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万見
- EMDB-31059: The Csy-AcrIF14-dsDNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31059
タイトルThe Csy-AcrIF14-dsDNA complex
マップデータ
試料
  • 複合体: membrane protein
    • 複合体: membrane protein
      • タンパク質・ペプチド: Type I-F CRISPR-associated protein Csy1
      • タンパク質・ペプチド: CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy2
      • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein Csy3
      • RNA: RNA (60-MER)
      • DNA: 54-MER DNA
      • DNA: 54-MER DNA
    • 複合体: AcrIF14
      • タンパク質・ペプチド: AcrIF14
キーワードinhibitor / complex / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-RNA-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


CRISPR-associated protein Csy1 / CRISPR-associated protein (Cas_Csy1) / CRISPR-associated protein Csy2 / CRISPR-associated protein (Cas_Csy2) / CRISPR-associated protein Csy3 / CRISPR-associated protein (Cas_Csy3)
類似検索 - ドメイン・相同性
Tail protein / Uncharacterized protein / CRISPR-associated protein Csy3 / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / Moraxella phage Mcat5 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Zhang LX / Feng Y
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, China)31822012 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2021
タイトル: Insights into the dual functions of AcrIF14 during the inhibition of type I-F CRISPR-Cas surveillance complex.
著者: Xi Liu / Laixing Zhang / Yu Xiu / Teng Gao / Ling Huang / Yongchao Xie / Lingguang Yang / Wenhe Wang / Peiyi Wang / Yi Zhang / Maojun Yang / Yue Feng /
要旨: CRISPR-Cas systems are bacterial adaptive immune systems, and phages counteract these systems using many approaches such as producing anti-CRISPR (Acr) proteins. Here, we report the structures of ...CRISPR-Cas systems are bacterial adaptive immune systems, and phages counteract these systems using many approaches such as producing anti-CRISPR (Acr) proteins. Here, we report the structures of both AcrIF14 and its complex with the crRNA-guided surveillance (Csy) complex. Our study demonstrates that apart from interacting with the Csy complex to block the hybridization of target DNA to the crRNA, AcrIF14 also endows the Csy complex with the ability to interact with non-sequence-specific dsDNA as AcrIF9 does. Further structural studies of the Csy-AcrIF14-dsDNA complex and biochemical studies uncover that the PAM recognition loop of the Cas8f subunit of the Csy complex and electropositive patches within the N-terminal domain of AcrIF14 are essential for the non-sequence-specific dsDNA binding to the Csy-AcrIF14 complex, which is different from the mechanism of AcrIF9. Our findings highlight the prevalence of Acr-induced non-specific DNA binding and shed light on future studies into the mechanisms of such Acr proteins.
履歴
登録2021年3月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年11月17日-
マップ公開2021年11月17日-
更新2025年6月18日-
現状2025年6月18日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7ecw
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_31059.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31059.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 240 pix.
= 264. Å		1.1 Å/pix.
x 240 pix.
= 264. Å		1.1 Å/pix.
x 240 pix.
= 264. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0198 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.13918592 - 0.2492301
平均 (標準偏差)0.00027835785 (±0.0058695036)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 264.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.11.11.1
M x/y/z240240240
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z264.000264.000264.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ256256256
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS240240240
D min/max/mean-0.1390.2490.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : membrane protein

全体名称: membrane protein
要素
  • 複合体: membrane protein
    • 複合体: membrane protein
      • タンパク質・ペプチド: Type I-F CRISPR-associated protein Csy1
      • タンパク質・ペプチド: CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy2
      • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein Csy3
      • RNA: RNA (60-MER)
      • DNA: 54-MER DNA
      • DNA: 54-MER DNA
    • 複合体: AcrIF14
      • タンパク質・ペプチド: AcrIF14

+
超分子 #1: membrane protein

超分子名称: membrane protein / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

+
超分子 #2: membrane protein

超分子名称: membrane protein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3, #5-#7
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

+
超分子 #3: AcrIF14

超分子名称: AcrIF14 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4
由来(天然)生物種: Moraxella phage Mcat5 (ファージ)

+
分子 #1: Type I-F CRISPR-associated protein Csy1

分子名称: Type I-F CRISPR-associated protein Csy1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 49.313254 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTSPLPTPTW QELRQFIESF IQERLQGKLD KLHPDEDDKR QTLLATHRRE AWLADAARRV GQLQLVTHTL KPIHPDARGS NLHSLPQAP GQPGLAGSHE LGDRLVSDVV GNAAALDVFK FLSLQYQGKN LLNWLTEDSA EAVQALSDNA EQAREWRQAF I GITAVKGA ...文字列:
MTSPLPTPTW QELRQFIESF IQERLQGKLD KLHPDEDDKR QTLLATHRRE AWLADAARRV GQLQLVTHTL KPIHPDARGS NLHSLPQAP GQPGLAGSHE LGDRLVSDVV GNAAALDVFK FLSLQYQGKN LLNWLTEDSA EAVQALSDNA EQAREWRQAF I GITAVKGA PASHSLAKQL YFPLPGSGYH LLAPLFPTSL VHHVHALLRE ARFGDAAKAA REARSRQESW PHGFSEYPNL AI QKFGGTK PQNISQLNSE RYGENWLLPS LPPHWQRQDQ RAPIRHSSVF EHDFGRSPEV SRLTRTLQRL LAKTRHNNFT IRR YRAQLV GQICDEALQY AARLRELEPG WSATPGCQLH DAEQLWLDPL RAQTDETFLQ RRLRGDWPAE VGNRFANWLN RAVS SDSQI LGSPEAAQWS QELSKELTMF KEILEDERD

UniProtKB: Uncharacterized protein

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分子 #2: CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy2

分子名称: CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 36.244074 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSVTDPEALL LLPRLSIQNA NAISSPLTWG FPSPGAFTGF VHALQRRVGI SLDIELDGVG IVCHRFEAQI SQPAGKRTKV FNLTRNPLN RDGSTAAIVE EGRAHLEVSL LLGVHGDGLD DHPAQEIARQ VQEQAGAMRL AGGSILPWCN ERFPAPNAEL L MLGGSDEQ ...文字列:
MSVTDPEALL LLPRLSIQNA NAISSPLTWG FPSPGAFTGF VHALQRRVGI SLDIELDGVG IVCHRFEAQI SQPAGKRTKV FNLTRNPLN RDGSTAAIVE EGRAHLEVSL LLGVHGDGLD DHPAQEIARQ VQEQAGAMRL AGGSILPWCN ERFPAPNAEL L MLGGSDEQ RRKNQRRLTR RLLPGFALVS REALLQQHLE TLRTTLPEAT TLDALLDLCR INFEPPATSS EEEASPPDAA WQ VRDKPGW LVPIPAGYNA LSPLYLPGEV RNARDRETPL RFVENLFGLG EWLSPHRVAA LSDLLWYHHA EPDKGLYRWS TPR FVEHAI A

UniProtKB: Uncharacterized protein

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分子 #3: CRISPR-associated protein Csy3

分子名称: CRISPR-associated protein Csy3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 37.623324 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSKPILSTAS VLAFERKLDP SDALMSAGAW AQRDASQEWP AVTVREKSVR GTISNRLKTK DRDPAKLDAS IQSPNLQTVD VANLPSDAD TLKVRFTLRV LGGAGTPSAC NDAAYRDKLL QTVATYVNEQ GFAELARRYA HNLANARFLW RNRVGAEAVE V RINHIRQG ...文字列:
MSKPILSTAS VLAFERKLDP SDALMSAGAW AQRDASQEWP AVTVREKSVR GTISNRLKTK DRDPAKLDAS IQSPNLQTVD VANLPSDAD TLKVRFTLRV LGGAGTPSAC NDAAYRDKLL QTVATYVNEQ GFAELARRYA HNLANARFLW RNRVGAEAVE V RINHIRQG EVARTWRFDA LAIGLRDFKA DAELDALAEL IASGLSGSGH VLLEVVAFAR IGDGQEVFPS QELILDKGDK KG QKSKTLY SVRDAAAIHS QKIGNALRTI DTWYPDEDGL GPIAVEPYGS VTSQGKAYRQ PKQKLDFYTL LDNWVLRDEA PAV EQQHYV IANLIRGGVF GEAEEK

UniProtKB: CRISPR-associated protein Csy3

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分子 #4: AcrIF14

分子名称: AcrIF14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Moraxella phage Mcat5 (ファージ)
分子量理論値: 14.297373 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MKKIEMIEIS QNRQNLTAFL HISEIKAINA KLADGVDVDK KSFDEICSIV LEQYQAKQIS NKQASEIFET LAKANKSFKI EKFRCSHGY NEIYKYSPDH EAYLFYCKGG QGQLNKLIAE NGRFM

UniProtKB: Tail protein

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分子 #5: RNA (60-MER)

分子名称: RNA (60-MER) / タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 19.265404 KDa
配列文字列:
CUAAGAAAUU CACGGCGGGC UUGAUGUCCG CGUCUACCUG GUUCACUGCC GUGUAGGCAG

GENBANK: GENBANK: HQ326201.1

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分子 #6: 54-MER DNA

分子名称: 54-MER DNA / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 16.708691 KDa
配列文字列: (DG)(DG)(DA)(DA)(DG)(DC)(DC)(DA)(DT)(DC) (DC)(DA)(DG)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA)(DC)(DG) (DC)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DT)(DC)(DA) (DA)(DG)(DC)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DG)(DT) (DG) (DA)(DA)(DG)(DG)(DT) ...文字列:
(DG)(DG)(DA)(DA)(DG)(DC)(DC)(DA)(DT)(DC) (DC)(DA)(DG)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA)(DC)(DG) (DC)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DT)(DC)(DA) (DA)(DG)(DC)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DG)(DT) (DG) (DA)(DA)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DA) (DG)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT)

+
分子 #7: 54-MER DNA

分子名称: 54-MER DNA / タイプ: dna / ID: 7 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
分子量理論値: 16.574561 KDa
配列文字列: (DA)(DG)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DC)(DA) (DC)(DC)(DT)(DT)(DC)(DA)(DC)(DG)(DG)(DC) (DG)(DG)(DG)(DC)(DT)(DT)(DG)(DA)(DT) (DG)(DT)(DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DC)(DT) (DA) (DC)(DC)(DT)(DG)(DG) ...文字列:
(DA)(DG)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DC)(DA) (DC)(DC)(DT)(DT)(DC)(DA)(DC)(DG)(DG)(DC) (DG)(DG)(DG)(DC)(DT)(DT)(DG)(DA)(DT) (DG)(DT)(DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DC)(DT) (DA) (DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG) (DG)(DC)(DT)(DT)(DC)(DC)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: DARK FIELD

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 127454
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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