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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30793 | |||||||||
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タイトル | Capsid structure of human sapovirus | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | CAPSID / VIRUS / SAPOVIRUS / CALICIVIRUS / CRYOEM / VIRUS LIKE PARTICLE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA-protein covalent cross-linking / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / host cell cytoplasm / RNA helicase activity / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / RNA binding / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Sapovirus Hu/GI.6/Nichinan/FP05284/2005/JPN (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Miyazaki N / Murakami K | |||||||||
資金援助 | 日本, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Atomic structure of human sapovirus capsid by single particle cryo-electron microscopy 著者: Miyazaki N / Murakami K / Oka T / Iwasaki K / Katayama K / Murata K | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30793.map.gz | 140.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-30793-v30.xml emd-30793.xml | 10.2 KB 10.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_30793_fsc.xml | 19.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_30793.png | 253.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-30793.cif.gz | 5.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30793 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30793 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_30793_validation.pdf.gz | 615.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_30793_full_validation.pdf.gz | 615.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_30793_validation.xml.gz | 17.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_30793_validation.cif.gz | 24 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30793 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30793 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30793.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 669.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.87 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Sapovirus Hu/GI.6/Nichinan/FP05284/2005/JPN
全体 | 名称: Sapovirus Hu/GI.6/Nichinan/FP05284/2005/JPN (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Sapovirus Hu/GI.6/Nichinan/FP05284/2005/JPN
超分子 | 名称: Sapovirus Hu/GI.6/Nichinan/FP05284/2005/JPN / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 2169442 / 生物種: Sapovirus Hu/GI.6/Nichinan/FP05284/2005/JPN / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes |
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宿主 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Calicivirin
分子 | 名称: Calicivirin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Sapovirus Hu/GI.6/Nichinan/FP05284/2005/JPN (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 60.753645 KDa |
組換発現 | 生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス) |
配列 | 文字列: MEGNGSQLGS RQHQESQAAV DPPGATGPTT SHVVVSNPEQ PNGPAQRLEM AVATGAIQSN VPEAIRNCFA VYRTFAWNDR MPAGTFLGS VSLHPNINPY TSHLSGMWAG WGGSFESRVS ISGSGVFAGR VVASVIPPGV DPSSIRDPGV LPHAFVDARI T EPVSFMIP ...文字列: MEGNGSQLGS RQHQESQAAV DPPGATGPTT SHVVVSNPEQ PNGPAQRLEM AVATGAIQSN VPEAIRNCFA VYRTFAWNDR MPAGTFLGS VSLHPNINPY TSHLSGMWAG WGGSFESRVS ISGSGVFAGR VVASVIPPGV DPSSIRDPGV LPHAFVDARI T EPVSFMIP DVRNTDYHRM DGNEPTCSLG LWVYQPLINP FSTSAVSTCW VSIETKPGGD FDFCLLKPPG QRMENGVSPE GL LPRRLGY ARGNRVGGLV VGLVLVADHH QVNRHFNANS ITYGWSTAPV NPMAAEIVVK HDYTNNRNAW LSIGAKNKGP LFP GLPNHF PDSCASTLVG AMDTGRHMPA TGVCGPAIGF QDNGDVFENE TPAVMFATFN PLTGGDNTNP IALYDSINPA SLAV MCTKS NSNFDSSGFA NDKNVVVQMS WEMYTNSQQI QGRVTPMQGT NFVFTSSGAN TLALWEERLL SYDGHQAILY SSQME RTSE YFQNDNVNIP PGSMAVFNVE TNSASFQIGI REDGYMVTGG TIGTHVVLDP ETRFQYVGLL PLTAALAGPN GNSGRA RRV FQ UniProtKB: Polyprotein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | モデル: Quantifoil |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 20.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 75000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |