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- EMDB-32485: Cryo-electron microscopic structure of the 2-oxoglutarate dehydro... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32485
タイトルCryo-electron microscopic structure of the 2-oxoglutarate dehydrogenase (E1) component of the human alpha-ketoglutarate (2-oxoglutarate) dehydrogenase complex
マップデータ
試料
  • 複合体: 2-oxoglutarate dehydrogenase, OGDH
    • タンパク質・ペプチド: 2-oxoglutarate dehydrogenase, mitochondrial
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: THIAMINE DIPHOSPHATE
キーワードMitochondria / ketoglutarate dehydrogenase / single-particle cryoEM / OXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


oxoglutarate dehydrogenase (NAD+) activity / olfactory bulb mitral cell layer development / oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring) / : / succinyl-CoA metabolic process / oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring) activity / tangential migration from the subventricular zone to the olfactory bulb / cerebellar cortex development / Lysine catabolism / oxoglutarate dehydrogenase complex ...oxoglutarate dehydrogenase (NAD+) activity / olfactory bulb mitral cell layer development / oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring) / : / succinyl-CoA metabolic process / oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring) activity / tangential migration from the subventricular zone to the olfactory bulb / cerebellar cortex development / Lysine catabolism / oxoglutarate dehydrogenase complex / pyramidal neuron development / Citric acid cycle (TCA cycle) / thalamus development / 2-oxoglutarate metabolic process / striatum development / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / thiamine pyrophosphate binding / tricarboxylic acid cycle / Mitochondrial protein degradation / generation of precursor metabolites and energy / mitochondrial membrane / hippocampus development / glycolytic process / mitochondrial matrix / mitochondrion / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component, N-terminal domain / 2-oxoglutarate dehydrogenase N-terminus / Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme, C-terminal / Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme, C-terminal domain superfamily / 2-oxoglutarate dehydrogenase C-terminal / 2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component / Dehydrogenase, E1 component / Dehydrogenase E1 component / Transketolase-like, pyrimidine-binding domain / Transketolase, pyrimidine binding domain ...2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component, N-terminal domain / 2-oxoglutarate dehydrogenase N-terminus / Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme, C-terminal / Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme, C-terminal domain superfamily / 2-oxoglutarate dehydrogenase C-terminal / 2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component / Dehydrogenase, E1 component / Dehydrogenase E1 component / Transketolase-like, pyrimidine-binding domain / Transketolase, pyrimidine binding domain / Transketolase, pyrimidine binding domain / Thiamin diphosphate-binding fold
類似検索 - ドメイン・相同性
2-oxoglutarate dehydrogenase complex component E1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.92 Å
データ登録者Yu X / Yang W
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2022
タイトル: Structural basis for the activity and regulation of human alpha-ketoglutarate dehydrogenase revealed by Cryo-EM
著者: Zhong Y / Gao Y / Zhou D / Ma X / Chen H / Xu Y / Yang W / Yu X
履歴
登録2021年12月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年6月1日-
マップ公開2022年6月1日-
更新2024年6月26日-
現状2024年6月26日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_32485.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32485.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.845 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.143
最小 - 最大-1.5640783 - 2.3120975
平均 (標準偏差)-0.0017839812 (±0.07656639)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 216.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : 2-oxoglutarate dehydrogenase, OGDH

全体名称: 2-oxoglutarate dehydrogenase, OGDH
要素
  • 複合体: 2-oxoglutarate dehydrogenase, OGDH
    • タンパク質・ペプチド: 2-oxoglutarate dehydrogenase, mitochondrial
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: THIAMINE DIPHOSPHATE

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超分子 #1: 2-oxoglutarate dehydrogenase, OGDH

超分子名称: 2-oxoglutarate dehydrogenase, OGDH / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: 2-oxoglutarate dehydrogenase, mitochondrial

分子名称: 2-oxoglutarate dehydrogenase, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
EC番号: oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring)
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 102.006258 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: AVQSLIRAYQ IRGHHVAQLD PLGILDADLD SSVPADIISS TDKLGFYGLD ESDLDKVFHL PTTTFIGGQE SALPLREIIR RLEMAYCQH IGVEFMFIND LEQCQWIRQK FETPGIMQFT NEEKRTLLAR LVRSTRFEEF LQRKWSSEKR FGLEGCEVLI P ALKTIIDK ...文字列:
AVQSLIRAYQ IRGHHVAQLD PLGILDADLD SSVPADIISS TDKLGFYGLD ESDLDKVFHL PTTTFIGGQE SALPLREIIR RLEMAYCQH IGVEFMFIND LEQCQWIRQK FETPGIMQFT NEEKRTLLAR LVRSTRFEEF LQRKWSSEKR FGLEGCEVLI P ALKTIIDK SSENGVDYVI MGMPHRGRLN VLANVIRKEL EQIFCQFDSK LEAADEGSGD VKYHLGMYHR RINRVTDRNI TL SLVANPS HLEAADPVVM GKTKAEQFYC GDTEGKKVMS ILLHGDAAFA GQGIVYETFH LSDLPSYTTH GTVHVVVNNQ IGF TTDPRM ARSSPYPTDV ARVVNAPIFH VNSDDPEAVM YVCKVAAEWR STFHKDVVVD LVCYRRNGHN EMDEPMFTQP LMYK QIRKQ KPVLQKYAEL LVSQGVVNQP EYEEEISKYD KICEEAFARS KDEKILHIKH WLDSPWPGFF TLDGQPRSMS CPSTG LTED ILTHIGNVAS SVPVENFTIH GGLSRILKTR GEMVKNRTVD WALAEYMAFG SLLKEGIHIR LSGQDVERGT FSHRHH VLH DQNVDKRTCI PMNHLWPNQA PYTVCNSSLS EYGVLGFELG FAMASPNALV LWEAQFGDFH NTAQCIIDQF ICPGQAK WV RQNGIVLLLP HGMEGMGPEH SSARPERFLQ MCNDDPDVLP DLKEANFDIN QLYDCNWVVV NCSTPGNFFH VLRRQILL P FRKPLIIFTP KSLLRHPEAR SSFDEMLPGT HFQRVIPEDG PAAQNPENVK RLLFCTGKVY YDLTRERKAR DMVGQVAIT RIEQLSPFPF DLLLKEVQKY PNAELAWCQE EHKNQGYYDY VKPRLRTTIS RAKPVWYAGR DPAAAPATGN KKTHLTELQR LLDTAFDLD VFKNFS

UniProtKB: 2-oxoglutarate dehydrogenase complex component E1

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分子 #2: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #3: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #4: THIAMINE DIPHOSPHATE

分子名称: THIAMINE DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: TPP
分子量理論値: 425.314 Da
Chemical component information

ChemComp-TPP:
THIAMINE DIPHOSPHATE / 3-[(4-アミノ-2-メチル-5-ピリミジニル)メチル]-4-メチル-5-[2-(ホスホノオキシホスフィナトオキシ)(以下略)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.92 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 266798
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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