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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31783 | |||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 S-Delta variant (B.1.617.2), two RBD-up conformation 3 | |||||||||||||||
![]() | SARS-CoV-2 S-Delta variant, two RBD-up conformation 3, sharpened map | |||||||||||||||
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機能・相同性 | ![]() Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Yang TJ / Yu PY / Chang YC / Hsu STD | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 S-Delta variant (B.1.617.2), two RBD-up conformation 3 著者: Yang TJ / Yu PY / Chang YC / Hsu STD | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 204 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 15.6 KB 15.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 53.5 KB | ||
その他 | ![]() | 108.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7v7vMC ![]() 7v76C ![]() 7v77C ![]() 7v78C ![]() 7v79C ![]() 7v7aC ![]() 7v7dC ![]() 7v7eC ![]() 7v7fC ![]() 7v7gC ![]() 7v7hC ![]() 7v7iC ![]() 7v7jC ![]() 7v7nC ![]() 7v7oC ![]() 7v7pC ![]() 7v7qC ![]() 7v7rC ![]() 7v7sC ![]() 7v7tC ![]() 7v7uC ![]() 7v7zC ![]() 7v80C ![]() 7v81C ![]() 7v82C ![]() 7v83C ![]() 7v84C ![]() 7v85C ![]() 7v86C ![]() 7v87C ![]() 7v88C ![]() 7v89C ![]() 7v8aC ![]() 7v8bC ![]() 7v8cC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | SARS-CoV-2 S-Delta variant, two RBD-up conformation 3, sharpened map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: SARS-CoV-2 S-Delta variant, two RBD-up conformation 3, unsharpened...
ファイル | emd_31783_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | SARS-CoV-2 S-Delta variant, two RBD-up conformation 3, unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : SARS-CoV-2 spike glycoprotein
全体 | 名称: SARS-CoV-2 spike glycoprotein |
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要素 |
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-超分子 #1: SARS-CoV-2 spike glycoprotein
超分子 | 名称: SARS-CoV-2 spike glycoprotein / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 詳細: Delta variant (B.1.617.2), two RBD-up conformation 3 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 実験値: 540 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Spike glycoprotein
分子 | 名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 142.047203 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLRT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLDVYYHKNN KSWMESGVYS S ANNCTFEY ...文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLRT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLDVYYHKNN KSWMESGVYS S ANNCTFEY VSQPFLMDLE GKQGNFKNLR EFVFKNIDGY FKIYSKHTPI NLVRDLPQGF SALEPLVDLP IGINITRFQT LL ALHRSYL TPGDSSSGWT AGAAAYYVGY LQPRTFLLKY NENGTITDAV DCALDPLSET KCTLKSFTVE KGIYQTSNFR VQP TESIVR FPNITNLCPF GEVFNATRFA SVYAWNRKRI SNCVADYSVL YNSASFSTFK CYGVSPTKLN DLCFTNVYAD SFVI RGDEV RQIAPGQTGK IADYNYKLPD DFTGCVIAWN SNNLDSKVGG NYNYRYRLFR KSNLKPFERD ISTEIYQAGS KPCNG VEGF NCYFPLQSYG FQPTNGVGYQ PYRVVVLSFE LLHAPATVCG PKKSTNLVKN KCVNFNFNGL TGTGVLTESN KKFLPF QQF GRDIADTTDA VRDPQTLEIL DITPCSFGGV SVITPGTNTS NQVAVLYQGV NCTEVPVAIH ADQLTPTWRV YSTGSNV FQ TRAGCLIGAE HVNNSYECDI PIGAGICASY QTQTNSRGSA SSVASQSIIA YTMSLGAENS VAYSNNSIAI PTNFTISV T TEILPVSMTK TSVDCTMYIC GDSTECSNLL LQYGSFCTQL NRALTGIAVE QDKNTQEVFA QVKQIYKTPP IKDFGGFNF SQILPDPSKP SKRSFIEDLL FNKVTLADAG FIKQYGDCLG DIAARDLICA QKFNGLTVLP PLLTDEMIAQ YTSALLAGTI TSGWTFGAG AALQIPFAMQ MAYRFNGIGV TQNVLYENQK LIANQFNSAI GKIQDSLSST ASALGKLQNV VNQNAQALNT L VKQLSSNF GAISSVLNDI LSRLDPPEAE VQIDRLITGR LQSLQTYVTQ QLIRAAEIRA SANLAATKMS ECVLGQSKRV DF CGKGYHL MSFPQSAPHG VVFLHVTYVP AQEKNFTTAP AICHDGKAHF PREGVFVSNG THWFVTQRNF YEPQIITTDN TFV SGNCDV VIGIVNNTVY DPLQPELDSF KEELDKYFKN HTSPDVDLGD ISGINASVVN IQKEIDRLNE VAKNLNESLI DLQE LGKYE QEFGSGGYIP EAPRDGQAYV RKDGEWVLLS TFLKGQDNSA DIQHSGRPLE SRGPFEQKLI SEEDLNMHTG HHHHH H |
-分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 12 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 1 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.6 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: 0; waiting time: 30s. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.0 e/Å2 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
CTF補正 | ソフトウェア - 名称: cryoSPARC |
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初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL 詳細: generated by ab-initio reconstruction in cryoSparc v2 |
初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 128286 |