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万見
- EMDB-32401: Cryo-EM structure of N-terminal modified human vasoactive intesti... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32401
タイトルCryo-EM structure of N-terminal modified human vasoactive intestinal polypeptide receptor 2 (VIP2R) in complex with PACAP27 and Gs
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of the human vasoactive intestinal polypeptide receptor 2 in commplex with PACAP27 and G protein
    • 複合体: Vasoactive intestinal polypeptide receptor 2
      • タンパク質・ペプチド: Vasoactive intestinal polypeptide receptor 2
    • 複合体: Pituitary adenylate cyclase-activating polypeptide 27
      • タンパク質・ペプチド: Pituitary adenylate cyclase-activating polypeptide 27
    • 複合体: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short/G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • 複合体: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • 複合体: Nanobody-35
      • タンパク質・ペプチド: Nanobody-35
機能・相同性
機能・相同性情報


pituitary adenylate cyclase activating polypeptide activity / vasoactive intestinal polypeptide receptor activity / positive regulation of growth hormone secretion / positive regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / sensory perception of chemical stimulus / NGF-independant TRKA activation / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / neuropeptide hormone activity / G-protein activation / Activation of the phototransduction cascade ...pituitary adenylate cyclase activating polypeptide activity / vasoactive intestinal polypeptide receptor activity / positive regulation of growth hormone secretion / positive regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / sensory perception of chemical stimulus / NGF-independant TRKA activation / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / neuropeptide hormone activity / G-protein activation / Activation of the phototransduction cascade / Glucagon-type ligand receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / G beta:gamma signalling through CDC42 / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Ca2+ pathway / G alpha (z) signalling events / G protein-coupled peptide receptor activity / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G alpha (q) signalling events / G alpha (i) signalling events / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / Activation of G protein gated Potassium channels / G-protein activation / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through PLC beta / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Thromboxane signalling through TP receptor / Presynaptic function of Kainate receptors / G beta:gamma signalling through CDC42 / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / G alpha (12/13) signalling events / G beta:gamma signalling through BTK / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase activity / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / insulin secretion / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / Ca2+ pathway / G alpha (z) signalling events / Extra-nuclear estrogen signaling / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / peptide hormone receptor binding / photoreceptor outer segment membrane / G alpha (i) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / spectrin binding / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / peptide hormone binding / negative regulation of cell cycle / mu-type opioid receptor binding / photoreceptor outer segment / corticotropin-releasing hormone receptor 1 binding / D1 dopamine receptor binding / positive regulation of protein kinase activity / neuropeptide signaling pathway / beta-2 adrenergic receptor binding / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / cardiac muscle cell apoptotic process / activation of adenylate cyclase activity / adenylate cyclase activator activity / photoreceptor inner segment / cAMP-mediated signaling / positive regulation of GTPase activity / G protein-coupled receptor activity / female pregnancy / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / insulin-like growth factor receptor binding / ionotropic glutamate receptor binding / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Glucagon-type ligand receptors / cellular response to catecholamine stimulus / sensory perception of taste / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / cellular response to prostaglandin E stimulus / regulation of protein localization / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / neuron projection development / signaling receptor complex adaptor activity / GTPase binding / cell-cell signaling / retina development in camera-type eye / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cold-induced thermogenesis / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / cell body / cellular response to hypoxia
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 2, vasoactive intestinal peptide receptor 2 / : / GPCR, family 2, vasoactive intestinal peptide receptor / : / Glucagon/GIP/secretin/VIP / Peptide hormone / Glucagon / GIP / secretin / VIP family signature. / Glucagon like hormones / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / Hormone receptor domain ...GPCR, family 2, vasoactive intestinal peptide receptor 2 / : / GPCR, family 2, vasoactive intestinal peptide receptor / : / Glucagon/GIP/secretin/VIP / Peptide hormone / Glucagon / GIP / secretin / VIP family signature. / Glucagon like hormones / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / Hormone receptor domain / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / G-protein alpha subunit, group S / G-alpha domain profile. / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / GGL domain / G-protein gamma-like domain superfamily / G-protein gamma-like domain / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short / Pituitary adenylate cyclase-activating polypeptide / Vasoactive intestinal polypeptide receptor 2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Bos taurus (ウシ) / Rattus norvegicus (ドブネズミ) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.42 Å
データ登録者Xu YN / Feng WB / Zhou QT / Liang AY / Li J / Dai AT / Zhao FH / Yan JH / Chen CW / Li H ...Xu YN / Feng WB / Zhou QT / Liang AY / Li J / Dai AT / Zhao FH / Yan JH / Chen CW / Li H / Zhao LH / Xia T / Jiang Y / Xu HE / Yang DH / Wang MW
資金援助 中国, 5件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81872915 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82073904 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81773792 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81973373 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21704064 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: A distinctive ligand recognition mechanism by the human vasoactive intestinal polypeptide receptor 2.
著者: Yingna Xu / Wenbo Feng / Qingtong Zhou / Anyi Liang / Jie Li / Antao Dai / Fenghui Zhao / Jiahui Yan / Chuan-Wei Chen / Hao Li / Li-Hua Zhao / Tian Xia / Yi Jiang / H Eric Xu / Dehua Yang / Ming-Wei Wang /
要旨: Class B1 of G protein-coupled receptors (GPCRs) comprises 15 members activated by physiologically important peptide hormones. Among them, vasoactive intestinal polypeptide receptor 2 (VIP2R) is ...Class B1 of G protein-coupled receptors (GPCRs) comprises 15 members activated by physiologically important peptide hormones. Among them, vasoactive intestinal polypeptide receptor 2 (VIP2R) is expressed in the central and peripheral nervous systems and involved in a number of pathophysiological conditions, including pulmonary arterial hypertension, autoimmune and psychiatric disorders, in which it is thus a valuable drug target. Here, we report the cryo-electron microscopy structure of the human VIP2R bound to its endogenous ligand PACAP27 and the stimulatory G protein. Different from all reported peptide-bound class B1 GPCR structures, the N-terminal α-helix of VIP2R adopts a unique conformation that deeply inserts into a cleft between PACAP27 and the extracellular loop 1, thereby stabilizing the peptide-receptor interface. Its truncation or extension significantly decreased VIP2R-mediated cAMP accumulation. Our results provide additional information on peptide recognition and receptor activation among class B1 GPCRs and may facilitate the design of better therapeutics.
履歴
登録2021年12月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年5月18日-
マップ公開2022年5月18日-
更新2022年5月18日-
現状2022年5月18日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_32401.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32401.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.071 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.43
最小 - 最大-3.0948741 - 4.5487823
平均 (標準偏差)-0.001801601 (±0.064022236)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 308.448 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of the human vasoactive intestinal polypeptide ...

全体名称: Cryo-EM structure of the human vasoactive intestinal polypeptide receptor 2 in commplex with PACAP27 and G protein
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of the human vasoactive intestinal polypeptide receptor 2 in commplex with PACAP27 and G protein
    • 複合体: Vasoactive intestinal polypeptide receptor 2
      • タンパク質・ペプチド: Vasoactive intestinal polypeptide receptor 2
    • 複合体: Pituitary adenylate cyclase-activating polypeptide 27
      • タンパク質・ペプチド: Pituitary adenylate cyclase-activating polypeptide 27
    • 複合体: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short/G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • 複合体: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • 複合体: Nanobody-35
      • タンパク質・ペプチド: Nanobody-35

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超分子 #1: Cryo-EM structure of the human vasoactive intestinal polypeptide ...

超分子名称: Cryo-EM structure of the human vasoactive intestinal polypeptide receptor 2 in commplex with PACAP27 and G protein
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #2: Vasoactive intestinal polypeptide receptor 2

超分子名称: Vasoactive intestinal polypeptide receptor 2 / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1

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超分子 #3: Pituitary adenylate cyclase-activating polypeptide 27

超分子名称: Pituitary adenylate cyclase-activating polypeptide 27
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)

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超分子 #4: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms sh...

超分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short/G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3, #5
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

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超分子 #5: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

超分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 5 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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超分子 #6: Nanobody-35

超分子名称: Nanobody-35 / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 6 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #6

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分子 #1: Vasoactive intestinal polypeptide receptor 2

分子名称: Vasoactive intestinal polypeptide receptor 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 49.172656 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: DYKDDDDVDH HHHHHHHECR FHLEIQEEET KCAELLRSQT EKHKACSGVW DNITCWRPAN VGETVTVPCP KVFSNFYSKA GNISKNCTS DGWSETFPDF VDACGYSDPE DESKITFYIL VKAIYTLGYS VSLMSLATGS IILCLFRKLH CTRNYIHLNL F LSFILRAI ...文字列:
DYKDDDDVDH HHHHHHHECR FHLEIQEEET KCAELLRSQT EKHKACSGVW DNITCWRPAN VGETVTVPCP KVFSNFYSKA GNISKNCTS DGWSETFPDF VDACGYSDPE DESKITFYIL VKAIYTLGYS VSLMSLATGS IILCLFRKLH CTRNYIHLNL F LSFILRAI SVLVKDDVLY SSSGTLHCPD QPSSWVGCKL SLVFLQYCIM ANFFWLLVEG LYLHTLLVAM LPPRRCFLAY LL IGWGLPT VCIGAWTAAR LYLEDTGCWD TNDHSVPWWV IRIPILISII VNFVLFISII RILLQKLTSP DVGGNDQSQY KRL AKSTLL LIPLFGVHYM VFAVFPISIS SKYQILFELC LGSFQGLVVA VLYCFLNSEV QCELKRKWRS RCPTPSASRD YRVC GSSFS RNGSEGALQF HRGSRAQSFL QTETSVI

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分子 #2: Pituitary adenylate cyclase-activating polypeptide 27

分子名称: Pituitary adenylate cyclase-activating polypeptide 27
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 3.154642 KDa
配列文字列:
HSDGIFTDSY SRYRKQMAVK KYLAAVL

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分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 45.743441 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGCLGNSKTE DQRNEEKAQR EANKKIEKQL QKDKQVYRAT HRLLLLGAGE SGKNTIVKQM RILHVNGFNG EGGEEDPQAA RSNSDGEKA TKVQDIKNNL KEAIETIVAA MSNLVPPVEL ANPENQFRVD YILSVMNVPD FDFPPEFYEH AKALWEDEGV R ACYERSNE ...文字列:
MGCLGNSKTE DQRNEEKAQR EANKKIEKQL QKDKQVYRAT HRLLLLGAGE SGKNTIVKQM RILHVNGFNG EGGEEDPQAA RSNSDGEKA TKVQDIKNNL KEAIETIVAA MSNLVPPVEL ANPENQFRVD YILSVMNVPD FDFPPEFYEH AKALWEDEGV R ACYERSNE YQLIDCAQYF LDKIDVIKQD DYVPSDQDLL RCRVLTSGIF ETKFQVDKVN FHMFDVGAQR DERRKWIQCF ND VTAIIFV VASSSYNMVI REDNQTNRLQ AALKLFDSIW NNKWLRDTSV ILFLNKQDLL AEKVLAGKSK IEDYFPEFAR YTT PEDATP EPGEDPRVTR AKYFIRDEFL RISTASGDGR HYCYPHFTCS VDTENIRRVF NDCRDIIQRM HLRQYELL

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分子 #4: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 43.70675 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MHHHHHHSSG LVPRGSHMAS HHHHHHHHHH GSLLQSELDQ LRQEAEQLKN QIRDARKACA DATLSQITNN IDPVGRIQMR TRRTLRGHL AKIYAMHWGT DSRLLVSASQ DGKLIIWDSY TTNKVHAIPL RSSWVMTCAY APSGNYVACG GLDNICSIYN L KTREGNVR ...文字列:
MHHHHHHSSG LVPRGSHMAS HHHHHHHHHH GSLLQSELDQ LRQEAEQLKN QIRDARKACA DATLSQITNN IDPVGRIQMR TRRTLRGHL AKIYAMHWGT DSRLLVSASQ DGKLIIWDSY TTNKVHAIPL RSSWVMTCAY APSGNYVACG GLDNICSIYN L KTREGNVR VSRELAGHTG YLSCCRFLDD NQIVTSSGDT TCALWDIETG QQTTTFTGHT GDVMSLSLAP DTRLFVSGAC DA SAKLWDV REGMCRQTFT GHESDINAIC FFPNGNAFAT GSDDATCRLF DLRADQELMT YSHDNIICGI TSVSFSKSGR LLL AGYDDF NCNVWDALKA DRAGVLAGHD NRVSCLGVTD DGMAVATGSW DSFLKIWNGS SGGGGSGGGG SSGVSGWRLF KKIS

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分子 #5: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 7.861143 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L

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分子 #6: Nanobody-35

分子名称: Nanobody-35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 15.343019 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MAQVQLQESG GGLVQPGGSL RLSCAASGFT FSNYKMNWVR QAPGKGLEWV SDISQSGASI SYTGSVKGRF TISRDNAKNT LYLQMNSLK PEDTAVYYCA RCPAPFTRDC FDVTSTTYAY RGQGTQVTVS SHHHHHHEPE A

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 80.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: OTHER
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

2x57

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.42 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / 使用した粒子像数: 770771
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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