+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31964 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of Arabidopsis DCL3 in complex with a 30-bp RNA | |||||||||
![]() | ||||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | DCL3 / RNA / RdDM / Dicer / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() ribonuclease III activity / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / RNA processing / RNA binding / ATP binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.73 Å | |||||||||
![]() | Wang Q / Du J | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Mechanism of siRNA production by a plant Dicer-RNA complex in dicing-competent conformation. 著者: Qian Wang / Yan Xue / Laixing Zhang / Zhenhui Zhong / Suhua Feng / Changshi Wang / Lifan Xiao / Zhenlin Yang / C Jake Harris / Zhe Wu / Jixian Zhai / Maojun Yang / Sisi Li / Steven E Jacobsen / Jiamu Du / ![]() ![]() ![]() 要旨: In eukaryotes, small RNAs (sRNAs) play critical roles in multiple biological processes. Dicer endonucleases are a central part of sRNA biogenesis. In plants, DICER-LIKE PROTEIN 3 (DCL3) produces 24- ...In eukaryotes, small RNAs (sRNAs) play critical roles in multiple biological processes. Dicer endonucleases are a central part of sRNA biogenesis. In plants, DICER-LIKE PROTEIN 3 (DCL3) produces 24-nucleotide (nt) small interfering RNAs (siRNAs) that determine the specificity of the RNA-directed DNA methylation pathway. Here, we determined the structure of a DCL3–pre-siRNA complex in an active dicing-competent state. The 5′-phosphorylated A1 of the guide strand and the 1-nt 3′ overhang of the complementary strand are specifically recognized by a positively charged pocket and an aromatic cap, respectively. The 24-nt siRNA length dependence relies on the separation between the 5′-phosphorylated end of the guide RNA and dual cleavage sites formed by the paired ribonuclease III domains. These structural studies, complemented by functional data, provide insight into the dicing principle for Dicers in general. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
ムービー |
![]() |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 5.2 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 15.7 KB 15.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 168.3 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 407.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 407 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 6.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.84 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-
試料の構成要素
-全体 : DCL3 in complex with a 30-bp RNA
全体 | 名称: DCL3 in complex with a 30-bp RNA |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: DCL3 in complex with a 30-bp RNA
超分子 | 名称: DCL3 in complex with a 30-bp RNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
---|---|
分子量 | 理論値: 200 KDa |
-超分子 #2: DCL3
超分子 | 名称: DCL3 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-超分子 #3: RNA
超分子 | 名称: RNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3 |
---|
-分子 #1: Dicer-like 3
分子 | 名称: Dicer-like 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 182.176766 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MWSHPQFEKG GGARGGSGGG SWSHPQFEKG FDYKDDDDKG SGSENLYFQG SMHSSLEPEK MEEGGGSNSL KRKFSEIDGD QNLDSVSSP MMTDSNGSYE LKVYEVAKNR NIIAVLGTGI DKSEITKRLI KAMGSSDTDK RLIIFLAPTV NLVKQQCCEI R ALVNLKVE ...文字列: MWSHPQFEKG GGARGGSGGG SWSHPQFEKG FDYKDDDDKG SGSENLYFQG SMHSSLEPEK MEEGGGSNSL KRKFSEIDGD QNLDSVSSP MMTDSNGSYE LKVYEVAKNR NIIAVLGTGI DKSEITKRLI KAMGSSDTDK RLIIFLAPTV NLVKQQCCEI R ALVNLKVE EYFGAKGVDK WTSQRWDEEF SKHDVLVMTP QILLDVLRSA FLKLEMVCLL IIDECHHTTG NHPYAKLMKE FY HESTSKP KIFGLTASAV IRKAQVSELE RLMDSKIFNP EEREGVEKFA TTVKEGPILY NPSPSCSLEL KEKLETSHLK FDA SLRRLQ ELGKDSFLNM DNKFETYQKR LSIDYREILH CLDNLGLICA HLAAEVCLEK ISDTKEESET YKECSMVCKE FLED ILSTI GVYLPQDDKS LVDLQQNHLS AVISGHVSPK LKELFHLLDS FRGDKQKQCL ILVERIITAK VIERFVKKEA SLAYL NVLY LTENNPSTNV SAQKMQIEIP DLFQHGKVNL LFITDVVEEG FQVPDCSCMV CFDLPKTMCS YSQSQKHAKQ SNSKSI MFL ERGNPKQRDH LHDLMRREVL IQDPEAPNLK SCPPPVKNGH GVKEIGSMVI PDSNITVSEE AASTQTMSDP PSRNEQL PP CKKLRLDNNL LQSNGKEKVA SSKSKSSSSA AGSKKRKELH GTTCANALSG TWGENIDGAT FQAYKFDFCC NISGEVYS S FSLLLESTLA EDVGKVEMDL YLVRKLVKAS VSPCGQIRLS QEELVKAKYF QQFFFNGMFG KLFVGSKSQG TKREFLLQT DTSSLWHPAF MFLLLPVETN DLASSATIDW SAINSCASIV EFLKKNSLLD LRDSDGNQCN TSSGQEVLLD DKMEETNLIH FANASSDKN SLEELVVIAI HTGRIYSIVE AVSDSSAMSP FEVDASSGYA TYAEYFNKKY GIVLAHPNQP LMKLKQSHHA H NLLVDFNE EMVVKTEPKA GNVRKRKPNI HAHLPPELLA RIDVPRAVLK SIYLLPSVMH RLESLMLASQ LREEIDCSID NF SISSTSI LEAVTTLTCP ESFSMERLEL LGDSVLKYVA SCHLFLKYPD KDEGQLSRQR QSIISNSNLH RLTTSRKLQG YIR NGAFEP RRWTAPGQFS LFPVPCKCGI DTREVPLDPK FFTENMTIKI GKSCDMGHRW VVSKSVSDCA EALIGAYYVS GGLS ASLHM MKWLGIDVDF DPNLVVEAIN RVSLRCYIPK EDELIELERK IQHEFSAKFL LKEAITHSSL RESYSYERLE FLGDS VLDF LITRHLFNTY EQTGPGEMTD LRSACVNNEN FAQVAVKNNL HTHLQRCATV LETQINDYLM SFQKPDETGR SIPSIQ GPK ALGDVVESIA GALLIDTRLD LDQVWRVFEP LLSPLVTPDK LQLPPYRELN ELCDSLGYFF RVKCSNDGVK AQATIQL QL DDVLLTGDGS EQTNKLALGK AASHLLTQLE KRNISRKTSL GDNQSSMDVN LACNHSDRET LTSETTEIQS IVIPFIGP I NMKKGGPRGT LHEFCKKHLW PMPTFDTSEE KSRTPFEFID GGEKRTSFSS FTSTITLRIP NREAVMYAGE ARPDKKSSF DSAVVELLYE LERRKIVIIQ K UniProtKB: Dicer-like 3 |
-分子 #2: TAS1a RNA forward strand (5'-phosphorylated)
分子 | 名称: TAS1a RNA forward strand (5'-phosphorylated) / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 9.558729 KDa |
配列 | 文字列: UACAAGCGAA UGAGUCAUUC AUCCUAAGUC |
-分子 #3: TAS1a RNA reverse strand
分子 | 名称: TAS1a RNA reverse strand / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 10.267107 KDa |
配列 | 文字列: GACUUAGGAU GAAUGACUCA UUCGCUUGUA GA |
-分子 #4: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: CA |
---|---|
分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-分子 #5: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: ZN |
---|---|
分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
濃度 | 1.8 mg/mL | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
緩衝液 | pH: 8 構成要素:
| |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-
画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
---|---|
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.73 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 155929 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION |
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: AB INITIO MODEL |
---|---|
得られたモデル | ![]() PDB-7vg3: |