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- EMDB-31482: Cryo-EM structure of the human TACAN channel in a closed state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31482
タイトルCryo-EM structure of the human TACAN channel in a closed state
マップデータEM map
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Cryo-EM structure of the human TACAN channel in a closed state
    • タンパク質・ペプチド: Ion channel TACAN
  • リガンド: CHOLESTEROL
キーワードdimer / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


coenzyme A binding / protein heterooligomerization / nuclear inner membrane / monoatomic ion channel activity / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / fat cell differentiation / antiviral innate immune response / protein homooligomerization / monoatomic ion transmembrane transport / endoplasmic reticulum ...coenzyme A binding / protein heterooligomerization / nuclear inner membrane / monoatomic ion channel activity / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / fat cell differentiation / antiviral innate immune response / protein homooligomerization / monoatomic ion transmembrane transport / endoplasmic reticulum / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ion channel TACAN/TMEM120B / TMEM120A/B
類似検索 - ドメイン・相同性
Transmembrane protein 120A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.66 Å
データ登録者Chen XZ / Wang YJ
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Not funded 中国
引用
ジャーナル: Cell Rep / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structure of the human TACAN in a closed state.
著者: Xiaozhe Chen / Yaojie Wang / Yang Li / Xuhang Lu / Jianan Chen / Ming Li / Tianlei Wen / Ning Liu / Shenghai Chang / Xing Zhang / Xue Yang / Yuequan Shen /
要旨: TACAN is an ion channel-like protein that may be involved in sensing mechanical pain. Here, we present the cryo-electron microscopic structure of human TACAN (hTACAN). hTACAN forms a dimer in which ...TACAN is an ion channel-like protein that may be involved in sensing mechanical pain. Here, we present the cryo-electron microscopic structure of human TACAN (hTACAN). hTACAN forms a dimer in which each protomer consists of a transmembrane globular domain (TMD) containing six helices and an intracellular domain (ICD) containing two helices. Molecular dynamic simulations suggest that each protomer contains a putative ion conduction pore. A single-point mutation of the key residue Met207 greatly increases membrane pressure-activated currents. In addition, each hTACAN subunit binds one cholesterol molecule. Our data show the molecular assembly of hTACAN and suggest that wild-type hTACAN is in a closed state.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM structure of the human TACAN channel in a closed state
著者: Chen X / Wang Y / Li Y / Lu X / Chen J / Li M / Wen T / Liu N / Chang S / Zhang X / Yang X / Shen Y
履歴
登録2021年6月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年2月16日-
マップ公開2022年2月16日-
更新2024年6月12日-
現状2024年6月12日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.25
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.25
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7f6v
  • 表面レベル: 0.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_31482.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31482.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 46.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈EM map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.01 Å/pix.
x 230 pix.
= 233.22 Å		1.01 Å/pix.
x 230 pix.
= 233.22 Å		1.01 Å/pix.
x 230 pix.
= 233.22 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.014 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.168 / ムービー #1: 0.25
最小 - 最大-1.1572345 - 1.8234755
平均 (標準偏差)0.0009883553 (±0.047608037)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ230230230
Spacing230230230
セルA=B=C: 233.22002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0141.0141.014
M x/y/z230230230
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z233.220233.220233.220
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ535455
NX/NY/NZ134138134
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS230230230
D min/max/mean-1.1571.8230.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of the human TACAN channel in a closed state

全体名称: Cryo-EM structure of the human TACAN channel in a closed state
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Cryo-EM structure of the human TACAN channel in a closed state
    • タンパク質・ペプチド: Ion channel TACAN
  • リガンド: CHOLESTEROL

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超分子 #1: Cryo-EM structure of the human TACAN channel in a closed state

超分子名称: Cryo-EM structure of the human TACAN channel in a closed state
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Ion channel TACAN

分子名称: Ion channel TACAN / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 40.657156 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MQPPPPGPLG DCLRDWEDLQ QDFQNIQETH RLYRLKLEEL TKLQNNCTSS ITRQKKRLQE LALALKKCKP SLPAEAEGAA QELENQMKE RQGLFFDMEA YLPKKNGLYL SLVLGNVNVT LLSKQAKFAY KDEYEKFKLY LTIILILISF TCRFLLNSRV T DAAFNFLL ...文字列:
MQPPPPGPLG DCLRDWEDLQ QDFQNIQETH RLYRLKLEEL TKLQNNCTSS ITRQKKRLQE LALALKKCKP SLPAEAEGAA QELENQMKE RQGLFFDMEA YLPKKNGLYL SLVLGNVNVT LLSKQAKFAY KDEYEKFKLY LTIILILISF TCRFLLNSRV T DAAFNFLL VWYYCTLTIR ESILINNGSR IKGWWVFHHY VSTFLSGVML TWPDGLMYQK FRNQFLSFSM YQSFVQFLQY YY QSGCLYR LRALGERHTM DLTVEGFQSW MWRGLTFLLP FLFFGHFWQL FNALTLFNLA QDPQCKEWQV LMCGFPFLLL FLG NFFTTL RVVHHKFHSQ RHGSKKD

UniProtKB: Transmembrane protein 120A

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分子 #2: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: C-flat-2/1 / 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 56.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.66 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 58843
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-7f6v:
Cryo-EM structure of the human TACAN channel in a closed state

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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