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- EMDB-31361: Structure of Mumps virus nucleocapsid ring -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31361
タイトルStructure of Mumps virus nucleocapsid ring
マップデータ
試料
  • 複合体: Mumps virus nocleocapcid
    • タンパク質・ペプチド: Nucleoprotein
    • RNA: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
キーワードnucleocapcid / Mumps virus / NUCLEAR PROTEIN
機能・相同性Paramyxovirus nucleocapsid protein / Paramyxovirus nucleocapsid protein / helical viral capsid / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex / structural molecule activity / RNA binding / Nucleoprotein
機能・相同性情報
生物種Mumps rubulavirus (ウイルス) / Mumps virus (strain Jeryl-Lynn) (ウイルス) / Mumps orthorubulavirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Su X / Shen Q
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870743 中国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021
タイトル: Structural plasticity of mumps virus nucleocapsids with cryo-EM structures.
著者: Hong Shan / Xin Su / Tianhao Li / Yuqi Qin / Na Zhang / Liuyan Yang / Linsha Ma / Yun Bai / Lei Qi / Yunhui Liu / Qing-Tao Shen /
要旨: Mumps virus (MuV) is a highly contagious human pathogen and frequently causes worldwide outbreaks despite available vaccines. Similar to other mononegaviruses such as Ebola and rabies, MuV uses a ...Mumps virus (MuV) is a highly contagious human pathogen and frequently causes worldwide outbreaks despite available vaccines. Similar to other mononegaviruses such as Ebola and rabies, MuV uses a single-stranded negative-sense RNA as its genome, which is enwrapped by viral nucleoproteins into the helical nucleocapsid. The nucleocapsid acts as a scaffold for genome condensation and as a template for RNA replication and transcription. Conformational changes in the MuV nucleocapsid are required to switch between different activities, but the underlying mechanism remains elusive due to the absence of high-resolution structures. Here, we report two MuV nucleoprotein-RNA rings with 13 and 14 protomers, one stacked-ring filament and two nucleocapsids with distinct helical pitches, in dense and hyperdense states, at near-atomic resolutions using cryo-electron microscopy. Structural analysis of these in vitro assemblies indicates that the C-terminal tail of MuV nucleoprotein likely regulates the assembly of helical nucleocapsids, and the C-terminal arm may be relevant for the transition between the dense and hyperdense states of helical nucleocapsids. Our results provide the molecular mechanism for structural plasticity among different MuV nucleocapsids and create a possible link between structural plasticity and genome condensation.
履歴
登録2021年5月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年6月23日-
マップ公開2021年6月23日-
更新2024年8月21日-
現状2024年8月21日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7ewq
  • 表面レベル: 0.0028
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7ewq
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_31361.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31361.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.53 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0015 / ムービー #1: 0.0015
最小 - 最大-0.0054858774 - 0.010048295
平均 (標準偏差)0.000034566627 (±0.00039210243)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ650650650
Spacing650650650
セルA=B=C: 344.49997 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.530.530.53
M x/y/z650650650
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z344.500344.500344.500
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ192139186
NX/NY/NZ211274246
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS650650650
D min/max/mean-0.0050.0100.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Mumps virus nocleocapcid

全体名称: Mumps virus nocleocapcid
要素
  • 複合体: Mumps virus nocleocapcid
    • タンパク質・ペプチド: Nucleoprotein
    • RNA: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')

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超分子 #1: Mumps virus nocleocapcid

超分子名称: Mumps virus nocleocapcid / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mumps rubulavirus (ウイルス)

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分子 #1: Nucleoprotein

分子名称: Nucleoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mumps virus (strain Jeryl-Lynn) (ウイルス) / 株: Jeryl-Lynn
分子量理論値: 61.470008 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MSSVLKAFER FTIEQELQDR GEEGSIPPET LKSAVKVFVI NTPNPTTRYQ MLNFCLRIIC SQNARASHRV GALITLFSLP SAGMQNHIR LADRSPEAQI ERCEIDGFEP GTYRLIPNAR ANLTANEIAA YALLADDLPP TINNGTPYVH ADVEGQPCDE I EQFLDRCY ...文字列:
MSSVLKAFER FTIEQELQDR GEEGSIPPET LKSAVKVFVI NTPNPTTRYQ MLNFCLRIIC SQNARASHRV GALITLFSLP SAGMQNHIR LADRSPEAQI ERCEIDGFEP GTYRLIPNAR ANLTANEIAA YALLADDLPP TINNGTPYVH ADVEGQPCDE I EQFLDRCY SVLIQAWVMV CKCMTAYDQP AGSADRRFAK YQQQGRLEAR YMLQPEAQRL IQTAIRKSLV VRQYLTFELQ LA RRQGLLS NRYYAMVGDI GKYIENSGLT AFFLTLKYAL GTKWSPLSLA AFTGELTKLR SLMMLYRGLG EQARYLALLE APQ IMDFAP GGYPLIFSYA MGVGTVLDVQ MRNYTYARPF LNGYYFQIGV ETARRQQGTV DNRVADDLGL TPEQRTEVTQ LVDR LARGR GAGIPGGPVN PFVPPVQQQQ PAAVYEDIPA LEESDDDGDE DGGAGFQNGV QLPAVRQGGQ TDFRAQPLQD PIQAQ LFMP LYPQVSNMPN NQNHQINRIG GLEHQDLLRY NENGDSQQDA RGEHVNTFPN NPNQNAQLQV GDWDE

UniProtKB: Nucleoprotein

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分子 #2: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')

分子名称: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3') / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Mumps orthorubulavirus (ウイルス)
分子量理論値: 1.792037 KDa
配列文字列:
UUUUUU

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMTrisTris(hydroxymethyl)aminomethane
50.0 mMNaClsodium chloride
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 390418
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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