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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-32484 | |||||||||
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タイトル | Human NLRP1 complexed with thioredoxin | |||||||||
マップデータ | B-factor sharpened map | |||||||||
試料 |
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キーワード | NLRP1 / inflammasome / thioredoxin / IMMUNE SYSTEM | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 NLRP1 inflammasome complex assembly / cysteine-type endopeptidase activator activity / NLRP1 inflammasome complex / canonical inflammasome complex / The NLRP1 inflammasome / self proteolysis / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / pattern recognition receptor signaling pathway / pattern recognition receptor activity / cellular response to UV-B ...NLRP1 inflammasome complex assembly / cysteine-type endopeptidase activator activity / NLRP1 inflammasome complex / canonical inflammasome complex / The NLRP1 inflammasome / self proteolysis / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / pattern recognition receptor signaling pathway / pattern recognition receptor activity / cellular response to UV-B / pyroptotic inflammatory response / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / response to muramyl dipeptide / antiviral innate immune response / protein-disulfide reductase activity / signaling adaptor activity / : / molecular condensate scaffold activity / positive regulation of interleukin-1 beta production / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / protein homooligomerization / positive regulation of inflammatory response / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / double-stranded RNA binding / peptidase activity / regulation of inflammatory response / double-stranded DNA binding / regulation of apoptotic process / neuron apoptotic process / defense response to virus / defense response to bacterium / protein domain specific binding / apoptotic process / nucleolus / enzyme binding / signal transduction / ATP hydrolysis activity / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang Z / Ohto U | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2023 タイトル: Structural basis for thioredoxin-mediated suppression of NLRP1 inflammasome. 著者: Zhikuan Zhang / Takuma Shibata / Akiko Fujimura / Jiro Kitaura / Kensuke Miyake / Umeharu Ohto / Toshiyuki Shimizu / 要旨: Inflammasome sensors detect pathogen- and danger-associated molecular patterns and promote inflammation and pyroptosis. NLRP1 was the first inflammasome sensor to be described, and its ...Inflammasome sensors detect pathogen- and danger-associated molecular patterns and promote inflammation and pyroptosis. NLRP1 was the first inflammasome sensor to be described, and its hyperactivation is linked to autoinflammatory disease and cancer. However, the mechanism underlying the activation and regulation of NLRP1 has not been clearly elucidated. Here we identify ubiquitously expressed endogenous thioredoxin (TRX) as a binder of NLRP1 and a suppressor of the NLRP1 inflammasome. The cryo-electron microscopy structure of human NLRP1 shows NLRP1 bound to Spodoptera frugiperda TRX. Mutagenesis studies of NLRP1 and human TRX show that TRX in the oxidized form binds to the nucleotide-binding domain subdomain of NLRP1. This observation highlights the crucial role of redox-active cysteines of TRX in NLRP1 binding. Cellular assays reveal that TRX suppresses NLRP1 inflammasome activation and thus negatively regulates NLRP1. Our data identify the TRX system as an intrinsic checkpoint for innate immunity and provide opportunities for future therapeutic intervention in NLRP1 inflammasome activation targeting this system. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_32484.map.gz | 2.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-32484-v30.xml emd-32484.xml | 16.4 KB 16.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_32484.png | 77.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-32484.cif.gz | 6.1 KB | ||
その他 | emd_32484_additional_1.map.gz emd_32484_additional_2.map.gz | 11.9 MB 13.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32484 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32484 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_32484_validation.pdf.gz | 373.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_32484_full_validation.pdf.gz | 373.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_32484_validation.xml.gz | 5.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_32484_validation.cif.gz | 5.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32484 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32484 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7wgeMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_32484.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | B-factor sharpened map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.245 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: Unsharpened map
ファイル | emd_32484_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: DeepEMhancer sharpened map
ファイル | emd_32484_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | DeepEMhancer sharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : hNLRP1 complexed with sfTRX
全体 | 名称: hNLRP1 complexed with sfTRX |
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要素 |
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-超分子 #1: hNLRP1 complexed with sfTRX
超分子 | 名称: hNLRP1 complexed with sfTRX / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #2: hNLRP1
超分子 | 名称: hNLRP1 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
-超分子 #3: sfTRX
超分子 | 名称: sfTRX / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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-分子 #1: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 1, N-terminus
分子 | 名称: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 1, N-terminus タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 101.999953 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: SFPYSPSEPH LGSPSQPTST AVLMPWIHEL PAGCTQGSER RVLRQLPDTS GRRWREISAS LLYQALPSSP DHESPSQESP NAPTSTAVL GSWGSPPQPS LAPREQEAPG TQWPLDETSG IYYTEIRERE REKSEKGRPP WAAVVGTPPQ AHTSLQPHHH P WEPSVRES ...文字列: SFPYSPSEPH LGSPSQPTST AVLMPWIHEL PAGCTQGSER RVLRQLPDTS GRRWREISAS LLYQALPSSP DHESPSQESP NAPTSTAVL GSWGSPPQPS LAPREQEAPG TQWPLDETSG IYYTEIRERE REKSEKGRPP WAAVVGTPPQ AHTSLQPHHH P WEPSVRES LCSTWPWKNE DFNQKFTQLL LLQRPHPRSQ DPLVKRSWPD YVEENRGHLI EIRDLFGPGL DTQEPRIVIL QG AAGIGKS TLARQVKEAW GRGQLYGDRF QHVFYFSCRE LAQSKVVSLA ELIGKDGTAT PAPIRQILSR PERLLFILDG VDE PGWVLQ EPSSELCLHW SQPQPADALL GSLLGKTILP EASFLITART TALQNLIPSL EQARWVEVLG FSESSRKEYF YRYF TDERQ AIRAFRLVKS NKELWALCLV PWVSWLACTC LMQQMKRKEK LTLTSKTTTT LCLHYLAQAL QAQPLGPQLR DLCSL AAEG IWQKKTLFSP DDLRKHGLDG AIISTFLKMG ILQEHPIPLS YSFIHLCFQE FFAAMSYVLE DEKGRGKHSN CIIDLE KTL EAYGIHGLFG ASTTRFLLGL LSDEGEREME NIFHCRLSQG RNLMQWVPSL QLLLQPHSLE SLHCLYETRN KTFLTQV MA HFEEMGMCVE TDMELLVCTF CIKFSRHVKK LQLIEGRQHR STWSPTMVVL FRWVPVTDAY WQILFSVLKV TRNLKELD L SGNSLSHSAV KSLCKTLRRP RCLLETLRLA GCGLTAEDCK DLAFGLRANQ TLTELDLSFN VLTDAGAKHL CQRLRQPSC KLQRLQLVSC GLTSDCCQDL ASVLSASPSL KELDLQQNNL DDVGVRLLCE GLRHPACKLI RLGLDQTTLS DEMRQELRAL EQEKPQLLI FSRRKPSVMT P UniProtKB: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 1 |
-分子 #2: Thioredoxin
分子 | 名称: Thioredoxin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
分子量 | 理論値: 11.94489 KDa |
配列 | 文字列: MSIHIKDSDD LKNRLAEAGD KLVVIDFMAT WCGPCKMIGP KLDEMANEMS DCIVVLKVDV DECEDIATEY NINSMPTFVF VKNSKKIEE FSGANVDKLR NTIIKLK UniProtKB: Thioredoxin |
-分子 #3: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子 | 名称: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: AGS |
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分子量 | 理論値: 523.247 Da |
Chemical component information | ChemComp-AGS: |
-分子 #4: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 63.2 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE / 詳細: Ab initio reconstruction |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 72304 |
初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |