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万見
- EMDB-31078: Cyanophage Pam1 capsid asymmetric unit -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31078
タイトルCyanophage Pam1 capsid asymmetric unit
マップデータAn asymmetric unit of Pam1 capsid.Cutting out using phenix Map box program.
試料Pam1 != unidentified

Pam1

  • ウイルス: unidentified (未定義)
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid proteins
    • タンパク質・ペプチド: Cement (decoration) proteins
キーワードMajor capsid and cement proteins / VIRUS
生物種unidentified (未定義)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.26 Å
データ登録者Zhang JT / Jiang YL
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2018YFA0903100 中国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Structure and assembly pattern of a freshwater short-tailed cyanophage Pam1.
著者: Jun-Tao Zhang / Feng Yang / Kang Du / Wei-Fang Li / Yuxing Chen / Yong-Liang Jiang / Qiong Li / Cong-Zhao Zhou /
要旨: Despite previous structural analyses of bacteriophages, quite little is known about the structures and assembly patterns of cyanophages. Using cryo-EM combined with crystallography, we solve the near- ...Despite previous structural analyses of bacteriophages, quite little is known about the structures and assembly patterns of cyanophages. Using cryo-EM combined with crystallography, we solve the near-atomic-resolution structure of a freshwater short-tailed cyanophage, Pam1, which comprises a 400-Å-long tail and an icosahedral capsid of 650 Å in diameter. The outer capsid surface is reinforced by trimeric cement proteins with a β-sandwich fold, which structurally resemble the distal motif of Pam1's tailspike, suggesting its potential role in host recognition. At the portal vertex, the dodecameric portal and connected adaptor, followed by a hexameric needle head, form a DNA ejection channel, which is sealed by a trimeric needle. Moreover, we identify a right-handed rifling pattern that might help DNA to revolve along the wall of the ejection channel. Our study reveals the precise assembly pattern of a cyanophage and lays the foundation to support its practical biotechnological and environmental applications.
履歴
登録2021年3月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年10月20日-
マップ公開2021年10月20日-
更新2024年6月5日-
現状2024年6月5日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.022
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.0285
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7eel
  • 表面レベル: 0.022
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7eel
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_31078.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31078.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 23.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈An asymmetric unit of Pam1 capsid.Cutting out using phenix Map box program.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.01 Å/pix.
x 227 pix.
= 229.951 Å		1.01 Å/pix.
x 193 pix.
= 195.509 Å		1.01 Å/pix.
x 139 pix.
= 140.807 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.013 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0285 / ムービー #1: 0.022
最小 - 最大-0.058751106 - 0.09510435
平均 (標準偏差)0.00049589283 (±0.005638261)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin210602336
サイズ193139227
Spacing227193139
セルA: 229.951 Å / B: 195.509 Å / C: 140.807 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0131.0131.013
M x/y/z227193139
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z229.951195.509140.807
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ336210602
NX/NY/NZ227193139
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS602210336
NC/NR/NS139193227
D min/max/mean-0.0590.0950.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Pam1

全体名称: Pam1
要素
  • ウイルス: unidentified (未定義)
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid proteins
    • タンパク質・ペプチド: Cement (decoration) proteins

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超分子 #1: unidentified

超分子名称: unidentified / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 32644 / 生物種: unidentified / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Pseudanabaena mucicola (バクテリア)

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分子 #1: Major capsid proteins

分子名称: Major capsid proteins / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: unidentified (未定義)
分子量理論値: 39.379066 KDa
配列文字列: MADFSLATAS QRKEWSNKAH MEYVRRSRFA PYIRNTENSI FQGYSDLEKR AGDTLNIPLF YKLGGAPVTG DTPIVGNETP LDNYNCGVP VALRGKGVAI TKNQTFRTEI DVMNAAKQSL TRYFGELLRD DIIEALGSVV TTGDTTVNYG SASAANRNAF S AANPDRLF ...文字列:
MADFSLATAS QRKEWSNKAH MEYVRRSRFA PYIRNTENSI FQGYSDLEKR AGDTLNIPLF YKLGGAPVTG DTPIVGNETP LDNYNCGVP VALRGKGVAI TKNQTFRTEI DVMNAAKQSL TRYFGELLRD DIIEALGSVV TTGDTTVNYG SASAANRNAF S AANPDRLF FGSISGYSAT WATGLGNVDA AETCTAARVG VMKRLAMSAS PAITPMQVDD DEGREYFVAF HGSRTFRDLK GD TAMLNAN REARPRDVSS NPLLQDGDLI YEGVIHREVP EIDAWAAANG FNTAGAGSAP IRPVFLCGTQ SVFLAYAQRP QAG TEKSDI PALNRRMTVG MDEIIGVKKA AFNGKQHGVV MGFFGAAGD

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分子 #2: Cement (decoration) proteins

分子名称: Cement (decoration) proteins / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: unidentified (未定義)
分子量理論値: 13.831203 KDa
配列文字列:
MPATNSAQAR LAAPGHGFGG NVKVSYGSVA FTGTITTADA ATVCNLPVGA IVLGVTLESD DLDTNATPTI TLNVGDAGSA TRYFSASTV AQAGTSSSAP ATTGLLWTVT EGNTAVRIAV ANNAATSADG SVRVAVTYYL P

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.26 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 21210
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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