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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30626 | |||||||||
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タイトル | Mouse Toll-like receptor 3 ectodomain in complex with lncRNA Rmrp in lapped form | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 type III interferon production / positive regulation of type III interferon production / response to dsRNA / regulation of dendritic cell cytokine production / inflammatory response to wounding / toll-like receptor 3 signaling pathway / necroptotic signaling pathway / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of macrophage cytokine production / cellular response to exogenous dsRNA ...type III interferon production / positive regulation of type III interferon production / response to dsRNA / regulation of dendritic cell cytokine production / inflammatory response to wounding / toll-like receptor 3 signaling pathway / necroptotic signaling pathway / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of macrophage cytokine production / cellular response to exogenous dsRNA / pattern recognition receptor activity / toll-like receptor signaling pathway / response to exogenous dsRNA / positive regulation of interferon-alpha production / positive regulation of type I interferon production / cellular response to interferon-beta / positive regulation of chemokine production / extrinsic apoptotic signaling pathway / JNK cascade / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of interferon-beta production / positive regulation of interleukin-8 production / positive regulation of JNK cascade / microglial cell activation / response to virus / cellular response to type II interferon / cellular response to virus / defense response / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / male gonad development / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of tumor necrosis factor production / double-stranded RNA binding / MAPK cascade / transmembrane signaling receptor activity / cellular response to xenobiotic stimulus / signaling receptor activity / defense response to virus / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / early endosome / endosome membrane / inflammatory response / positive regulation of apoptotic process / innate immune response / endoplasmic reticulum membrane / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.64 Å | |||||||||
データ登録者 | Li B / Cao X | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Endosomal lncRNA Rmrp is required for TLR3 innate sensing by engaging TLR3 dimerization 著者: Zhang S / Li B / Cao X | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30626.map.gz | 204.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-30626-v30.xml emd-30626.xml | 16.3 KB 16.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_30626.png | 42.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30626 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30626 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_30626_validation.pdf.gz | 420.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_30626_full_validation.pdf.gz | 420.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_30626_validation.xml.gz | 7.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_30626_validation.cif.gz | 8.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30626 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30626 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30626.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.82 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Cryo-EM structure of mouse Toll-like receptor 3 ectodomain with C...
全体 | 名称: Cryo-EM structure of mouse Toll-like receptor 3 ectodomain with C-domain of lncRNA Rmrp |
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要素 |
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-超分子 #1: Cryo-EM structure of mouse Toll-like receptor 3 ectodomain with C...
超分子 | 名称: Cryo-EM structure of mouse Toll-like receptor 3 ectodomain with C-domain of lncRNA Rmrp タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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分子量 | 実験値: 230 KDa |
-超分子 #2: Toll-like receptor 3
超分子 | 名称: Toll-like receptor 3 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
-超分子 #3: RNA component of mitochondrial RNAase P (Rmrp), RNase MRP RNA
超分子 | 名称: RNA component of mitochondrial RNAase P (Rmrp), RNase MRP RNA タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
-分子 #1: Toll-like receptor 3
分子 | 名称: Toll-like receptor 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 78.101648 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: HHHHHHENLY FQSQCTVRYN VADCSHLKLT HIPDDLPSNI TVLNLTHNQL RRLPPTNFTR YSQLAILDAG FNSISKLEPE LCQILPLLK VLNLQHNELS QISDQTFVFC TNLTELDLMS NSIHKIKSNP FKNQKNLIKL DLSHNGLSST KLGTGVQLEN L QELLLAKN ...文字列: HHHHHHENLY FQSQCTVRYN VADCSHLKLT HIPDDLPSNI TVLNLTHNQL RRLPPTNFTR YSQLAILDAG FNSISKLEPE LCQILPLLK VLNLQHNELS QISDQTFVFC TNLTELDLMS NSIHKIKSNP FKNQKNLIKL DLSHNGLSST KLGTGVQLEN L QELLLAKN KILALRSEEL EFLGNSSLRK LDLSSNPLKE FSPGCFQTIG KLFALLLNNA QLNPHLTEKL CWELSNTSIQ NL SLANNQL LATSESTFSG LKWTNLTQLD LSYNNLHDVG NGSFSYLPSL RYLSLEYNNI QRLSPRSFYG LSNLRYLSLK RAF TKQSVS LASHPNIDDF SFQWLKYLEY LNMDDNNIPS TKSNTFTGLV SLKYLSLSKT FTSLQTLTNE TFVSLAHSPL LTLN LTKNH ISKIANGTFS WLGQLRILDL GLNEIEQKLS GQEWRGLRNI FEIYLSYNKY LQLSTSSFAL VPSLQRLMLR RVALK NVDI SPSPFRPLRN LTILDLSNNN IANINEDLLE GLENLEILDF QHNNLARLWK RANPGGPVNF LKGLSHLHIL NLESNG LDE IPVGVFKNLF ELKSINLGLN NLNKLEPFIF DDQTSLRSLN LQKNLITSVE KDVFGPPFQN LNSLDMRFNP FDCTCES IS WFVNWINQTH TNISELSTHY LCNTPHHYYG FPLKLFDTSS CK |
-分子 #2: RNA component of mitochondrial RNAase P (Rmrp), RNase MRP RNA
分子 | 名称: RNA component of mitochondrial RNAase P (Rmrp), RNase MRP RNA タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 48.12452 KDa |
配列 | 文字列: GCUCGCUCUG AAGGCCUGUU UCCUAGGCUA CAUACGAGGG ACAUGUUCCU UAUCCUUUCG CCUAGGGGAA AGUCCCCGGA AGCUCACAU AGUGACGCAG GCAGUGCGAC CUGGCUCGCA CCAACCACAC GGGGCUCAUU CUCAGCGCGG C |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.0 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 6 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 前処理 - 気圧: 101.325 kPa |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
詳細 | This sample was mono disperse. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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温度 | 最低: 78.5 K / 最高: 78.5 K |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 40 eV |
詳細 | Preliminary grid screening was preformed manually. |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 10617 / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 最大 デフォーカス(補正後): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 1.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 165000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |