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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31058 | |||||||||
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タイトル | The Csy-AcrIF14 complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | inhibitor / complex / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-RNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 CRISPR-associated protein Csy1 / CRISPR-associated protein (Cas_Csy1) / CRISPR-associated protein Csy2 / CRISPR-associated protein (Cas_Csy2) / CRISPR-associated protein Csy3 / CRISPR-associated protein (Cas_Csy3) 類似検索 - ドメイン・相同性 | |||||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / Moraxella phage Mcat5 (ファージ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.43 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang LX / Feng Y | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2021 タイトル: Insights into the dual functions of AcrIF14 during the inhibition of type I-F CRISPR-Cas surveillance complex. 著者: Xi Liu / Laixing Zhang / Yu Xiu / Teng Gao / Ling Huang / Yongchao Xie / Lingguang Yang / Wenhe Wang / Peiyi Wang / Yi Zhang / Maojun Yang / Yue Feng / 要旨: CRISPR-Cas systems are bacterial adaptive immune systems, and phages counteract these systems using many approaches such as producing anti-CRISPR (Acr) proteins. Here, we report the structures of ...CRISPR-Cas systems are bacterial adaptive immune systems, and phages counteract these systems using many approaches such as producing anti-CRISPR (Acr) proteins. Here, we report the structures of both AcrIF14 and its complex with the crRNA-guided surveillance (Csy) complex. Our study demonstrates that apart from interacting with the Csy complex to block the hybridization of target DNA to the crRNA, AcrIF14 also endows the Csy complex with the ability to interact with non-sequence-specific dsDNA as AcrIF9 does. Further structural studies of the Csy-AcrIF14-dsDNA complex and biochemical studies uncover that the PAM recognition loop of the Cas8f subunit of the Csy complex and electropositive patches within the N-terminal domain of AcrIF14 are essential for the non-sequence-specific dsDNA binding to the Csy-AcrIF14 complex, which is different from the mechanism of AcrIF9. Our findings highlight the prevalence of Acr-induced non-specific DNA binding and shed light on future studies into the mechanisms of such Acr proteins. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_31058.map.gz | 4.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-31058-v30.xml emd-31058.xml | 16.4 KB 16.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_31058_fsc.xml | 7.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_31058.png | 81.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-31058.cif.gz | 6.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31058 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31058 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_31058.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : The Csy-AcrIF14 complex
全体 | 名称: The Csy-AcrIF14 complex |
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要素 |
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-超分子 #1: The Csy-AcrIF14 complex
超分子 | 名称: The Csy-AcrIF14 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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-超分子 #2: Csy
超分子 | 名称: Csy / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#4, #6 |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) |
-超分子 #3: AcrIF14
超分子 | 名称: AcrIF14 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5 |
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由来(天然) | 生物種: Moraxella phage Mcat5 (ファージ) |
-分子 #1: Type I-F CRISPR-associated endoribonuclease Cas6/Csy4
分子 | 名称: Type I-F CRISPR-associated endoribonuclease Cas6/Csy4 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) |
分子量 | 理論値: 21.399451 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MDHYLDIRLR PDPEFPPAQL MSVLFGKLHQ ALVAQGGDRI GVSFPDLDES RSRLGERLRI HASADDLRAL LARPWLEGLR DHLQFGEPA VVPHPTPYRQ VSRVQAKSNP ERLRRRLMRR HDLSEEEARK RIPDTVARAL DLPFVTLRSQ STGQHFRLFI R HGPLQATA EEGGFTCYGL SKGGFVPWF UniProtKB: UNIPROTKB: A0A7G9X1S4 |
-分子 #2: Type I-F CRISPR-associated protein Csy1
分子 | 名称: Type I-F CRISPR-associated protein Csy1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) |
分子量 | 理論値: 49.313254 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MTSPLPTPTW QELRQFIESF IQERLQGKLD KLHPDEDDKR QTLLATHRRE AWLADAARRV GQLQLVTHTL KPIHPDARGS NLHSLPQAP GQPGLAGSHE LGDRLVSDVV GNAAALDVFK FLSLQYQGKN LLNWLTEDSA EAVQALSDNA EQAREWRQAF I GITAVKGA ...文字列: MTSPLPTPTW QELRQFIESF IQERLQGKLD KLHPDEDDKR QTLLATHRRE AWLADAARRV GQLQLVTHTL KPIHPDARGS NLHSLPQAP GQPGLAGSHE LGDRLVSDVV GNAAALDVFK FLSLQYQGKN LLNWLTEDSA EAVQALSDNA EQAREWRQAF I GITAVKGA PASHSLAKQL YFPLPGSGYH LLAPLFPTSL VHHVHALLRE ARFGDAAKAA REARSRQESW PHGFSEYPNL AI QKFGGTK PQNISQLNSE RYGENWLLPS LPPHWQRQDQ RAPIRHSSVF EHDFGRSPEV SRLTRTLQRL LAKTRHNNFT IRR YRAQLV GQICDEALQY AARLRELEPG WSATPGCQLH DAEQLWLDPL RAQTDETFLQ RRLRGDWPAE VGNRFANWLN RAVS SDSQI LGSPEAAQWS QELSKELTMF KEILEDERD UniProtKB: Uncharacterized protein |
-分子 #3: CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy2
分子 | 名称: CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) |
分子量 | 理論値: 36.244074 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MSVTDPEALL LLPRLSIQNA NAISSPLTWG FPSPGAFTGF VHALQRRVGI SLDIELDGVG IVCHRFEAQI SQPAGKRTKV FNLTRNPLN RDGSTAAIVE EGRAHLEVSL LLGVHGDGLD DHPAQEIARQ VQEQAGAMRL AGGSILPWCN ERFPAPNAEL L MLGGSDEQ ...文字列: MSVTDPEALL LLPRLSIQNA NAISSPLTWG FPSPGAFTGF VHALQRRVGI SLDIELDGVG IVCHRFEAQI SQPAGKRTKV FNLTRNPLN RDGSTAAIVE EGRAHLEVSL LLGVHGDGLD DHPAQEIARQ VQEQAGAMRL AGGSILPWCN ERFPAPNAEL L MLGGSDEQ RRKNQRRLTR RLLPGFALVS REALLQQHLE TLRTTLPEAT TLDALLDLCR INFEPPATSS EEEASPPDAA WQ VRDKPGW LVPIPAGYNA LSPLYLPGEV RNARDRETPL RFVENLFGLG EWLSPHRVAA LSDLLWYHHA EPDKGLYRWS TPR FVEHAI A UniProtKB: Uncharacterized protein |
-分子 #4: CRISPR-associated protein Csy3
分子 | 名称: CRISPR-associated protein Csy3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) |
分子量 | 理論値: 37.623324 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MSKPILSTAS VLAFERKLDP SDALMSAGAW AQRDASQEWP AVTVREKSVR GTISNRLKTK DRDPAKLDAS IQSPNLQTVD VANLPSDAD TLKVRFTLRV LGGAGTPSAC NDAAYRDKLL QTVATYVNEQ GFAELARRYA HNLANARFLW RNRVGAEAVE V RINHIRQG ...文字列: MSKPILSTAS VLAFERKLDP SDALMSAGAW AQRDASQEWP AVTVREKSVR GTISNRLKTK DRDPAKLDAS IQSPNLQTVD VANLPSDAD TLKVRFTLRV LGGAGTPSAC NDAAYRDKLL QTVATYVNEQ GFAELARRYA HNLANARFLW RNRVGAEAVE V RINHIRQG EVARTWRFDA LAIGLRDFKA DAELDALAEL IASGLSGSGH VLLEVVAFAR IGDGQEVFPS QELILDKGDK KG QKSKTLY SVRDAAAIHS QKIGNALRTI DTWYPDEDGL GPIAVEPYGS VTSQGKAYRQ PKQKLDFYTL LDNWVLRDEA PAV EQQHYV IANLIRGGVF GEAEEK UniProtKB: CRISPR-associated protein Csy3 |
-分子 #5: AcrIF14
分子 | 名称: AcrIF14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Moraxella phage Mcat5 (ファージ) |
分子量 | 理論値: 14.297373 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MKKIEMIEIS QNRQNLTAFL HISEIKAINA KLADGVDVDK KSFDEICSIV LEQYQAKQIS NKQASEIFET LAKANKSFKI EKFRCSHGY NEIYKYSPDH EAYLFYCKGG QGQLNKLIAE NGRFM UniProtKB: Tail protein |
-分子 #6: RNA (60-MER)
分子 | 名称: RNA (60-MER) / タイプ: rna / ID: 6 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) |
分子量 | 理論値: 19.265404 KDa |
配列 | 文字列: CUAAGAAAUU CACGGCGGGC UUGAUGUCCG CGUCUACCUG GUUCACUGCC GUGUAGGCAG GENBANK: GENBANK: HQ326201.1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: DARK FIELD |