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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3204 | |||||||||
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タイトル | Structures of E.coli lysine decarboxylases | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of active induced Lysine decarboxylase from E.coli | |||||||||
試料 |
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キーワード | acid-stress / lysine decarboxylase / RavA / cage | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 lysine decarboxylase / lysine catabolic process / lysine decarboxylase activity / guanosine tetraphosphate binding / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli K-12 (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Kandiah E / Carriel D / Perard J / Malet H / Bacia M / Liu K / Chan WSS / Houry AW / Ollagnier de Choudens S / Elsen S / Gutsche I | |||||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2014 タイトル: Assembly principles of a unique cage formed by hexameric and decameric E. coli proteins. 著者: Hélène Malet / Kaiyin Liu / Majida El Bakkouri / Sze Wah Samuel Chan / Gregory Effantin / Maria Bacia / Walid A Houry / Irina Gutsche / 要旨: A 3.3 MDa macromolecular cage between two Escherichia coli proteins with seemingly incompatible symmetries-the hexameric AAA+ ATPase RavA and the decameric inducible lysine decarboxylase LdcI-is ...A 3.3 MDa macromolecular cage between two Escherichia coli proteins with seemingly incompatible symmetries-the hexameric AAA+ ATPase RavA and the decameric inducible lysine decarboxylase LdcI-is reconstructed by cryo-electron microscopy to 11 Å resolution. Combined with a 7.5 Å resolution reconstruction of the minimal complex between LdcI and the LdcI-binding domain of RavA, and the previously solved crystal structures of the individual components, this work enables to build a reliable pseudoatomic model of this unusual architecture and to identify conformational rearrangements and specific elements essential for complex formation. The design of the cage created via lateral interactions between five RavA rings is unique for the diverse AAA+ ATPase superfamily. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3204.map.gz | 60 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3204-v30.xml emd-3204.xml | 11.5 KB 11.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_3402.png | 277.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3204 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3204 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3204_validation.pdf.gz | 250.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_3204_full_validation.pdf.gz | 249.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3204_validation.xml.gz | 6.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3204 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3204 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3204.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 62.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of active induced Lysine decarboxylase from E.coli | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.186 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : E.coli Induced Lysine Decarboxylase at active pH
全体 | 名称: E.coli Induced Lysine Decarboxylase at active pH |
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要素 |
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-超分子 #1000: E.coli Induced Lysine Decarboxylase at active pH
超分子 | 名称: E.coli Induced Lysine Decarboxylase at active pH / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Homodecamer / Number unique components: 1 |
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分子量 | 実験値: 81.2 KDa / 理論値: 81.2 KDa / 手法: Size exclusion |
-分子 #1: Inducible Lysine decarboxylase
分子 | 名称: Inducible Lysine decarboxylase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: LdcI / コピー数: 10 / 集合状態: Homodecamer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 別称: E.coli |
分子量 | 実験値: 81.2 KDa / 理論値: 81.2 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: MG1655 |
配列 | UniProtKB: Inducible lysine decarboxylase / GO: lysine catabolic process / InterPro: Ornithine/lysine/arginine decarboxylase |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 6.2 詳細: 25 mM MES, 100 mM NaCl, 0.2 mM PLP, 1 mM DTT, pH 6.2 |
グリッド | 詳細: glow-discharged quantifoil grids 300 mesh 2/1 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 91 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 手法: Blot for 2.5 seconds before plunging |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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温度 | 最低: 90 K / 最高: 92 K / 平均: 91 K |
アライメント法 | Legacy - Electron beam tilt params: 0 |
日付 | 2014年6月2日 |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 134 / 平均電子線量: 25 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8 |
Tilt angle min | 0 |
Tilt angle max | 0 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 59000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.9 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm / 倍率(公称値): 59000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Nitrogen cooled / 試料ホルダーモデル: GATAN HELIUM |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | Reconstruction was done using RELION v1.3 with full CTF correction after first peak. |
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CTF補正 | 詳細: each particle; full CTF correction after first peak |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: D5 (2回x5回 2面回転対称) アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.1 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 44207 |