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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3067 | |||||||||
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タイトル | cryoEM reconstruction of 3BC315 Fab in complex with BG505 SOSIP.664 Env trimer | |||||||||
![]() | Reconstruction of 3BC315 Fab bound to BG505 SOSIP.664 | |||||||||
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![]() | HIV-1 / Env / SOSIP / bnAb / broadly neutralizing antibody / 3BC315 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.3 Å | |||||||||
![]() | Lee JH / Ward AB | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Antibodies to a conformational epitope on gp41 neutralize HIV-1 by destabilizing the Env spike. 著者: Jeong Hyun Lee / Daniel P Leaman / Arthur S Kim / Alba Torrents de la Peña / Kwinten Sliepen / Anila Yasmeen / Ronald Derking / Alejandra Ramos / Steven W de Taeye / Gabriel Ozorowski / ...著者: Jeong Hyun Lee / Daniel P Leaman / Arthur S Kim / Alba Torrents de la Peña / Kwinten Sliepen / Anila Yasmeen / Ronald Derking / Alejandra Ramos / Steven W de Taeye / Gabriel Ozorowski / Florian Klein / Dennis R Burton / Michel C Nussenzweig / Pascal Poignard / John P Moore / Per Johan Klasse / Rogier W Sanders / Michael B Zwick / Ian A Wilson / Andrew B Ward / ![]() ![]() 要旨: The recent identification of three broadly neutralizing antibodies (bnAbs) against gp120-gp41 interface epitopes has expanded the targetable surface on the HIV-1 envelope glycoprotein (Env) trimer. ...The recent identification of three broadly neutralizing antibodies (bnAbs) against gp120-gp41 interface epitopes has expanded the targetable surface on the HIV-1 envelope glycoprotein (Env) trimer. By using biochemical, biophysical and computational methods, we map the previously unknown trimer epitopes of two related antibodies, 3BC315 and 3BC176. A cryo-EM reconstruction of a soluble Env trimer bound to 3BC315 Fab at 9.3 Å resolution reveals that the antibody binds between two gp41 protomers, and neutralizes the virus by accelerating trimer decay. In contrast, bnAb 35O22 binding to a partially overlapping quaternary epitope at the gp120-gp41 interface does not induce decay. A conserved gp41-proximal glycan at N88 was also shown to play a role in the binding kinetics of 3BC176 and 3BC315. Finally, our data suggest that the dynamic structure of the Env trimer influences exposure of bnAb epitopes. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 38.7 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 10.8 KB 10.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 401.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 230 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 229.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of 3BC315 Fab bound to BG505 SOSIP.664 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.21 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : 3BC315 Fab in complex with BG505 SOSIP.664 trimer
全体 | 名称: 3BC315 Fab in complex with BG505 SOSIP.664 trimer |
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要素 |
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-超分子 #1000: 3BC315 Fab in complex with BG505 SOSIP.664 trimer
超分子 | 名称: 3BC315 Fab in complex with BG505 SOSIP.664 trimer / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Two 3BC315 Fabs bind one SOSIP.664 trimer / Number unique components: 2 |
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分子量 | 理論値: 520 KDa |
-分子 #1: HIV-1 Envelope glycoprotein
分子 | 名称: HIV-1 Envelope glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: BG505 SOSIP.664 詳細: BG505 Env trimer ectodomain with the SOSIP mutations and truncation at residue 664 コピー数: 1 / 集合状態: trimer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 株: BG505 / 別称: HIV-1 |
分子量 | 理論値: 420 KDa |
組換発現 | 生物種: Mammalian (両生類) / 組換細胞: HEK293F / 組換プラスミド: pPPI4 |
-分子 #2: 3BC315 Antibody Fab
分子 | 名称: 3BC315 Antibody Fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: 3BC315 Fab / 詳細: Each Fab is a LC-HC heterodimer. / コピー数: 2 / 集合状態: heterodimer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 500 KDa |
組換発現 | 生物種: Mammalian (両生類) / 組換細胞: HEK293F |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 1.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 20 mM Tris 150 mM NaCl |
グリッド | 詳細: 400 mesh Cu grid with holey carbon |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: HOMEMADE PLUNGER 手法: DDM added to the sample prior to freezing, to final concentration of 0.003% (w/v) |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism corrected at 50,000x mag |
日付 | 2014年1月9日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / 実像数: 2393 / 平均電子線量: 27 e/Å2 詳細: Every image is an average of 25 frames recorded by the direct electron detector. |
Tilt angle min | 0 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 29000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
CTF補正 | 詳細: Whole micrograph |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.3 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Relion 詳細: Frames 5-25 were used for the final particle reconstruction, due to large frame shifts in the first 4 frames. 使用した粒子像数: 20252 |