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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Local map for Rd region of the red alga Porphyridium purpureum phycobilisome in Middle Light | |||||||||
![]() | Rd | |||||||||
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![]() | phycobilisome / light-harvesting complex / photosynthesis | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.02 Å | |||||||||
![]() | Ma JF / Sui S-F | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The structural basis for light acclimation in phycobilisome light harvesting systems systems in Porphyridium purpureum 著者: Dodson EJ / Ma J / Suissa Szlejf M / Maroudas-Sklare N / Paltiel Y / Adir N / Sun S / Sui SF / Keren N | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 6.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 17.6 KB 17.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 118.7 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 4.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Rd | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.066 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : phycobilisome
全体 | 名称: phycobilisome |
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要素 |
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-超分子 #1: phycobilisome
超分子 | 名称: phycobilisome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#35 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 14700 kDa/nm |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7 / 構成要素:
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グリッド | モデル: PELCO Ultrathin Carbon with Lacey Carbon / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 支持フィルム - Film thickness: 2 | ||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 18 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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温度 | 最低: 70.0 K / 最高: 70.0 K |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum ER |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-32 / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 6438 / 平均露光時間: 8.2 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm 最大 デフォーカス(補正後): 2.3000000000000003 µm 最小 デフォーカス(補正後): 1.3 µm / 倍率(補正後): 130000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm 最大 デフォーカス(公称値): 2.3000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 1.3 µm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 62.05 / 当てはまり具合の基準: 0,99 |