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- EMDB-30668: Cryo_EM structure of delta N-NPC1L1-EZE -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30668
タイトルCryo_EM structure of delta N-NPC1L1-EZE
マップデータ
試料
  • 複合体: delta N-hNPC1L1-EZE
    • タンパク質・ペプチド: NPC1-like intracellular cholesterol transporter 1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: (3~{R},4~{S})-1-(4-fluorophenyl)-3-[(3~{S})-3-(4-fluorophenyl)-3-oxidanyl-propyl]-4-(4-hydroxyphenyl)azetidin-2-one
  • リガンド: CHOLESTEROL
機能・相同性
機能・相同性情報


vitamin transport / cholesterol import / intestinal cholesterol absorption / lipid transporter activity / response to muscle activity / heterocyclic compound binding / cholesterol binding / cholesterol homeostasis / brush border membrane / response to xenobiotic stimulus / apical plasma membrane
類似検索 - 分子機能
NPC1-like / Niemann-Pick C1, N-terminal / Niemann-Pick C1 N terminus / Sterol-sensing domain of SREBP cleavage-activation / Protein patched/dispatched / Patched family / Sterol-sensing domain (SSD) profile. / Sterol-sensing domain
類似検索 - ドメイン・相同性
NPC1 like intracellular cholesterol transporter 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.58 Å
データ登録者Hu M / Sun S
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: Structural insights into the mechanism of human NPC1L1-mediated cholesterol uptake.
著者: Miaoqing Hu / Fan Yang / Yawen Huang / Xin You / Desheng Liu / Shan Sun / Sen-Fang Sui /
要旨: Niemann-Pick C1-like 1 (NPC1L1) protein plays a central role in the intestinal cholesterol absorption and is the target of a drug, ezetimibe, which inhibits NPC1L1 to reduce cholesterol absorption. ...Niemann-Pick C1-like 1 (NPC1L1) protein plays a central role in the intestinal cholesterol absorption and is the target of a drug, ezetimibe, which inhibits NPC1L1 to reduce cholesterol absorption. Here, we present cryo-electron microscopy structures of human NPC1L1 in apo state, cholesterol-enriched state, and ezetimibe-bound state to reveal molecular details of NPC1L1-mediated cholesterol uptake and ezetimibe inhibition. Comparison of these structures reveals that the sterol-sensing domain (SSD) could respond to the cholesterol level alteration by binding different number of cholesterol molecules. Upon increasing cholesterol level, SSD binds more cholesterol molecules, which, in turn, triggers the formation of a stable structural cluster in SSD, while binding of ezetimibe causes the deformation of the SSD and destroys the structural cluster, leading to the inhibition of NPC1L1 function. These results provide insights into mechanisms of NPC1L1 function and ezetimibe action and are of great significance for the development of new cholesterol absorption inhibitors.
履歴
登録2020年11月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年8月11日-
マップ公開2021年8月11日-
更新2021年8月11日-
現状2021年8月11日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0783
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.0783
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7dfz
  • 表面レベル: 0.0783
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30668.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30668.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.091 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0783 / ムービー #1: 0.0783
最小 - 最大-0.32197618 - 0.5173438
平均 (標準偏差)0.00017912334 (±0.007506673)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 349.12 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0911.0911.091
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z349.120349.120349.120
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ594743
NX/NY/NZ375263
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.3220.5170.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : delta N-hNPC1L1-EZE

全体名称: delta N-hNPC1L1-EZE
要素
  • 複合体: delta N-hNPC1L1-EZE
    • タンパク質・ペプチド: NPC1-like intracellular cholesterol transporter 1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: (3~{R},4~{S})-1-(4-fluorophenyl)-3-[(3~{S})-3-(4-fluorophenyl)-3-oxidanyl-propyl]-4-(4-hydroxyphenyl)azetidin-2-one
  • リガンド: CHOLESTEROL

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超分子 #1: delta N-hNPC1L1-EZE

超分子名称: delta N-hNPC1L1-EZE / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293

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分子 #1: NPC1-like intracellular cholesterol transporter 1

分子名称: NPC1-like intracellular cholesterol transporter 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 139.612125 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAEAGLRGWL LWALLLRLAQ SEPYTTIHQP GYCAFYDECG KNPELSGSLM TLSNVSCLSN TPARKITGDH LILLQKICPR LYTGPNTQA CCSAKQLVSL EASLSITKAL LTRCPACSDN FVNLHCHNTC SPNQSLFINV TRVAQLGAGQ LPAVVAYEAF Y QHSFAEQS ...文字列:
MAEAGLRGWL LWALLLRLAQ SEPYTTIHQP GYCAFYDECG KNPELSGSLM TLSNVSCLSN TPARKITGDH LILLQKICPR LYTGPNTQA CCSAKQLVSL EASLSITKAL LTRCPACSDN FVNLHCHNTC SPNQSLFINV TRVAQLGAGQ LPAVVAYEAF Y QHSFAEQS YDSCSRVRVP AAATLAVGTM CGVYGSALCN AQRWLNFQGD TGNGLAPLDI TFHLLEPGQA VGSGIQPLNE GV ARCNESQ GDDVATCSCQ DCAASCPAIA RPQALDSTFY LGQMPGSLVL IIILCSVFAV VTILLVGFRV APARDKSKMV DPK KGTSLS DKLSFSTHTL LGQFFQGWGT WVASWPLTIL VLSVIPVVAL AAGLVFTELT TDPVELWSAP NSQARSEKAF HDQH FGPFF RTNQVILTAP NRSSYRYDSL LLGPKNFSGI LDLDLLLELL ELQERLRHLQ VWSPEAQRNI SLQDICYAPL NPDNT SLYD CCINSLLQYF QNNRTLLLLT ANQTLMGQTS QVDWKDHFLY CANAPLTFKD GTALALSCMA DYGAPVFPFL AIGGYK GKD YSEAEALIMT FSLNNYPAGD PRLAQAKLWE EAFLEEMRAF QRRMAGMFQV TFMAERSLED EINRTTAEDL PIFATSY IV IFLYISLALG SYSSWSRVMV DSKATLGLGG VAVVLGAVMA AMGFFSYLGI RSSLVILQVV PFLVLSVGAD NIFIFVLE Y QRLPRRPGEP REVHIGRALG RVAPSMLLCS LSEAICFFLG ALTPMPAVRT FALTSGLAVI LDFLLQMSAF VALLSLDSK RQEASRLDVC CCVKPQELPP PGQGEGLLLG FFQKAYAPFL LHWITRGVVL LLFLALFGVS LYSMCHISVG LDQELALPKD SYLLDYFLF LNRYFEVGAP VYFVTTLGYN FSSEAGMNAI CSSAGCNNFS FTQKIQYATE FPEQSYLAIP ASSWVDDFID W LTPSSCCR LYISGPNKDK FCPSTVNSLN CLKNCMSITM GSVRPSVEQF HKYLPWFLND RPNIKCPKGG LAAYSTSVNL TS DGQVLAS RFMAYHKPLK NSQDYTEALR AARELAANIT ADLRKVPGTD PAFEVFPYTI TNVFYEQYLT ILPEGLFMLS LCL VPTFAV SCLLLGLDLR SGLLNLLSIV MILVDTVGFM ALWGISYNAV SLINLVSAVG MSVEFVSHIT RSFAISTKPT WLER AKEAT ISMGSAVFAG VAMTNLPGIL VLGLAKAQLI QIFFFRLNLL ITLLGLLHGL VFLPVILSYV GPDVNPAL

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 5 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #6: (3~{R},4~{S})-1-(4-fluorophenyl)-3-[(3~{S})-3-(4-fluorophenyl)-3-...

分子名称: (3~{R},4~{S})-1-(4-fluorophenyl)-3-[(3~{S})-3-(4-fluorophenyl)-3-oxidanyl-propyl]-4-(4-hydroxyphenyl)azetidin-2-one
タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: H56
分子量理論値: 409.425 Da
Chemical component information

ChemComp-H56:
(3~{R},4~{S})-1-(4-fluorophenyl)-3-[(3~{S})-3-(4-fluorophenyl)-3-oxidanyl-propyl]-4-(4-hydroxyphenyl)azetidin-2-one / エゼチミブ / 薬剤*YM

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分子 #7: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 4 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.58 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 2204129
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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