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万見
- EMDB-31197: Structure and Activity of SLAC1 Channels for Stomatal Signaling i... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31197
タイトルStructure and Activity of SLAC1 Channels for Stomatal Signaling in Leaves
マップデータMap used for building. Post-processed from half maps using phenix.auto_sharpen.
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Cryo-EM structure of Brachypodium distachyon SLAC1
機能・相同性
機能・相同性情報


response to humidity / stomatal closure / regulation of stomatal opening / voltage-gated monoatomic anion channel activity / regulation of stomatal closure / response to ozone / intracellular monoatomic ion homeostasis / organic anion transport / response to carbon dioxide / response to abscisic acid ...response to humidity / stomatal closure / regulation of stomatal opening / voltage-gated monoatomic anion channel activity / regulation of stomatal closure / response to ozone / intracellular monoatomic ion homeostasis / organic anion transport / response to carbon dioxide / response to abscisic acid / multicellular organismal-level water homeostasis / response to light stimulus / protein phosphatase binding / membrane => GO:0016020 / protein kinase binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
S-type anion channel / Transporter protein SLAC1/Mae1/ Ssu1/TehA / Voltage-dependent anion channel superfamily / Voltage-dependent anion channel
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Brachypodium distachyon (セイヨウヤマカモジ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 2.97 Å
データ登録者Deng Y / Kashtoh H / Wang Q / Zhen GX / Li QY / Tang L / Gao HL / Zhang CR / Qin L / Su M ...Deng Y / Kashtoh H / Wang Q / Zhen GX / Li QY / Tang L / Gao HL / Zhang CR / Qin L / Su M / Li F / Huang XH / Wang YC / Xie Q / Clarke OB / Hendrickson WA / Chen YH
資金援助 中国, 米国, 5件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31470728 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31322005 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31872721 中国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM107462 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM116799 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021
タイトル: Structure and activity of SLAC1 channels for stomatal signaling in leaves.
著者: Ya-Nan Deng / Hamdy Kashtoh / Quan Wang / Guang-Xiao Zhen / Qi-Yu Li / Ling-Hui Tang / Hai-Long Gao / Chun-Rui Zhang / Li Qin / Min Su / Fei Li / Xia-He Huang / Ying-Chun Wang / Qi Xie / ...著者: Ya-Nan Deng / Hamdy Kashtoh / Quan Wang / Guang-Xiao Zhen / Qi-Yu Li / Ling-Hui Tang / Hai-Long Gao / Chun-Rui Zhang / Li Qin / Min Su / Fei Li / Xia-He Huang / Ying-Chun Wang / Qi Xie / Oliver B Clarke / Wayne A Hendrickson / Yu-Hang Chen /
要旨: Stomata in leaves regulate gas exchange between the plant and its atmosphere. Various environmental stimuli elicit abscisic acid (ABA); ABA leads to phosphoactivation of slow anion channel 1 (SLAC1); ...Stomata in leaves regulate gas exchange between the plant and its atmosphere. Various environmental stimuli elicit abscisic acid (ABA); ABA leads to phosphoactivation of slow anion channel 1 (SLAC1); SLAC1 activity reduces turgor pressure in aperture-defining guard cells; and stomatal closure ensues. We used electrophysiology for functional characterizations of SLAC1 (SLAC1) and cryoelectron microscopy (cryo-EM) for structural analysis of SLAC1 (SLAC1), at 2.97-Å resolution. We identified 14 phosphorylation sites in SLAC1 and showed nearly 330-fold channel-activity enhancement with 4 to 6 of these phosphorylated. Seven SLAC1-conserved arginines are poised in SLAC1 for regulatory interaction with the N-terminal extension. This SLAC1 structure has its pores closed, in a basal state, spring loaded by phenylalanyl residues in high-energy conformations. SLAC1 phosphorylation fine-tunes an equilibrium between basal and activated SLAC1 trimers, thereby controlling the degree of stomatal opening.
履歴
登録2021年4月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年5月19日-
マップ公開2021年5月19日-
更新2021年5月19日-
現状2021年5月19日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 5.9
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 5.9
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7en0
  • 表面レベル: 5.9
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_31197.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31197.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map used for building. Post-processed from half maps using phenix.auto_sharpen.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0475 Å
密度
表面レベル登録者による: 5.9 / ムービー #1: 5.9
最小 - 最大-21.821081 - 31.766413
平均 (標準偏差)-1.4013162e-11 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 209.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.04751.04751.0475
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z209.500209.500209.500
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ512512512
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-21.82131.766-0.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_31197_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_31197_half_map_1.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_31197_half_map_2.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of Brachypodium distachyon SLAC1

全体名称: Cryo-EM structure of Brachypodium distachyon SLAC1
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Cryo-EM structure of Brachypodium distachyon SLAC1

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超分子 #1: Cryo-EM structure of Brachypodium distachyon SLAC1

超分子名称: Cryo-EM structure of Brachypodium distachyon SLAC1 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Brachypodium distachyon (セイヨウヤマカモジ)
組換発現生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Acetate
グリッドモデル: UltrAuFoil R0.6/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 71.3 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.97 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.0.27) / 使用した粒子像数: 95704
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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