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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30841 | ||||||||||||
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タイトル | cryo EM map of the LAT1-4F2hc bound with 3,5-diiodo-L-tyrosine | ||||||||||||
マップデータ | cryo EM map of the LAT1-4F2hc bound with 3,5-diiodo-L-tyrosine | ||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 neutral L-amino acid secondary active transmembrane transporter activity / tyrosine transport / L-histidine transport / Defective SLC7A7 causes lysinuric protein intolerance (LPI) / aromatic amino acid transmembrane transporter activity / methionine transport / apical pole of neuron / amino acid transport complex / L-leucine import across plasma membrane / isoleucine transport ...neutral L-amino acid secondary active transmembrane transporter activity / tyrosine transport / L-histidine transport / Defective SLC7A7 causes lysinuric protein intolerance (LPI) / aromatic amino acid transmembrane transporter activity / methionine transport / apical pole of neuron / amino acid transport complex / L-leucine import across plasma membrane / isoleucine transport / L-alanine transmembrane transporter activity / L-leucine transmembrane transporter activity / L-alanine import across plasma membrane / phenylalanine transport / valine transport / L-leucine transport / calcium:sodium antiporter activity / thyroid hormone transport / proline transport / Amino acid transport across the plasma membrane / neutral L-amino acid transmembrane transporter activity / Tryptophan catabolism / exogenous protein binding / anchoring junction / Basigin interactions / amino acid transport / response to exogenous dsRNA / tryptophan transport / basal plasma membrane / calcium ion transport / double-stranded RNA binding / melanosome / virus receptor activity / basolateral plasma membrane / carbohydrate metabolic process / cadherin binding / symbiont entry into host cell / apical plasma membrane / protein heterodimerization activity / lysosomal membrane / synapse / cell surface / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Yan RH / Li YN / Zhang YY / Zhong XY / Zhou Q | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: Cell Discov / 年: 2021 タイトル: Mechanism of substrate transport and inhibition of the human LAT1-4F2hc amino acid transporter. 著者: Renhong Yan / Yaning Li / Jennifer Müller / Yuanyuan Zhang / Simon Singer / Lu Xia / Xinyue Zhong / Jürg Gertsch / Karl-Heinz Altmann / Qiang Zhou / 要旨: LAT1 (SLC7A5) is one of the representative light chain proteins of heteromeric amino acid transporters, forming a heterodimer with its heavy chain partner 4F2hc (SLC3A2). LAT1 is overexpressed in ...LAT1 (SLC7A5) is one of the representative light chain proteins of heteromeric amino acid transporters, forming a heterodimer with its heavy chain partner 4F2hc (SLC3A2). LAT1 is overexpressed in many types of tumors and mediates the transfer of drugs and hormones across the blood-brain barrier. Thus, LAT1 is considered as a drug target for cancer treatment and may be exploited for drug delivery into the brain. Here, we synthesized three potent inhibitors of human LAT1, which inhibit transport of leucine with IC values between 100 and 250 nM, and solved the cryo-EM structures of the corresponding LAT1-4F2hc complexes with these inhibitors bound at resolution of up to 2.7 or 2.8 Å. The protein assumes an outward-facing occluded conformation, with the inhibitors bound in the classical substrate binding pocket, but with their tails wedged between the substrate binding site and TM10 of LAT1. We also solved the complex structure of LAT1-4F2hc with 3,5-diiodo-L-tyrosine (Diiodo-Tyr) at 3.4 Å overall resolution, which revealed a different inhibition mechanism and might represent an intermediate conformation between the outward-facing occluded state mentioned above and the outward-open state. To our knowledge, this is the first time that the outward-facing conformation is revealed for the HAT family. Our results unveil more important insights into the working mechanisms of HATs and provide a structural basis for future drug design. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30841.map.gz | 59.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-30841-v30.xml emd-30841.xml | 13.7 KB 13.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_30841.png | 24.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30841 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30841 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_30841_validation.pdf.gz | 484.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_30841_full_validation.pdf.gz | 483.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_30841_validation.xml.gz | 6.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_30841_validation.cif.gz | 6.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30841 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30841 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30841.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | cryo EM map of the LAT1-4F2hc bound with 3,5-diiodo-L-tyrosine | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.087 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : LAT1-4F2hc bound with 3,5-diiodo-L-tyrosine
全体 | 名称: LAT1-4F2hc bound with 3,5-diiodo-L-tyrosine |
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要素 |
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-超分子 #1: LAT1-4F2hc bound with 3,5-diiodo-L-tyrosine
超分子 | 名称: LAT1-4F2hc bound with 3,5-diiodo-L-tyrosine / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: 4F2 cell-surface antigen heavy chain
分子 | 名称: 4F2 cell-surface antigen heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 70.160828 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MAHHHHHHHH HHSGRELQPP EASIAVVSIP RQLPGSHSEA GVQGLSAGDD SETGSDCVTQ AGLQLLASSD PPALASKNAE VTVETGFHH VSQADIEFLT SIDPTASASG SAGITGTMSQ DTEVDMKEVE LNELEPEKQP MNAASGAAMS LAGAEKNGLV K IKVAEDEA ...文字列: MAHHHHHHHH HHSGRELQPP EASIAVVSIP RQLPGSHSEA GVQGLSAGDD SETGSDCVTQ AGLQLLASSD PPALASKNAE VTVETGFHH VSQADIEFLT SIDPTASASG SAGITGTMSQ DTEVDMKEVE LNELEPEKQP MNAASGAAMS LAGAEKNGLV K IKVAEDEA EAAAAAKFTG LSKEELLKVA GSPGWVRTRW ALLLLFWLGW LGMLAGAVVI IVRAPRCREL PAQKWWHTGA LY RIGDLQA FQGHGAGNLA GLKGRLDYLS SLKVKGLVLG PIHKNQKDDV AQTDLLQIDP NFGSKEDFDS LLQSAKKKSI RVI LDLTPN YRGENSWFST QVDTVATKVK DALEFWLQAG VDGFQVRDIE NLKDASSFLA EWQNITKGFS EDRLLIAGTN SSDL QQILS LLESNKDLLL TSSYLSDSGS TGEHTKSLVT QYLNATGNRW CSWSLSQARL LTSFLPAQLL RLYQLMLFTL PGTPV FSYG DEIGLDAAAL PGQPMEAPVM LWDESSFPDI PGAVSANMTV KGQSEDPGSL LSLFRRLSDQ RSKERSLLHG DFHAFS AGP GLFSYIRHWD QNERFLVVLN FGDVGLSAGL QASDLPASAS LPAKADLLLS TQPGREEGSP LELERLKLEP HEGLLLR FP YAALE |
-分子 #2: Large neutral amino acids transporter small subunit 1
分子 | 名称: Large neutral amino acids transporter small subunit 1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 57.186895 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MADYKDDDDK SGPDEVDASG RAGAGPKRRA LAAPAAEEKE EAREKMLAAK SADGSAPAGE GEGVTLQRNI TLLNGVAIIV GTIIGSGIF VTPTGVLKEA GSPGLALVVW AACGVFSIVG ALCYAELGTT ISKSGGDYAY MLEVYGSLPA FLKLWIELLI I RPSSQYIV ...文字列: MADYKDDDDK SGPDEVDASG RAGAGPKRRA LAAPAAEEKE EAREKMLAAK SADGSAPAGE GEGVTLQRNI TLLNGVAIIV GTIIGSGIF VTPTGVLKEA GSPGLALVVW AACGVFSIVG ALCYAELGTT ISKSGGDYAY MLEVYGSLPA FLKLWIELLI I RPSSQYIV ALVFATYLLK PLFPTCPVPE EAAKLVACLC VLLLTAVNCY SVKAATRVQD AFAAAKLLAL ALIILLGFVQ IG KGDVSNL DPNFSFEGTK LDVGNIVLAL YSGLFAYGGW NYLNFVTEEM INPYRNLPLA IIISLPIVTL VYVLTNLAYF TTL STEQML SSEAVAVDFG NYHLGVMSWI IPVFVGLSCF GSVNGSLFTS SRLFFVGSRE GHLPSILSMI HPQLLTPVPS LVFT CVMTL LYAFSKDIFS VINFFSFFNW LCVALAIIGM IWLRHRKPEL ERPIKVNLAL PVFFILACLF LIAVSFWKTP VECGI GFTI ILSGLPVYFF GVWWKNKPKW LLQGIFSTTV LCQKLMQVVP QET |
-分子 #4: 3,5-DIIODOTYROSINE
分子 | 名称: 3,5-DIIODOTYROSINE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: TYI |
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分子量 | 理論値: 432.982 Da |
Chemical component information | ChemComp-TYI: |
-分子 #5: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
分子 | 名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: Y01 |
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分子量 | 理論値: 486.726 Da |
Chemical component information | ChemComp-Y01: |
-分子 #6: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE
分子 | 名称: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: 3PH |
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分子量 | 理論値: 704.998 Da |
Chemical component information | ChemComp-3PH: |
-分子 #7: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 15 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.6) / 使用した粒子像数: 93151 |
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初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |