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- EMDB-31948: Cryo-EM structure of Pseudomonas aeruginosa RNAP sigmaS holoenzym... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31948
タイトルCryo-EM structure of Pseudomonas aeruginosa RNAP sigmaS holoenzyme complexes
マップデータ
試料
  • 複合体: Pseudomonas aeruginosa RNAP sigmaS holoenzyme complexes
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase sigma factor RpoS
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードPseudomonas aeruginosa / RNA polymerase / sigmaS / RNAP beta lobe / closed beta lobe / holoenzyme / transcription
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of response to salt stress / negative regulation of secondary metabolite biosynthetic process / positive regulation of single-species biofilm formation on inanimate substrate / regulation of cellular response to oxidative stress / positive regulation of chemotaxis / regulation of cell motility / sigma factor activity / regulation of cellular response to heat / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation ...regulation of response to salt stress / negative regulation of secondary metabolite biosynthetic process / positive regulation of single-species biofilm formation on inanimate substrate / regulation of cellular response to oxidative stress / positive regulation of chemotaxis / regulation of cell motility / sigma factor activity / regulation of cellular response to heat / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase sigma factor RpoS / Sigma-70 factors family signature 1. / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 ...RNA polymerase sigma factor RpoS / Sigma-70 factors family signature 1. / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNA polymerase sigma factor RpoS / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.04 Å
データ登録者He DW / You LL / Zhang Y
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31670067 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31822001 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Pseudomonas aeruginosa SutA wedges RNAP lobe domain open to facilitate promoter DNA unwinding.
著者: Dingwei He / Linlin You / Xiaoxian Wu / Jing Shi / Aijia Wen / Zhi Yan / Wenhui Mu / Chengli Fang / Yu Feng / Yu Zhang /
要旨: Pseudomonas aeruginosa (Pae) SutA adapts bacteria to hypoxia and nutrition-limited environment during chronic infection by increasing transcription activity of an RNA polymerase (RNAP) holoenzyme ...Pseudomonas aeruginosa (Pae) SutA adapts bacteria to hypoxia and nutrition-limited environment during chronic infection by increasing transcription activity of an RNA polymerase (RNAP) holoenzyme comprising the stress-responsive σ factor σ (RNAP-σ). SutA shows no homology to previously characterized RNAP-binding proteins. The structure and mode of action of SutA remain unclear. Here we determined cryo-EM structures of Pae RNAP-σ holoenzyme, Pae RNAP-σ holoenzyme complexed with SutA, and Pae RNAP-σ transcription initiation complex comprising SutA. The structures show SutA pinches RNAP-β protrusion and facilitates promoter unwinding by wedging RNAP-β lobe open. Our results demonstrate that SutA clears an energetic barrier to facilitate promoter unwinding of RNAP-σ holoenzyme.
履歴
登録2021年9月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年7月27日-
マップ公開2022年7月27日-
更新2024年6月19日-
現状2024年6月19日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_31948.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31948.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.31 Å/pix.
x 220 pix.
= 287.54 Å		1.31 Å/pix.
x 220 pix.
= 287.54 Å		1.31 Å/pix.
x 220 pix.
= 287.54 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.307 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.023
最小 - 最大-0.109993145 - 0.15512654
平均 (標準偏差)0.00034190874 (±0.0044424697)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ220220220
Spacing220220220
セルA=B=C: 287.54 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_31948_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Pseudomonas aeruginosa RNAP sigmaS holoenzyme complexes

全体名称: Pseudomonas aeruginosa RNAP sigmaS holoenzyme complexes
要素
  • 複合体: Pseudomonas aeruginosa RNAP sigmaS holoenzyme complexes
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase sigma factor RpoS
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Pseudomonas aeruginosa RNAP sigmaS holoenzyme complexes

超分子名称: Pseudomonas aeruginosa RNAP sigmaS holoenzyme complexes
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
分子量理論値: 432 KDa

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分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
分子量理論値: 38.264258 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MGHHHHHHHH HHMQSSVNEF LTPRHIDVQV VSQTRAKITL EPLERGFGHT LGNALRRILL SSMPGCAVVE AEIDGVLHEY SAIEGVQED VIEILLNLKG LAIKLHGRDE VTLTLAKKGS GVVTAADIQL DHDVEIINGD HVIANLADNG ALNMKLKVAR G RGYEPADA ...文字列:
MGHHHHHHHH HHMQSSVNEF LTPRHIDVQV VSQTRAKITL EPLERGFGHT LGNALRRILL SSMPGCAVVE AEIDGVLHEY SAIEGVQED VIEILLNLKG LAIKLHGRDE VTLTLAKKGS GVVTAADIQL DHDVEIINGD HVIANLADNG ALNMKLKVAR G RGYEPADA RQSDEDESRS IGRLQLDASF SPVRRVSYVV ENARVEQRTN LDKLVLDLET NGTLDPEEAI RRAATILQQQ LA AFVDLKG DSEPVVEEQE DEIDPILLRP VDDLELTVRS ANCLKAENIY YIGDLIQRTE VELLKTPNLG KKSLTEIKDV LAS RGLSLG MRLDNWPPAS LKKDDKATA

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

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分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
分子量理論値: 151.225297 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MGMAYSYTEK KRIRKDFSKL PDVMDVPYLL AIQLDSYREF LQAGATKEQF RDVGLHAAFK SVFPIISYSG NAALEYVGYR LGEPAFDVK ECVLRGVTFA VPLRVKVRLI IFDRESSNKA IKDIKEQEVY MGEIPLMTEN GTFIINGTER VIVSQLHRSP G VFFDHDRG ...文字列:
MGMAYSYTEK KRIRKDFSKL PDVMDVPYLL AIQLDSYREF LQAGATKEQF RDVGLHAAFK SVFPIISYSG NAALEYVGYR LGEPAFDVK ECVLRGVTFA VPLRVKVRLI IFDRESSNKA IKDIKEQEVY MGEIPLMTEN GTFIINGTER VIVSQLHRSP G VFFDHDRG KTHSSGKLLY SARIIPYRGS WLDFEFDPKD CVFVRIDRRR KLPASVLLRA LGYSTEEILN AFYATNVFHI KG ETLNLEL VPQRLRGEVA SIDIKDGSGK VIVEQGRRIT ARHINQLEKA GVSQLEVPFD YLIGRTIAKA IVHPATGEII AEC NTELTL DLLAKVAKAQ VVRIETLYTN DIDCGPFISD TLKIDNTSNQ LEALVEIYRM MRPGEPPTKE AAETLFGNLF FSAE RYDLS AVGRMKFNRR IGRTEIEGPG VLSKEDIIDV LKTLVDIRNG KGIVDDIDHL GNRRVRCVGE MAENQFRVGL VRVER AVKE RLSMAESEGL MPQDLINAKP VAAAIKEFFG SSQLSQFMDQ NNPLSEITHK RRVSALGPGG LTRERAGFEV RDVHPT HYG RVCPIETPEG PNIGLINSLA TYARTNKYGF LESPYRVVKD SLVTDEIVFL SAIEEADHVI AQASATLNEK GQLVDEL VA VRHLNEFTVK APEDVTLMDV SPKQVVSVAA SLIPFLEHDD ANRALMGSNM QRQAVPTLRA DKPLVGTGME RNVARDSG V CVVARRGGVI DSVDASRVVV RVADDEVETG EAGVDIYNLT KYTRSNQNTC INQRPLVSKG DVVARGDILA DGPSTDMGE LALGQNMRVA FMPWNGFNFE DSICLSERVV QEDRFTTIHI QELTCVARDT KLGPEEITAD IPNVGEAALN KLDEAGIVYV GAEVQAGDI LVGKVTPKGE TQLTPEEKLL RAIFGEKASD VKDTSLRVPT GTKGTVIDVQ VFTRDGVERD SRALSIEKMQ L DQIRKDLN EEFRIVEGAT FERLRAALVG AKAEGGPALK KGTEITDDYL DGLERGQWFK LRMADDALNE QLEKAQAYIS DR RQLLDDK FEDKKRKLQQ GDDLAPGVLK IVKVYLAIKR RIQPGDKMAG RHGNKGVVSV IMPVEDMPHD ANGTPVDIVL NPL GVPSRM NVGQILETHL GLAAKGLGEK INRMLEEQRK VAELRKFLHE IYNEIGGREE NLDELGDNEI LALAKNLRGG VPMA TPVFD GAKEREIKAM LKLADLPESG QMRLFDGRTG NQFERPTTVG YMYMLKLNHL VDDKMHARST GSYSLVTQQP LGGKA QFGG QRFGEMEVWA LEAYGAAYTL QEMLTVKSDD VNGRTKMYKN IVDGDHRMEA GMPESFNVLI KEIRSLGIDI ELETE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

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分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
分子量理論値: 156.038516 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MLKDLLNLLK NQGQIEEFDA IRIGLASPEM IRSWSFGEVK KPETINYRTF KPERDGLFCA KIFGPVKDYE CLCGKYKRLK HRGVICEKC GVEVALAKVR RERMGHIELA SPVAHIWFLK SLPSRIGLLL DMTLRDIERV LYFESYVVID PGMTTLEKGQ L LNDEQYFE ...文字列:
MLKDLLNLLK NQGQIEEFDA IRIGLASPEM IRSWSFGEVK KPETINYRTF KPERDGLFCA KIFGPVKDYE CLCGKYKRLK HRGVICEKC GVEVALAKVR RERMGHIELA SPVAHIWFLK SLPSRIGLLL DMTLRDIERV LYFESYVVID PGMTTLEKGQ L LNDEQYFE ALEEFGDDFD ARMGAEAVHE LLNAIDLEHE IGRLREEIPQ TNSETKIKKL SKRLKLMEAF QGSGNKPEWM VL TVLPVLP PDLRPLVPLD GGRFATSDLN DLYRRVINRN NRLKRLLDLA APDIIVRNEK RMLQEAVDAL LDNGRRGRAI TGS NKRPLK SLADMIKGKQ GRFRQNLLGK RVDYSGRSVI TVGPTLRLHQ CGLPKKMALE LFKPFIFGKL EGRGMATTIK AAKK MVERE LPEVWDVLAE VIREHPVLLN RAPTLHRLGI QAFEPVLIEG KAIQLHPLVC AAYNADFDGD QMAVHVPLTL EAQLE ARAL MMSTNNILSP ANGEPIIVPS QDVVMGLYYM TREAINAKGE GMAFADLQEV DRAYRSGQAS LHARVKVRIN EKIKGE DGQ LTANTRIVDT TVGRALLFQV VPAGLPFDVV NQSMKKKAIS KLINHCYRVV GLKDTVIFAD QLMYTGFAYS TISGVSI GV NDFVIPDEKA RIINAATDEV KEIESQYASG LVTQGEKYNK VIDLWSKAND EVSKAMMANL SKEKVVDREG KEVDQESF N SMYMMADSGA RGSAAQIRQL AGMRGLMAKP DGSIIETPIT ANFREGLNVL QYFISTHGAR KGLADTALKT ANSGYLTRR LVDVAQDLVV TEIDCGTEHG LLMSPHIEGG DVVEPLGERV LGRVIARDVF KPGSDEVIVP AGTLIDEKWV DFLEVMSVDE VVVRSPITC ETRHGICAMC YGRDLARGHR VNIGEAVGVI AAQSIGEPGT QLTMRTFHIG GAASRTSAAD NVQVKNGGTI R LHNLKHVV RADGALVAVS RSGELAVADD FGRERERYKL PYGAVISVKE GDKVDPGAIV AKWDPHTHPI VTEVDGTVAF VG MEEGITV KRQTDELTGL TNIEVMDPKD RPAAGKDIRP AVKLIDAAGK DLLLPGTDVP AQYFLPANAL VNLTDGAKVS IGD VVARIP QETSKTRDIT GGLPRVADLF EARRPKEPSI LAEISGTISF GKETKGKRRL VITPNDGSDP YEELIPKWRH LNVF EGEQV NRGEVISDGP SNPHDILRLL GVSSLAKYIV NEIQDVYRLQ GVKINDKHIE TILRQMLRKV EVSESGDSSF IKGDQ VELT QVLEENEQLG TEDKFPAKYE RVLLGITKAS LSTESFISAA SFQETTRVLT EAAVTGKRDF LRGLKENVVV GRLIPA GTG LAYHSERKRQ RDLGKPQRVS ASEAEAALTE ALNSSGNGSG SWSHPQFEK

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

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分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit omega / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
分子量理論値: 9.783876 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MARVTVEDCL DNVDNRFELV MLATKRARQL ATGGKEPKVA WENDKPTVVA LREIASGLVD ENVVQQEDIV EDEPLFAAFD DEANTEAL

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

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分子 #5: RNA polymerase sigma factor RpoS

分子名称: RNA polymerase sigma factor RpoS / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
分子量理論値: 38.606742 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: GAMGMALKKE GPEFDHDDEV LLLEPGIMLD ESSADEQPSP RATPKATTSF SSKQHKHIDY TRALDATQLY LNEIGFSPLL TPEEEVHFA RLAQKGDPAG RKRMIESNLR LVVKIARRYV NRGLSLLDLI EEGNLGLIRA VEKFDPERGF RFSTYATWWI R QTIERAIM ...文字列:
GAMGMALKKE GPEFDHDDEV LLLEPGIMLD ESSADEQPSP RATPKATTSF SSKQHKHIDY TRALDATQLY LNEIGFSPLL TPEEEVHFA RLAQKGDPAG RKRMIESNLR LVVKIARRYV NRGLSLLDLI EEGNLGLIRA VEKFDPERGF RFSTYATWWI R QTIERAIM NQTRTIRLPI HVVKELNVYL RAARELTHKL DHEPSPEEIA NLLEKPVAEV KRMLGLNERV TSVDVSLGPD SD KTLLDTL TDDRPTDPCE LLQDDDLSES IDQWLTELTD KQREVVIRRF GLRGHESSTL EEVGQEIGLT RERVRQIQVE ALK RLREIL EKNGLSSDAL FQ

UniProtKB: RNA polymerase sigma factor RpoS

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分子 #6: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #7: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 4 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 120 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot 8 seconds before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 58.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 倍率（公称値）: 29000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4yln

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.04 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.08) / 使用した粒子像数: 105629
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.08)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.08)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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