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万見
- EMDB-31749: Negative-staining map of T4 DNA ligase-AMP-DNA Ternary Complex IV -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31749
タイトルNegative-staining map of T4 DNA ligase-AMP-DNA Ternary Complex IV
マップデータT4 DNA ligase binding nick double-stranded DNA complex conformation Bent III
試料
  • 複合体: T4 DNA ligase binding nick double-stranded DNA complex conformation Bent III
キーワードLigase / Complex / DNA Repair / DNA replication / DNA BINDING PROTEIN
生物種bacteriophage T (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 14.6 Å
データ登録者Zhang L / Li N
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)11922410 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Repair of DNA nick by T4 DNA ligase in three parallel pathways
著者: Zhang L / Li N
履歴
登録2021年8月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月24日-
マップ公開2022年8月24日-
更新2023年9月13日-
現状2023年9月13日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_31749.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31749.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈T4 DNA ligase binding nick double-stranded DNA complex conformation Bent III
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.61 Å/pix.
x 100 pix.
= 160.7 Å		1.61 Å/pix.
x 100 pix.
= 160.7 Å		1.61 Å/pix.
x 100 pix.
= 160.7 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.607 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0462
最小 - 最大-0.002712516 - 0.23315533
平均 (標準偏差)0.005301077 (±0.022410642)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-50-50-50
サイズ100100100
Spacing100100100
セルA=B=C: 160.7 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : T4 DNA ligase binding nick double-stranded DNA complex conformati...

全体名称: T4 DNA ligase binding nick double-stranded DNA complex conformation Bent III
要素
  • 複合体: T4 DNA ligase binding nick double-stranded DNA complex conformation Bent III

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超分子 #1: T4 DNA ligase binding nick double-stranded DNA complex conformati...

超分子名称: T4 DNA ligase binding nick double-stranded DNA complex conformation Bent III
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: bacteriophage T (ウイルス)
分子量理論値: 55 KDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.011 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
100.0 mMNaClSodium chloride
10.0 mMMgCl2Magnesium chloride
10.0 mMDTTDithiothreitol
0.3 mMATPadenosine-triphosphate
50.0 mMTris-HClTris(Hydroxymethyl)aminomethane
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Acetate
詳細: A 4.0 uL drop of the sample was placed on a glow-discharged EM specimen grid (CF200-Cu, Electron Microscopy Sciences, Hatfield, PA, USA) with a thin carbon film for 1 min and the excess ...詳細: A 4.0 uL drop of the sample was placed on a glow-discharged EM specimen grid (CF200-Cu, Electron Microscopy Sciences, Hatfield, PA, USA) with a thin carbon film for 1 min and the excess solution was blotted with filter paper. Then, the grid was washed with a clean drop (~35 uL/drop) of water and stained two times with two drops (~25 uL/drop) of 2% (w/v) uranyl acetate (UA) for 10 s, 30 s respectively before air-drying.
グリッドモデル: C-flat / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 3 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 10 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.038 kPa
詳細T4 DNA ligase and nicked double-stranded DNA substrate were mixed at a molar ratio of 1:1

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS TALOS F200C
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI CETA (4k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 実像数: 3765 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 160.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 9204
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 14.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 368
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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