+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31668 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Dimer structure of yeast THO complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Chen C / Tan M / Wu Z / Wu J / Lei M | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Sci Bull (Beijing) / 年: 2021 タイトル: Structural and functional insights into R-loop prevention and mRNA export by budding yeast THO-Sub2 complex. 著者: Cong Chen / Ming Tan / Zhenfang Wu / Yuebin Zhang / Fanyang He / Yanjia Lu / Shaobai Li / Mi Cao / Guohui Li / Jian Wu / Hong Cheng / Ming Lei / | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_31668.map.gz | 410.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-31668-v30.xml emd-31668.xml | 14.4 KB 14.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_31668.png | 89.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31668 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31668 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_31668_validation.pdf.gz | 508.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_31668_full_validation.pdf.gz | 508.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_31668_validation.xml.gz | 7.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_31668_validation.cif.gz | 8.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31668 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31668 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_31668.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 437.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : THO Complex
全体 | 名称: THO Complex |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: THO Complex
超分子 | 名称: THO Complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) |
-分子 #1: Hpr1p
分子 | 名称: Hpr1p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MSNTEELIQN SIGFLQKTFK ALPVSFDSIR HEPLPSSMLH ASVLNFEWEP LEKNISAIHD RDSLIDIILK RFIIDSMTN AIEDEEENNL EKGLLNSCIG LDFVYNSRFN RSNPASWGNT FFELFSTIID LLNSPSTFLK F WPYAESRI EWFKMNTSVE PVSLGESNLI ...文字列: MSNTEELIQN SIGFLQKTFK ALPVSFDSIR HEPLPSSMLH ASVLNFEWEP LEKNISAIHD RDSLIDIILK RFIIDSMTN AIEDEEENNL EKGLLNSCIG LDFVYNSRFN RSNPASWGNT FFELFSTIID LLNSPSTFLK F WPYAESRI EWFKMNTSVE PVSLGESNLI SYKQPLYEKL RHWNDILAKL ENNDILNTVK HYNMKYKLEN FL SELLPIN EESNFNRSAS ISALQESDNE WNRSARERES NRSSDVIFAA DYNFVFYHLI ICPIEFAFSD LEY KNDVDR SLSPLLDAIL EIEENFYSKI KMNNRTRYSL EEALNTEYYA NYDVMTPKLP VYMKHSNAMK MDRN EFWAN LQNIKESDDY TLRPTIMDIS LSNTTCLYKQ LTQEDDDYYR KQFILQLCFT TNLIRNLISS DETRN FYKS CYLRENPLSD IDFENLDEVN KKRGLNLCSY ICDNRVLKFY KIKDPDFYRV IRKLMSSDEK FTTAKI DGF KEFQNFRISK EKIPPPAFDE TFKKFTFIKM GNKLINNVWK IPTGLDKIEQ EVKKPEGVYE AAQAKWE SK ISSETSGGEA KDEIIRQWQT LRFLRSRYLF DFDKVNEKTG VDGLFEEPRK VEALDDSFKE KLLYKINQ E HRKKLQDARE YKIGKERKKR ALEEEASFPE REQKIKSQRI NSASQTEGDE LKSEQTQPKG EISEENTKI KSSEVSSQDP DSGVAGEFAP QNTTAQLENP KTEDNNAATS NISNGSSTQD MK |
-分子 #2: Tho2p
分子 | 名称: Tho2p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MAEQTLLSKL NALSQKVIPP ASPSQASILT EEVIRNWPER SKTLCSDFTA LESNDEKEDW LRTLFIELFD FINKNDENS PLKLSDVASF TNELVNHERQ VSQASIVGKM FIAVSSTVPN INDLTTISLC KLIPSLHEEL F KFSWISSK LLNKEQTTLL RHLLKKSKYE ...文字列: MAEQTLLSKL NALSQKVIPP ASPSQASILT EEVIRNWPER SKTLCSDFTA LESNDEKEDW LRTLFIELFD FINKNDENS PLKLSDVASF TNELVNHERQ VSQASIVGKM FIAVSSTVPN INDLTTISLC KLIPSLHEEL F KFSWISSK LLNKEQTTLL RHLLKKSKYE LKKYNLLVEN SVGYGQLVAL LILAYYDPDN FSKVSAYLKE IY HIMGKYS LDSIRTLDVI LNVSSQFITE GYKFFIALLR KSDSWPSSHV ANNSNYSSLN EGGNMIAANI ISF NLSQYN EEVDKENYER YMDMCCILLK NGFVNFYSIW DNVKPEMEFL QEYIQNLETE LEEESTKGVE NPLA MAAAL STENETDEDN ALVVNDDVNM KDKISEETNA DIESKGKQKT QQDILLFGKI KLLERLLIHG CVIPV IHVL KQYPKVLYVS ESLSRYLGRV FEYLLNPLYT SMTSSGESKD MATALMITRI DNGILAHKPR LIHKYK THE PFESLELNSS YVFYYSEWNS NLTPFASVND LFENSHIYLS IIGPYLGRIP TLLSKISRIG VADIQKN HG SESLHVTIDK WIDYVRKFIF PATSLLQNNP IATSEVYELM KFFPFEKRYF IYNEMMTKLS QDILPLKV S FNKAEREAKS ILKALSIDTI AKESRRFAKL ISTNPLASLV PAVKQIENYD KVSELVVYTT KYFNDFAYD VLQFVLLLRL TYNRPAVQFD GVNQAMWVQR LSIFIAGLAK NCPNMDISNI ITYILKTLHN GNIIAVSILK ELIITVGGI RDLNEVNMKQ LLMLNSGSPL KQYARHLIYD FRDDNSVISS RLTSFFTDQS AISEIILLLY T LNLKANTQ NSHYKILSTR CDEMNTLLWS FIELIKHCLK GKAFEENVLP FVELNNRFHL STPWTFHIWR DY LDNQLNS NENFSIDELI EGAEFSDVDL TKISKDLFTT FWRLSLYDIH FDKSLYDERK NALSGENTGH MSN RKKHLI QNQIKDILVT GISHQRAFKK TSEFISEKSN VWNKDCGEDQ IKIFLQNCVV PRVLFSPSDA LFSS FFIFM AFRTENLMSI LNTCITSNIL KTLLFCCTSS EAGNLGLFFT DVLKKLEKMR LNGDFNDQAS RKLYE WHSV ITEQVIDLLS EKNYMSIRNG IEFMKHVTSV FPVVKAHIQL VYTTLEENLI NEEREDIKLP SSALIG HLK ARLKDALELD EFCTLTEEEA EQKRIREMEL EEIKNYETAC QNEQKQVALR KQLELNKSQR LQNDPPK SV ASGSAGLNSK DRYTYSRNEP VIPTKPSSSQ WSYSKVTRHV DDINHYLATN HLQKAISLVE NDDETRNL R KLSKQNMPIF DFRNSTLEIF ERYFRTLIQN PQNPDFAEKI DSLKRYIKNI SREPYPDTTS SYSEAAAPE YTKRSSRYSG NAGGKDGYGS SNYRGPSNDR SAPKNIKPIS SYAHKRSELP TRPSKSKTYN DRSRALRPTG PDRGDGFDQ RDNRLREEYK KNSSQRSQLR FPEKPFQEGK DSSKANPYQA SSYKRDSPSE NEEKPNKRFK K DETIRNKF QTQDYRNTRD SGAAHRANEN QRYNGNRKSN TQALPQGPKG GNYVSRYQR |
-分子 #3: Tex1p
分子 | 名称: Tex1p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MSTIGAVDIL NQKTITSEVA ASVTSKYLQS TFSKGNTSHI EDKRFIHVSS RSHSRFTSTP ITPNEILSLK FHVSGSSMA YSRMDGSLTV WFIKDASFDK SVEVYIPDCC GSDKLATDLS WNPTSLNQIA VVSNSSEISL L LINEKSLT ASKLRTLSLG SKTKVNTCLY ...文字列: MSTIGAVDIL NQKTITSEVA ASVTSKYLQS TFSKGNTSHI EDKRFIHVSS RSHSRFTSTP ITPNEILSLK FHVSGSSMA YSRMDGSLTV WFIKDASFDK SVEVYIPDCC GSDKLATDLS WNPTSLNQIA VVSNSSEISL L LINEKSLT ASKLRTLSLG SKTKVNTCLY DPLGNWLLAA TKSEKIYLFD VKKDHSSVCS LNISDISQED ND VVYSLAW SNGGSHIFIG FKSGYLAILK AKHGILEVCT KIKAHTGPIT EIKMDPWGRN FITGSIDGNC YVW NMKSLC CELIINDLNS AVTTLDVCHL GKILGICTED EMVYFYDLNS GNLLHSKSLA NYKTDPVLKF YPDK SWYIM SGKNDTLSNH FVKNEKNLIT YWKDMFDNTM IEKRRKNNGG GNNHNKRTSK NTDRIGKDRP SRFNS KK |
-分子 #4: Mft1p
分子 | 名称: Mft1p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MPLSQKQIDQ VRTKVHYSEV DTPFNKYLDI LGKVTKLTGS IINGTLSNDD SKIEKLTEQN ISQLKESAHL RFLDLQSSI DTKKVADENW ETCQQETLAK LENLKDKLPD IKSIHSKLLL RIGKLQGLYD SVQVINREVE G LSEGRTSL VVTRAEWEKE LGTDLVKFLI ...文字列: MPLSQKQIDQ VRTKVHYSEV DTPFNKYLDI LGKVTKLTGS IINGTLSNDD SKIEKLTEQN ISQLKESAHL RFLDLQSSI DTKKVADENW ETCQQETLAK LENLKDKLPD IKSIHSKLLL RIGKLQGLYD SVQVINREVE G LSEGRTSL VVTRAEWEKE LGTDLVKFLI EKNYLKLVDP GLKKDSSEER YRIYDDFSKG PKELESINAS MK SDIENVR QEVSSYKEKW LRDAEIFGKI TSIFKEELLK RDGLLNEAEG DNIDEDYESD EDEERKERFK RQR SMVEVN TIENVDEKEE SDHEYDDQED EENEEEDDME VDVEDIKEDN EVDGESSQQE DNSRQGNNEE TDKE TGVIE EPDAVNDAEE ADSDHSSRKL GGTTSDFSAS SSVEEVK |
-分子 #5: Thp2p
分子 | 名称: Thp2p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MTKEEGRTYF ESLCEEEQSL QESQTHLLNI LDILSVLADP RSSDDLLTES LKKLPDLHRE LINSSIRLRY DKYQTREAQ LLEDTKTGRD VAAGVQNPKS ISEYYSTFEH LNRDTLRYIN LLKRLSVDLA KQVEVSDPSV T VYEMDKWV PSEKLQGILE QYCAPDTDIR ...文字列: MTKEEGRTYF ESLCEEEQSL QESQTHLLNI LDILSVLADP RSSDDLLTES LKKLPDLHRE LINSSIRLRY DKYQTREAQ LLEDTKTGRD VAAGVQNPKS ISEYYSTFEH LNRDTLRYIN LLKRLSVDLA KQVEVSDPSV T VYEMDKWV PSEKLQGILE QYCAPDTDIR GVDAQIKNYL DQIKMARAKF GLENKYSLKE RLSTLTKELN HW RKEWDDI EMLMFGDDAH SMKKMIQKID SLKSEINAPS ESYPVDKEGD IVLE |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 115764 |
---|---|
初期 角度割当 | タイプ: COMMON LINE |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |