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万見
- EMDB-3183: Localized reconstruction of Sec13/31 vertex from dodecahedral COP... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3183
タイトルLocalized reconstruction of Sec13/31 vertex from dodecahedral COPII cage
マップデータLocalized reconstrucion of COPII sec13/31 vertex calculated from data published by Stagg et al. (2006)
試料
  • 試料: Oligomeric assembly of Sec13-31
  • タンパク質・ペプチド: Sec31
  • タンパク質・ペプチド: Sec13
キーワードCOPII / vertex / sec13 / sec31
機能・相同性COPII vesicle coat / intracellular protein transport / WD40 repeat
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 14.0 Å
データ登録者Ilca S / Kotecha A / Sun X / Poranen MP / Stuart DI / Huiskonen JT
引用ジャーナル: Nature / 年: 2006
タイトル: Structure of the Sec13/31 COPII coat cage.
著者: Scott M Stagg / Cemal Gürkan / Douglas M Fowler / Paul LaPointe / Ted R Foss / Clinton S Potter / Bridget Carragher / William E Balch /
要旨: Endomembranes of eukaryotic cells are dynamic structures that are in continuous communication through the activity of specialized cellular machineries, such as the coat protein complex II (COPII), ...Endomembranes of eukaryotic cells are dynamic structures that are in continuous communication through the activity of specialized cellular machineries, such as the coat protein complex II (COPII), which mediates cargo export from the endoplasmic reticulum (ER). COPII consists of the Sar1 GTPase, Sec23 and Sec24 (Sec23/24), where Sec23 is a Sar1-specific GTPase-activating protein and Sec24 functions in cargo selection, and Sec13 and Sec31 (Sec13/31), which has a structural role. Whereas recent results have shown that Sec23/24 and Sec13/31 can self-assemble to form COPII cage-like particles, we now show that Sec13/31 can self-assemble to form minimal cages in the absence of Sec23/24. We present a three-dimensional reconstruction of these Sec13/31 cages at 30 A resolution using cryo-electron microscopy and single particle analysis. These results reveal a novel cuboctahedron geometry with the potential to form a flexible lattice and to generate a diverse range of containers. Our data are consistent with a model for COPII coat complex assembly in which Sec23/24 has a non-structural role as a multivalent ligand localizing the self-assembly of Sec13/31 to form a cage lattice driving ER cargo export.
履歴
登録2015年10月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年10月28日-
マップ公開2015年11月4日-
更新2016年2月17日-
現状2016年2月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.08
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.08
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-3183.jpg

emd_3183.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3183.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Localized reconstrucion of COPII sec13/31 vertex calculated from data published by Stagg et al. (2006)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.78 Å/pix.
x 120 pix.
= 333.6 Å		2.78 Å/pix.
x 120 pix.
= 333.6 Å		2.78 Å/pix.
x 120 pix.
= 333.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.78 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.08 / ムービー #1: 0.08
最小 - 最大-0.03152725 - 0.18658105
平均 (標準偏差)0.00617628 (±0.01772222)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ120120120
Spacing120120120
セルA=B=C: 333.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.782.782.78
M x/y/z120120120
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z333.600333.600333.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS120120120
D min/max/mean-0.0320.1870.006

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添付データ

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セグメンテーションマップ: Mask used for FSC

注釈Mask used for FSC
ファイルemd_3183_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Oligomeric assembly of Sec13-31

全体名称: Oligomeric assembly of Sec13-31
要素
  • 試料: Oligomeric assembly of Sec13-31
  • タンパク質・ペプチド: Sec31
  • タンパク質・ペプチド: Sec13

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超分子 #1000: Oligomeric assembly of Sec13-31

超分子名称: Oligomeric assembly of Sec13-31 / タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: 24-mer of Sec13-31 heterotetramers forming a cuboctahedron
Number unique components: 2
分子量実験値: 8.14 MDa

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分子 #1: Sec31

分子名称: Sec31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量実験値: 139 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 組換プラスミド: pFastBac
配列GO: COPII vesicle coat / InterPro: WD40 repeat

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分子 #2: Sec13

分子名称: Sec13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量実験値: 33 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 組換プラスミド: pFastBac
配列GO: intracellular protein transport / InterPro: WD40 repeat

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.90 mg/mL
緩衝液pH: 6.5 / 詳細: 50mM MES pH 6.5, 225mM KOAc, 1mM MgCl2
グリッド詳細: Quantifoil 2/2, 400 mesh copper grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: OTHER
詳細: Vitrification instrument: FEI Vitrobot. Grid plasma cleaned for 30s with Fischione 1020 plasma cleaner using 75-25 Argon-Oxygen mix.
手法: Temperature of chamber was 4 degrees C. 0 seconds drain time. Single blot. 0 mm offset. 4 ul sample applied to grid. Blot for 3.0 seconds before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 20
日付2006年1月1日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: OTHER / 実像数: 810 / 平均電子線量: 20 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 50360 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.4 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

詳細The best particles were selected by 2D and 3D classification and then refined
CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 14.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Relion / 使用した粒子像数: 12663
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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