理論値: 600.87 Da
Chemical component information

ChemComp-0IE:
Siphonaxanthin / シホナキサンチン

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分子 #7: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 3 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM / Phosphatidylglycerol

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分子 #8: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 54 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度10 mg/mL
緩衝液pH: 8.2
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC4H11NO3trishydroxylmethylaminomethane
0.03 %C24H46O11n-Dodecyl-beta-D-maltoside
グリッド材質: COPPER
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 120000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 8935 / 平均電子線量: 50.75 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2336076
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類クラス数: 10 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 250633
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1rwt


Chain - Chain ID: B / Chain - Residue range: 14-231
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7wlm:
The Cryo-EM structure of siphonaxanthin chlorophyll a/b type light-harvesting complex II

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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