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万見
- EMDB-32261: huamn bile salt exporter ABCB11 with N-terminal truncated -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32261
タイトルhuamn bile salt exporter ABCB11 with N-terminal truncated
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: ABCB11
    • タンパク質・ペプチド: Human ABCB11
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Wang L
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China) 中国
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM structure of human bile salts exporter ABCB11.
著者: Liang Wang / Wen-Tao Hou / Li Chen / Yong-Liang Jiang / Da Xu / Linfeng Sun / Cong-Zhao Zhou / Yuxing Chen /
履歴
登録2021年11月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月30日-
マップ公開2022年11月30日-
更新2022年11月30日-
現状2022年11月30日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_32261.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32261.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 273.92 Å		1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 273.92 Å		1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 273.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-1.0762985 - 1.7533152
平均 (標準偏差)0.00027530876 (±0.03637838)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 273.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : ABCB11

全体名称: ABCB11
要素
  • 細胞器官・細胞要素: ABCB11
    • タンパク質・ペプチド: Human ABCB11

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超分子 #1: ABCB11

超分子名称: ABCB11 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Human ABCB11

分子名称: Human ABCB11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: VGFFQLFRFS SSTDIWLMFV GSLCAF LHG IAQPGVLLIF GTMTDVFIDY DVELQELQIP GKACVNNTIV WTNSSLNQNM TNGTRCGLLN IESEMIKFAS YYAGIAVAVL ITGYIQICFW VIAAARQIQK MRKFYFRRIM RMEIGWFDCN SVGELNTRFS DDINKINDAI ...文字列:
VGFFQLFRFS SSTDIWLMFV GSLCAF LHG IAQPGVLLIF GTMTDVFIDY DVELQELQIP GKACVNNTIV WTNSSLNQNM TNGTRCGLLN IESEMIKFAS YYAGIAVAVL ITGYIQICFW VIAAARQIQK MRKFYFRRIM RMEIGWFDCN SVGELNTRFS DDINKINDAI ADQMALFIQR MTSTICGFLL GFFRGWKLTL VIISVSPLIG IGAATIGLSV SKFTDYELKA YAKAGVVADE VISSMRTVAA FGGEKREVER YEKNLVFAQR WGIRKGIVMG FFTGFVWCLI FLCYALAFWY GSTLVLDEGE YTPGTLVQIF LSVIVGALNL GNASPCLEAF ATGRAAATSI FETIDRKPII DCMSEDGYKL DRIKGEIEFH NVTFHYPSRP EVKILNDLNM VIKPGEMTAL VGPSGAGKST ALQLIQRFYD PCEGMVTVDG HDIRSLNIQW LRDQIGIVEQ EPVLFSTTIA ENIRYGREDA TMEDIVQAAK EANAYNFIMD LPQQFDTLVG EGGGQMSGGQ KQRVAIARAL IRNPKILLLD MATSALDNES EAMVQEVLSK IQHGHTIISV AHRLSTVRAA DTIIGFEHGT AVERGTHEEL LERKGVYFTL VTLQSQGNQA LNEEDIKDAT EDDMLARTFS RGSYQDSLRA SIRQRSKSQL SYLVHEPPLA VVDHKSTYEE DRKDKDIPVQ EEVEPAPVRR ILKFSAPEWP YMLVGSVGAA VNGTVTPLYA FLFSQILGTF SIPDKEEQRS QINGVCLLFV AMGCVSLFTQ FLQGYAFAKS GELLTKRLRK FGFRAMLGQD IAWFDDLRNS PGALTTRLAT DASQVQGAAG SQIGMIVNSF TNVTVAMIIA FSFSWKLSLV ILCFFPFLAL SGATQTRMLT GFASRDKQAL EMVGQITNEA LSNIRTVAGI GKERRFIEAL ETELEKPFKT AIQKANIYGF CFAFAQCIMF IANSASYRYG GYLISNEGLH FSYVFRVISA VVLSATALGR AFSYTPSYAK AKISAARFFQ LLDRQPPISV YNTAGEKWDN FQGKIDFVDC KFTYPSRPDS QVLNGLSVSI SPGQTLAFVG SSGCGKSTSI QLLERFYDPD QGKVMIDGHD SKKVNVQFLR SNIGIVSQEP VLFACSIMDN IKYGDNTKEI PMERVIAAAK QAQLHDFVMS LPEKYETNVG SQGSQLSRGE KQRIAIARAI VRDPKILLLD EATSALDTES EKTVQVALDK AREGRTCIVI AHRLSTIQNA DIIAVMAQGV VIEKGTHEEL MAQKGAYYKL VTTGSPIS

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: DIFFRACTION
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 122754
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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