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万見
- EMDB-30956: Cryo-EM structure of hDisp1NNN-3C -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30956
タイトルCryo-EM structure of hDisp1NNN-3C
マップデータ
試料
  • 複合体: hDisp1NNN-3C
    • タンパク質・ペプチド: Protein dispatched homolog 1,Protein dispatched homolog 1
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


patched ligand maturation / diaphragm development / embryonic pattern specification / peptide transport / peptide transmembrane transporter activity / dorsal/ventral pattern formation / determination of left/right symmetry / smoothened signaling pathway / regulation of protein secretion / protein homotrimerization ...patched ligand maturation / diaphragm development / embryonic pattern specification / peptide transport / peptide transmembrane transporter activity / dorsal/ventral pattern formation / determination of left/right symmetry / smoothened signaling pathway / regulation of protein secretion / protein homotrimerization / basolateral plasma membrane / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Protein patched/dispatched / Patched family / Sterol-sensing domain (SSD) profile. / Sterol-sensing domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein dispatched homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.61 Å
データ登録者Li W / Wang L / Gong X
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
Other government 中国
Other government 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural insights into proteolytic activation of the human Dispatched1 transporter for Hedgehog morphogen release.
著者: Wanqiu Li / Linlin Wang / Bradley M Wierbowski / Mo Lu / Feitong Dong / Wenchen Liu / Sisi Li / Peiyi Wang / Adrian Salic / Xin Gong /
要旨: The membrane protein Dispatched (Disp), which belongs to the RND family of small molecule transporters, is essential for Hedgehog (Hh) signaling, by catalyzing the extracellular release of palmitate- ...The membrane protein Dispatched (Disp), which belongs to the RND family of small molecule transporters, is essential for Hedgehog (Hh) signaling, by catalyzing the extracellular release of palmitate- and cholesterol-modified Hh ligands from producing cells. Disp function requires Furin-mediated proteolytic cleavage of its extracellular domain, but how this activates Disp remains obscure. Here, we employ cryo-electron microscopy to determine atomic structures of human Disp1 (hDisp1), before and after cleavage, and in complex with lipid-modified Sonic hedgehog (Shh) ligand. These structures, together with biochemical data, reveal that proteolytic cleavage opens the extracellular domain of hDisp1, removing steric hindrance to Shh binding. Structure-guided functional experiments demonstrate the role of hDisp1-Shh interactions in ligand release. Our results clarify the mechanisms of hDisp1 activation and Shh morphogen release, and highlight how a unique proteolytic cleavage event enabled acquisition of a protein substrate by a member of a family of small molecule transporters.
履歴
登録2021年2月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年12月8日-
マップ公開2021年12月8日-
更新2021年12月8日-
現状2021年12月8日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7e2g
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30956.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30956.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 23.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.025 / ムービー #1: 0.035
最小 - 最大-0.14571565 - 0.2153752
平均 (標準偏差)0.00065912324 (±0.008204578)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ184184184
Spacing184184184
セルA=B=C: 198.72 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.081.081.08
M x/y/z184184184
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z198.720198.720198.720
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS184184184
D min/max/mean-0.1460.2150.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : hDisp1NNN-3C

全体名称: hDisp1NNN-3C
要素
  • 複合体: hDisp1NNN-3C
    • タンパク質・ペプチド: Protein dispatched homolog 1,Protein dispatched homolog 1
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: hDisp1NNN-3C

超分子名称: hDisp1NNN-3C / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Mammalian expression vector EGFP-MCS-pcDNA3.1 (その他)
分子量理論値: 150 KDa

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分子 #1: Protein dispatched homolog 1,Protein dispatched homolog 1

分子名称: Protein dispatched homolog 1,Protein dispatched homolog 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 169.906828 KDa
組換発現生物種: Mammalian expression vector Flag-EGFP-MCS-pcDNA3.1 (その他)
配列文字列: MAMSNGNNDF VVLSNSSIAT SAANPSPLTP CDGDHAAQQL TPKEATRTKV SPNGCLQLNG TVKSSFLPLD NQRMPQMLPQ CCHPCPYHH PLTSHSSHQE CHPEAGPAAP SALASCCMQP HSEYSASLCP NHSPVYQTTC CLQPSPSFCL HHPWPDHFQH Q PVQQHIAN ...文字列:
MAMSNGNNDF VVLSNSSIAT SAANPSPLTP CDGDHAAQQL TPKEATRTKV SPNGCLQLNG TVKSSFLPLD NQRMPQMLPQ CCHPCPYHH PLTSHSSHQE CHPEAGPAAP SALASCCMQP HSEYSASLCP NHSPVYQTTC CLQPSPSFCL HHPWPDHFQH Q PVQQHIAN IRPSRPFKLP KSYAALIADW PVVVLGMCTM FIVVCALVGV LVPELPDFSD PLLGFEPRGT AIGQRLVTWN NM VKNTGYK ATLANYPFKY ADEQASSLEV LFQGPGSEVD WNFHKDSFFC DVPSDRYSRV VFTSSGGETL WNLPAIKSMC NVD NSRIRS HPQFGDLCQR TTAASCCPSW TLGNYIAILN NRSSCQKIVE RDVSHTLKLL RTCAKHYQNG TLGPDCWDMA ARRK DQLKC TNVPRKCTKY NAVYQILHYL VDKDFMTPKT ADYATPALKY SMLFSPTEKG ESMMNIYLDN FENWNSSDGV TTITG IEFG IKHSLFQDYL LMDTVYPAIA IVIVLLVMCV YTKSMFITLM TMFAIISSLI VSYFLYRVVF HFEFFPFMNL TALIIL VGI GANNAFVLCD VWNYTKFDKP HAETSETVSI TLQHAALSMF VTSFTTAAAF YANYVSNITA IRCFGVYAGT AILVNYV LM VTWLPAVVVL HERYLLNIFT CFKKPQQQIY DNKSCWTVAC QKCHKVLFAI SEASRIFFEK VLPCIVIKFR YLWLFWFL A LTVGGAYIVC INPKMKLPSL ELSEFQVFRS SHPFERYDAE YKKLFMFERV HHGEELHMPI TVIWGVSPED NGNPLNPKS KGKLTLDSSF NIASPASQAW ILHFCQKLRN QTFFYQTDEQ DFTSCFIETF KQWMENQDCD EPALYPCCSH WSFPYKQEIF ELCIKRAIM ELERSTGYHL DSKTPGPRFD INDTIRAVVL EFQSTYLFTL AYEKMHQFYK EVDSWISSEL SSAPEGLSNG W FVSNLEFY DLQDSLSDGT LIAMGLSVAV AFSVMLLTTW NIIISLYAII SIAGTIFVTV GSLVLLGWEL NVLESVTISV AV GLSVNFA VHYGVAYRLA PDPDREGKVI FSLSRVGSAM AMAALTTFVA GAMMMPSTVL AYTQLGTFMM LIMCISWAFA TFF FQCMCR CLGPQGTCGQ IPLPKKLQCS AFSHALSTSP SDKGQSKTHT INAYHLDPRG PKSELEHEFY ELEPLASHSC TAPE KTTYE ETHICSEFFN SQAKNLGMPV HAAYNSELSK STESDAGSAL LQPPLEQHTV CHFFSLNQRC SCPDAYKHLN YGPHS CQQM GDCLCHQCSP TTSSFVQIQN GVAPLKATHQ AVEGFVHPIT HIHHCPCLQG RVKPAGMQNS LPRNFFLHPV QHIQAQ EKI GKTNVHSLQR SIEEHLPKMA EPSSFVCRST GSLLKTCCDP ENKQRELCKN RDVSNLESSG GTENKAGGKV ELSLSQT DA SVNSEHFNQN EPKVLFNHLM GEAGCRSCPN NSQSCGRIVR VKCNSVDCQM PNMEANVPAV LTHSELSGES LLIKTL

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分子 #2: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

分子名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 11 / 式: Y01
分子量理論値: 486.726 Da
Chemical component information

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

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分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度7.5 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.61 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 159333

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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