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万見
- EMDB-30625: Vibrio cholera aldehyde-alcohol dehrogenase -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30625
タイトルVibrio cholera aldehyde-alcohol dehrogenase
マップデータ
試料
  • 複合体: Aldehyde-alcohol dehydrogenase spirosome
    • タンパク質・ペプチド: Aldehyde-alcohol dehydrogenase
キーワードEnzyme / Fermentation / Alcohol / Aldehyde / OXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


: / 3-chloroallyl aldehyde dehydrogenase activity / acetaldehyde dehydrogenase (acetylating) activity / fermentation / alcohol metabolic process / carbon utilization / alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bifunctional aldehyde-alcohol dehydrogenase / Bifunctional aldehyde-alcohol dehydrogenase, C-terminal domain / Iron-type alcohol dehydrogenase-like / Iron-containing alcohol dehydrogenases signature 2. / Iron-containing alcohol dehydrogenases signature 1. / Alcohol dehydrogenase, iron-type, conserved site / Alcohol dehydrogenase, iron-type/glycerol dehydrogenase GldA / Iron-containing alcohol dehydrogenase / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family ...Bifunctional aldehyde-alcohol dehydrogenase / Bifunctional aldehyde-alcohol dehydrogenase, C-terminal domain / Iron-type alcohol dehydrogenase-like / Iron-containing alcohol dehydrogenases signature 2. / Iron-containing alcohol dehydrogenases signature 1. / Alcohol dehydrogenase, iron-type, conserved site / Alcohol dehydrogenase, iron-type/glycerol dehydrogenase GldA / Iron-containing alcohol dehydrogenase / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase
類似検索 - ドメイン・相同性
Aldehyde-alcohol dehydrogenase / Aldehyde-alcohol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.37 Å
データ登録者Cho S / Cho C
資金援助 韓国, 3件
OrganizationGrant number国
National Research Foundation (NRF, Korea)2016K1A1A2912057 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)2020R1A2B5B03001517 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)2019R1A6A1A10073887 韓国
引用ジャーナル: Biochem Biophys Res Commun / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM structure of Vibrio cholerae aldehyde-alcohol dehydrogenase spirosomes.
著者: Saehyun Cho / Gijeong Kim / Ji-Joon Song / Carol Cho /
要旨: Aldehyde-alcohol dehydrogenase (AdhE) is a metabolic enzyme and virulence factor in bacteria. E. coli AdhE (eAdhE) multimerizes into spirosomes that are essential for enzymatic activity. However, it ...Aldehyde-alcohol dehydrogenase (AdhE) is a metabolic enzyme and virulence factor in bacteria. E. coli AdhE (eAdhE) multimerizes into spirosomes that are essential for enzymatic activity. However, it is unknown whether AdhE structure is conserved in divergent bacteria. Here, we present the cryo-EM structure of AdhE (vAdhE) from Vibrio cholerae to 4.31 Å resolution. Overall, vAdhE spirosomes are similar to eAdhE with conserved subunit arrangement. However, divergences in key oligomerization residues cause vAdhE to form labile spirosomes with lower enzymatic activity. Mutating the vAdhE oligomerization interface to mimic eAdhE increases spirosome stability and enzymatic activity to levels comparable to eAdhE. These results support the generality of AdhE spirosome structures, and provide a structural basis to target vAdhE to attenuate bacterial virulence.
履歴
登録2020年10月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年12月30日-
マップ公開2020年12月30日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.31
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.31
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7dag
  • 表面レベル: 0.31
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30625.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30625.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 149.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.863 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.31 / ムービー #1: 0.31
最小 - 最大-0.33060017 - 0.93223447
平均 (標準偏差)0.0071369894 (±0.065510936)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ340340340
Spacing340340340
セルA=B=C: 293.41998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8630.8630.863
M x/y/z340340340
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z293.420293.420293.420
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS340340340
D min/max/mean-0.3310.9320.007

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Aldehyde-alcohol dehydrogenase spirosome

全体名称: Aldehyde-alcohol dehydrogenase spirosome
要素
  • 複合体: Aldehyde-alcohol dehydrogenase spirosome
    • タンパク質・ペプチド: Aldehyde-alcohol dehydrogenase

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超分子 #1: Aldehyde-alcohol dehydrogenase spirosome

超分子名称: Aldehyde-alcohol dehydrogenase spirosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌)

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分子 #1: Aldehyde-alcohol dehydrogenase

分子名称: Aldehyde-alcohol dehydrogenase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌)
分子量理論値: 96.346242 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MPVTNLAELD ALVARVKAAQ AEFATFSQEQ VDKIFRAASL AANQARIPLA QMAVEESGMG IVEDKVIKNH FASEFIYNKY KDEKTCGIL EEDDNLGTMT IAEPVGIICG IVPTTNPTST AIFKSLISLK TRNGIIFSPH PRAKNSTNAA AKLVLDAAIA A GAPKDIIG ...文字列:
MPVTNLAELD ALVARVKAAQ AEFATFSQEQ VDKIFRAASL AANQARIPLA QMAVEESGMG IVEDKVIKNH FASEFIYNKY KDEKTCGIL EEDDNLGTMT IAEPVGIICG IVPTTNPTST AIFKSLISLK TRNGIIFSPH PRAKNSTNAA AKLVLDAAIA A GAPKDIIG WIDQPSVELS NALMKHDGIA LILATGGPGM VKAAYSSGKP AIGVGAGNVP VVIDETADIK RAVASILMSK TF DNGVVCA SEQAAIVVSE VYDEVKERFA THKAHVLSKA DADKVRKVLL IDGALNAKIV GQPAAAIAEM AGVKVPADTK VLV GEGLGK VSYDDEFAHE KLSPTLGLFR ADNFEDAVAQ AVTMVEIGGI GHTSGLYTNQ DVNADRIRYF GDKLKTARIL VNIP TTHGG IGDLYNFNVA PSLTLGCGSW GGNSISENVG PKHLINKKTV AKRAENMLWH KLPKSIYFRR GSLPIALSDL EGKKR AFLV TDRFLFNNGY ADDVVALLKA QGMEVQTFFE VEADPTLSVV EKGAAAMQSF QPDVILALGG GSPMDAAKIM WVMYEH PDT HFEELAMRFM DIRKRIYKFP KMGKKAELVC ITTTSGTGSE VTPFAVVTDD KTGAKYPLAD YELTPQMAIV DANLVMN MP KSLTAFGGYD AVTHALEAYV SVLANEYSDG QALQALKMLK EYLPSSYANG AKDPIAREKV HNAATIAGIA FANAFLGV C HSMAHKIGAE FHLPHGLANA LLIANVVRYN ANDNPTKQTA FSQYDRPQAR RRYAEVADHL GLSQPGDRTA QKIERLLTW LDELKVNLDI PKSIQAAGVA EADFLAKVDE LAVEAFDDQC TGANPRYPLI AELKEVLLAS YYGKPFVEGQ TFEGTTVIVK KADQEAAKA PKAKK

UniProtKB: Aldehyde-alcohol dehydrogenase

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.37 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 62417
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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